一向疼愛學生的蔡元培發怒了，他挽起袖子，揮舞著拳頭衝學生們喊道：“你們這班懦夫！有膽的就請站出來與我決鬥。如果你們哪一個敢碰一個教員，我就揍他。”學生們終於安靜了下來，他們第一次見到蔡校長如此，沒有人敢上前，最終在蔡元培的堅持下退出了辦公室。
第二天上午，學生們派了代表直接找到蔡元培，再次提出抗議。麵對衝動的學生們，蔡元培表示願意延期三日收費，可是學生們仍然不退讓，蔡元培一氣之下收回了延期三日的決定。
講義風波最後以教務長顧孟餘應允增長延期收費的時間而收場。學生們此次鬧事之後，蔡元培再次請辭，稱：“廢置講義費之事甚小，而破壞學校紀律之事實大，涓涓之水，將成江河，風氣所至，將使全國學校共受其禍……此皆由元培等平日訓練無方，良深愧慚……迫不得已，惟有懇請辭職。”
蔡元培的此次請辭並沒有持續很久，就在教職員工以及支持他的學生代表的勸說下回到了北京大學。一名叫楊廉的學生代表發表了《學生挽留蔡校長宣言》，稱：“這次征收講義費，係經評議會議決，取消講義費也須用適當的手續……我們大多數固然讚成廢止講義費，然而激烈行為，卻絕對不能承認。……為保存最高學府計，一致決議挽留我們平日所信仰的蔡校長，如有再行搗亂者，誓當全體一致驅逐敗類。”
楊廉等學生代表的舉動令蔣夢麟感到一些欣慰，他知道學生中仍然有一些頭腦冷靜的學生，這些學生也必然會成為日後的棟梁。他還知道，這些鬧事的學生並不是此事件的發起人，一般情況下，真正的主事人總不會站到最前麵，而是躲在人群中或其他人身後，鼓動其他人鬧事。
當時，蔣夢麟並不知道這群學生中，哪一個才是這起鬧事的策劃者，但是很多年後，當他在官場中見到一個神氣十足的貪官之後，他突然想起，在當初那場鬧事中曾見過這個人的身影。他能夠清晰地記得當時這個人的叫罵聲，因為他雖然躲在人群中，但他高高的個子仍然讓人一眼就能看到他。後來，一些學生因為鬧事被開除了，他也沒有被開除。
雖然時有鬧風潮的學生，但是蔣夢麟對他們的態度仍然是寬容的，隻要他們肯認識到自己的錯誤，蔣夢麟就不會過多責怪他們。蔣夢麟相信，學生運動中包含各種人，那些無論目標是否正確，都對自己的奮鬥目標深信不疑，並敢於負責的學生都是好學生，隻有那些鬼頭鬼腦，不敢承認自己所做之事的學生才有可能成為不良分子。
幾年之後，學校中又發生過一起風潮，這一次的風潮是反對蔣夢麟的。鬧事的學生們不但將蔣夢麟反鎖在辦公室裏，還將學校的大門也鎖上了，隻為使蔣夢麟同意他們的要求。蔣夢麟被困在辦公室裏，聽著門外學生們的吵嚷，閉口不提一個字。期間他接到胡適的電話，問他是否需要幫忙，如果需要，可以向警察局求助，要求警察前來驅趕學生，他拒絕了。
蔣夢麟並不想因為這樣的事情驚動警察，雙方就這樣僵持了很久。下課時間到了，上完課的學生們嚷著要回家，準備上課的學生們嚷著要進去，鬧事的學生見狀，沒了辦法，隻好打開了校門。但是這些學生並沒有馬上離去，他們在門口守著，一看到蔣夢麟走出來，便尾隨在他身後，一路責罵他。
事後，評議會讓蔣夢麟列出能夠想起的鬧事學生，並把這些學生一一開除了。多年後，蔣夢麟在昆明中央航空學校遇到了其中的一位學生，那位學生已經成為一位優秀的飛行員和教官。再見麵時，蔣夢麟幾乎沒能認出那位學生，倒是那位學生主動走到他麵前，對他行禮，眼神清澈，笑容陽光，再無半點當初的醜惡。
經過這件事，蔣夢麟更加確定自己當初的想法沒有錯。學生固然有錯，但他們的錯隻是在於一時的偏頗，學校作為培育人才的機構，應當負起對學生們的思想正確進行引導的責任。事實上，他也一直是這樣想的，並且這樣做的。
正因如此，他才會一直重視學風建設，因為他相信，學風是學校中的信仰。當教職員工和學生們都心懷信仰，並朝著信仰所在的方向前進時，學校的氛圍就會越來越好，發展也會越來越順利。教育能得以挽救，學生們也能得以挽救。