張鵬翮的報告遞上去後，康熙帝知道其中的貓膩，不肯草率同意張鵬翮的結論，又派戶部尚書穆和倫和工部尚書張廷樞二人抵達揚州府接手此案，沒想到三個尚書之間聲氣相求，官官相護，穆和倫與張廷樞在揚州第三次組成審判庭，得出的結論和張鵬翮幾乎一樣。
但康熙皇帝是何等人，在揚州特別法庭開始的時候，他已經下令北京的六部九卿共同會審，這已經是動用了當朝最高的審訊級別，自順治以來還真沒幾次。
一旦最高當局真的狠下心來想辦成某事，天大的事情也就容易解決了，包括遏製房價上漲、解決貪官汙吏等等。
原來，該科江南鄉試前，歙縣貢生吳宓委托一個叫餘繼祖的人通關節,願以白銀八千兩為酬。餘先以黃金百兩、白銀兩千兩托前任安徽巡撫葉九思的門生員炳幫辦。員炳見到葉九思後，謊稱吳宓是自己的表弟，請求提拔並聲明酬謝。葉九思說：“銀我不要,拿個記號來,我去對房考說。”遂以“其實有”三字作為關節,放到首場第一篇文章的破題之內。葉九思探聽到涇縣知縣陳天立是副主考趙晉的親戚，便托他轉告，稱吳泌為其好友，許銀五百兩求中，房官處他自料理。入場後，吳泌之卷分在句容縣知縣王曰俞的房中，陳天立去找王曰俞，以趙晉的名義相托，王曰俞遂將的卷子取中推薦上去。
事情真相大白，康熙皇帝下旨趙晉、方名、王曰俞三個考官斬立決；吳宓、程光奎、餘繼祖、員炳、李奇等人處以秋後絞刑，後來改為流放；主考左必藩雖然沒有查出受賄情節，但以失察罪初擬軍流，後改革職；葉九思還沒等到審訊就死了，據說是病逝，但具體怎麼死的可能隻有他自己知道；為了避免事態過於擴大，噶禮和張伯行 互參之事不予深究，噶禮被革職，而張伯行革職後仍留任，這是因為康熙對於張伯行深為信任。消息傳出，福建、江蘇等地官民奔走相告，紛紛寫下紅幅貼在門旁：“天子聖明，還我天下第一清官。”更有上萬人進京到了暢春園，跪謝皇恩。
一場轟動全國的科場大案至此落下了帷幕，其中案情的錯綜複雜程度超乎常人的想象。如果不是康熙皇帝賢明的話，恐怕一場冤假錯案是難以避免的了。
趙晉入獄後，其同年、康熙四十二年的狀元王式丹正好告假在籍，跑到獄中去探望他，沒曾想趙晉第二天就在獄中上吊了。於是流言紛傳王式丹以自己的老仆換出趙晉，結果未成。消息傳出，老仆跑掉，王式丹本人則被抓進牢中，通緝數年後，老仆還未抓到，王式丹才被放出來。
而本案中官位最高的噶禮則在幾年後卷入了另外一場駭人聽聞的案件，噶禮的母親一直寵愛小兒子，不太待見噶禮，噶禮竟然狠心與與其弟色勒奇、其子幹都於食物中下毒圖謀弑母。事情敗露後，噶母一狀告到了康熙皇帝那裏，請求將噶禮處以淩遲的極刑。康熙帝令噶禮自盡，老婆孩子屬於從犯皆處死，家產抄沒。
孫靜庵《棲霞閣野乘》中又說康熙在賜死噶禮時，命先將噶禮眼珠挖出，兩耳割掉。噶禮在行刑時買通了監刑官，讓他在自己還沒斷氣的時候就入館收殮。監絞官等到半夜，忽聽棺中說話：“人去矣，我可出也。”聞者大駭，劈其棺，噶禮坐起來，因耳目俱無，不知道到哪裏去。監絞官擔心事情泄露，一斧劈倒，連棺焚化，回去複命。康熙聽說後，笑道：“這奴才真燒坯也。”
這樣的說法未免是小說家編出來的，但是康熙如果這麼嚴厲地處決噶禮，那是真的新賬舊賬一起算了。