此時韓廷大軍已由大村益次郎掌管，見幕府餘黨作亂不服，派遣征討大軍，不日殺至長岡，卻說這長岡乃越後北部強藩，民風質樸強悍，藩主牧野忠信為德川家康十七將之一的牧野康成之後，曾與官軍談判要求武裝中立被拒絕，遂加入奧羽越同盟和官軍作戰。5月19日，官軍攻克長岡。長岡城下町屋舍被焚毀達二千五百餘間，兵學所、藩校崇德館、社寺等重要設施也蕩然無存。數十年來所積之軍用金二十萬兩，大炮四十門，武器彈藥無算，盡被官軍掠走。以後雙方在長岡附近反複格鬥，難解難分。7月初官軍增兵達四萬三千人，最終奪取長岡，同盟軍在越後北部徹底敗北。越後諸藩見大勢已去，隻得相繼向新政府投降。
官軍乘勝追擊，蕩平東北諸地。此戰韓廷終獲全勝，史稱“戊辰戰爭”。期間忠勇之士輩出，會津若鬆城內三百少年武士，組織白虎隊，頭纏白帶子，奮勇為藩主而戰，會津藩投降後，白虎隊員一齊剖腹自殺——最大的十七歲，最小的十五歲，甚為慘烈。更有那下總國鄉士相樂總三組織赤報隊，進入關東為新政府軍開辟道路，向農民宣傳減租的政策。然戰爭尚未結束，政府便決定食言，遂以冒充官軍為罪名解散赤報隊，將相樂總三等首領處死。那新選組一幹武士，多奮勇力戰，至死方休。
天下既定，天皇論功行賞，岩倉具視、大久保利通、木戶孝允、西鄉隆盛等人操持大權，擁戴新君。這日睦仁上韓，言道：“如今列強環飼，群雄紛爭，朕欲令日本雄飛世界，開拓萬裏波濤，揚國威於海外，該當如何？”岩倉奏道：“陛下率領義士，興兵誅暴亂，而天下大定。今名號不更，無以稱成功，傳後。請先議帝號。”木戶道：“陛下興義兵，誅殘賊，平定天下，法令由一統，自上古以來未嚐有，《易經》雲‘聖人南麵聽天下，向明而治’，臣等昧死上尊號，年號‘明治’”眾人皆稱善，遂以”明治“為號，1868年即為明治元年。之後遷都江戶，改名東京。又頒下《五條誓文》，乃雲廣興會議，萬機決於公論；上下一心，盛行經綸；官武一途以至庶民，各遂其誌，務使人心不倦；破舊來之陋習，基於天地之公道；求知識於世界，振興皇國。又建“東京招魂社”，以悼戊辰戰爭中為天皇而犧牲的軍人。之後取《左傳》“吾以靖國也”，將東京招魂社改名靖國神社，希求國家安定。
天皇又道：“昔日列強來犯，迫使我等簽下不平等條約，朕每憶及此事，如芒在背，不知各位卿家有何計策，一洗前恥。”隻見大久保奏道：“舊幕府與各國締結條約，乃苟且偷安之措置。時至今日，已與舊幕府時期處境不同，臣民無不感戴皇威，國家之開化亦日進一日，人心已非昔年之比。眼下《安政條約》已屆期滿，我等不若乘此機會修改條約，光複國威。”木戶道：“西洋列強狼子野心，如何肯與我等方便？”岩倉具視道：“臣願出使歐洲，修好諸國。”天皇道：“如此甚好，卿等籌備妥當，便行出洋。”岩倉等人謝恩退下，籌劃出洋考察一事，不想如此一來，又引得日本發生天翻地覆的變化。欲知詳情如何，且聽下回分解。