到此，案件是越審越糊塗，會同審案的兩江總督噶禮和江蘇巡撫張伯行之間出現了嚴重的分歧。噶禮和安徽巡撫梁世勳認為李奇純屬誣告，而張伯行卻認為軒三仍有重大嫌疑，最關鍵的是在審訊軒三時他竟然提到了噶禮——堂堂兩江總督竟然可能是案件中最大的碩鼠之一，而噶禮又是案件的主審之一，這不是賊喊捉賊嗎？
欽差戶部尚書張鵬翮因為其子在安慶府當知府，想要包庇噶禮，大事化小，小事化了。但作為康熙一手提拔起來的大臣，張伯行決定無論如何不能辜負皇上對自己的期待，哪怕噶禮是旗人，官位在自己之上，也要將案件徹查到底！
張伯行很快上了奏折，奏參兩江總督噶禮得銀五十萬兩，徇私賄賣，舉人程光奎、吳泌等不肯審明，請將噶禮革職嚴審。
噶禮不甘示弱，立即反擊，他也上了奏折參劾張伯行的幾大罪狀，其中僅私刻書籍、誹謗朝政一條就足夠滅門之罪。
這下案件升級了，康熙皇帝也被這兩人搞得有點糊塗了。張伯行報稱噶禮向考生索銀五十萬兩，這個數目也太誇張了吧，連康熙都說：“江南一省舉人能有幾何？縱盡行賄買，亦不能致此數。噶禮若受贓，即五萬亦當致之重典。”大概由於張伯行對於貪汙向來深惡痛絕，都是拿放大鏡看的，但這樣反而過猶不及。
張伯行是康熙皇帝非常信任的清官，康熙多次提升他，稱他為“天下清官第一”。他在福建和江蘇巡撫任上都做出了巨大的政績，深得百姓愛戴，又是當世的理學大家，親手創建了著名的福州鼇峰書院和蘇州紫陽書院。因此，噶禮所參張伯行的罪行，康熙也覺得難以接受。
康熙索性宣布將兩人同時解任，由張鵬翮等人繼續審理，並特地指出無論案件牽 扯到誰都要一查到底。接著審理過程中再生波瀾，原來前麵審理李奇時，又牽扯出了涇縣知縣陳天立，陳天立到案後，交代確實接到了李奇送來的十五錠黃金，但問到交給誰了的時候，他卻吞吞吐吐不肯說，就在欽差準備再次審問之際，陳天立卻突然在獄中自縊而死，這下子死無對證了。一個小官的犧牲往往可以保住多少大官的烏紗帽和腦袋，這個陳天立死得太有價值了！
然而，對於身為欽差的張鵬翮來說，卻不免負有幾分監管不嚴的責任，加上他從一開始就有袒護噶禮之心，因此在審案過程中顛倒是非，一味站在噶禮的立場，指控張伯行汙蔑好人。
與此同時，在輿論的渲染下，眾多的百姓也對案件議論紛紛，人心躁動，大家都在看朝廷會怎麼處理該案。而噶禮和張伯行被罷官，更是無異於在人群中投下一顆重磅炸彈，兩人的粉絲、擁躉們立即展開了一場聲援競賽。
江寧、鎮江、揚州等府的百姓百姓聽說噶禮解任，連日罷市，並到衙門請求噶禮留任。康熙讓江西巡撫暫代噶禮的職務，但當噶禮差人準備將自己的官印送到江西巡撫衙門的時候，粉絲們將城門關閉，不讓差官出城。眾人竟將印信捧赴安徽巡撫梁世勳公館，梁托足疾不願意出來。大家又將印信拿到蘇州織造李煦的衙門，希望李煦向康熙彙報，讓噶禮繼續留任。李煦苦口婆心一番勸說，眾人勉強離去。到了第二天噶禮的大印才送到江西，而眾兵民仍將噶禮家的大門用木石堵塞，不讓他出來。
到此，案件是越審越糊塗，會同審案的兩江總督噶禮和江蘇巡撫張伯行之間出現了嚴重的分歧。噶禮和安徽巡撫梁世勳認為李奇純屬誣告，而張伯行卻認為軒三仍有重大嫌疑，最關鍵的是在審訊軒三時他竟然提到了噶禮——堂堂兩江總督竟然可能是案件中最大的碩鼠之一，而噶禮又是案件的主審之一，這不是賊喊捉賊嗎？
欽差戶部尚書張鵬翮因為其子在安慶府當知府，想要包庇噶禮，大事化小，小事化了。但作為康熙一手提拔起來的大臣，張伯行決定無論如何不能辜負皇上對自己的期待，哪怕噶禮是旗人，官位在自己之上，也要將案件徹查到底！