雖然尼羅河農業條件如此優越，但是非洲最早的新石器文化並非出現在埃及尼羅河穀，而是出現在今日的“死亡之地”撒哈拉沙漠。與今日的幹枯沙漠景象不同，當時的撒哈拉還比較濕潤，為稀樹草原之地。撒哈拉新石器文化沒有明顯的農業跡象，主要遺存是陶器和岩畫，其陶器製作時間早於東邊埃及和北部歐洲，可確定是獨立陶器製作的發源地。其岩畫代表是阿爾及利亞和利比亞邊界不遠的撒哈拉中部的阿傑爾高原的岩石繪畫，以大量的動物畫出名，被譽為“世界上最大的一個史前藝術博物館”。
到公元前6500～前5500年，西亞的農作物傳入尼羅河流域，在尼羅河下遊三角洲“法尤姆”出現埃及最早的農業文化。埃及最早的新石器文化也和黎凡特一樣屬於前陶新石器文化，有農業沒有陶器，和北非撒哈拉新石器文化有陶器沒有農業不同，證明埃及最早的新石器文化源自西亞。
埃及的農業文化隻擴張至阿斯旺地區，從阿斯旺以南尼羅河第一瀑布到蘇丹首都喀土穆第六瀑布白尼羅河與青尼羅河彙合處的尼羅河峽穀段，由著名的“尼羅河六大瀑布”構成的激流險灘，成為阻礙航行的屏障。險灘兩岸沒有下遊尼羅河有利的種植條件，這裏形成了與埃及不同的半農半牧的新石器文化，該地區被稱為努比亞，古埃及人稱為“庫施”，也就是今天蘇丹共和國中北部地區，這裏一直是埃及與黑色非洲之間的連接地，戰略地位十分重要。古埃及人把努比亞人描寫成比他們自己的膚色黑得多的人，他們主要是來自撒哈拉地區的黑人，使用和古埃及人閃含語係不同的尼羅—撒哈拉語係，這是分布在從中非撒哈拉到東非尼羅河的語言。努比亞這個詞來自埃及語中的金（nub），這裏有豐富的金銅等礦產資源，也是古埃及人奴隸、牲畜的重要來源，同時通過庫施他們就可以深入非洲，同那裏的人民進行貿易，以換取烏木、象牙、香料、油類、半寶石和其他奢侈品。而富饒的埃及文明，也為努比亞所向往。曆史上埃及多次侵略努比亞地區，努比亞也趁機征服過埃及，侵略和征服是兩地關係永恒不變的主題。
農業擴張到努比亞以南的尼羅河地區就基本停止了，小麥和大麥等源自地中海沿岸的農作物無法適應當地的熱帶雨林和草原氣候，這也是黑非洲地區遲遲未走上農業道路最重要的原因。不僅在黑非洲地區，就是在埃及尼羅河流域，由於早期農業生產力落後，而周邊還很濕潤，沙漠化還沒開始，從事狩獵畜牧反而有更大的收益，從考古發現上看，早期農業遺址規模還比不上同時期的印度河流域。
雖然尼羅河農業條件如此優越，但是非洲最早的新石器文化並非出現在埃及尼羅河穀，而是出現在今日的“死亡之地”撒哈拉沙漠。與今日的幹枯沙漠景象不同，當時的撒哈拉還比較濕潤，為稀樹草原之地。撒哈拉新石器文化沒有明顯的農業跡象，主要遺存是陶器和岩畫，其陶器製作時間早於東邊埃及和北部歐洲，可確定是獨立陶器製作的發源地。其岩畫代表是阿爾及利亞和利比亞邊界不遠的撒哈拉中部的阿傑爾高原的岩石繪畫，以大量的動物畫出名，被譽為“世界上最大的一個史前藝術博物館”。