《諸病源候論》在我國醫學上所取得的成就與貢獻，突破了前人的病因學說。巢元方等在病因學說方麵，有不少創造性見解，對有些疾病，突破了籠統的“三因”傳統說法，豐富了祖國醫學的病因學說。
《諸病源候論》雖然是探討病因證候的專著，但也敘述了不少有關治療創傷的外科手術方法和縫合理論等。這些創造性的成就，說明了我國外科手術治療在繼承漢晉以來所取得的成就的基礎上，在隋代又有了新的進步，達到了更高的水平。
到了唐代，唐京兆華原之地於581年誕生了我國曆史上著名的醫學家孫思邈。他自幼天資聰敏，治學精勤，善言老莊，喜好釋典，通經史，知百家，是集佛、道、儒三教於一身的飽學之士。
在行醫的同時，孫思邈勤奮地鑽研古代名醫的著作，尋求民間的治病經驗，往往因為一個單方、一味藥物、一種炮製方法等，不遠千裏虛心向人請教。因此，他的醫療技術得到了不斷的提高，至此以後醫名鵲起。
孫思邈鑒於古代諸家醫方散亂浩博，求檢至難，便博采群經，勤求古今，刪裁繁複，以求簡易，撰方一部，凡30卷，“以為人命至貴，有貴千金，一方濟之，德踰於此”，故名曰《備急千金要方》。
《備急千金要方》約成於652年，孫思邈當時年約70歲。書成後，孫思邈仍時時感其不足，繼續努力，又集30年臨床經驗，作《千金翼方》30卷以補《千金要方》之不足。兩書合而為我國唐代昀有代表性的醫藥學著作。
孫思邈是一位精通諸科、技術全麵的臨床大家，尤為重視婦科和兒科。《千金方》中先論婦人、小兒，後論成人、老者，強調婦人和小兒患病不同於男子和成人而各具特殊性，主張婦產和小兒應獨立設科。兩部《千金方》中婦產科內容達7卷之多，對胎前、產後、月經不調、崩漏、帶下等婦產科疾病的防治進行了係統的闡述。
到了兩宋時期，由於我國印刷術的改進和造紙術的進步，給醫藥學書籍的大量印刷創造了良好的條件。宋代政府從全國征集到大批醫藥古典書籍，其中不少由於千百年輾轉傳抄，以及戰火、蟲蛀、脫簡等原因，已經散亂或殘缺不全了，迫切需要進行一次係統的校勘和整理。因此，宋政府采取了許多積極措施，使這一重要事業得以順利進行，並取礙了十分顯著的成就。
971年，皇帝發布了《訪醫術優長者詔》以集中著名醫學家；981年發布了《訪求醫書詔》，大量“購求醫書”，並明確規定凡獻書在200卷以上者，均給獎勵；1026年，宋政府又下令全國，再次征集醫藥書籍，並令醫學家、目錄學家於國家圖書館內予以整理。
據《宋史·藝文誌》等所收載的醫藥衛生保健書目達590部，3327卷之多。這些措施使國家藏書在多年戰亂之後，又達到了更加豐富的水平。
982年，宋太宗趙光義下詔翰林醫官院向全國征集有效醫療處方，又得到各醫學家應用之效驗方或家傳效驗方萬餘首，遂命尚藥奉禦王懷隱等編《太平聖惠方》。
992年，編成《太平聖惠方》100卷，宋太宗禦製序文，並經政府刻本刊行。此書分為1670門，收載醫方多達1.68萬首，內容頗為豐富。每一門類均以《諸病源候論》的病因、病理和證候等醫學理論為綱，其後附錄所彙集的有效方藥，是一部理論聯係實際，具有理、法、方、藥完整體係的醫方著作，很有臨床實用價值，影響極大。
《聖濟總錄》則是宋代昀大的一部方書。它是宋徽宗時由政府組織醫學家廣泛征集曆代方書和民間有效偏方，於1111年開始，曆時7年編成的。
《聖濟總錄》共200卷，分為60門，載方約2萬首，對前代方書幾乎囊括無遺。該書每門之下分列若幹證，每證之首，先論病因病理，次述治法方藥，綜括內、外、婦、兒、五官、正骨等13科，內容極為豐富。
此外，宋代由於人體解剖學有了進一步的發展，還出現了兩種解剖圖譜，即吳簡的《歐希範五髒圖》和楊介的《存真圖》，這是當時人體解剖學的標誌性著作，對後世產生了很大影響。
我國金元時期，醫學界產生了許多流派，在學術上爭鳴，昀具代表性的有劉完素、張從正、李東垣和朱震亨，被稱為“金元四大家”。他們的產生與宋代醫學理論和實踐的豐富與革新思想有關。
劉完素一生著述較多，主要有《黃帝素問宣明論方》、《素問玄機原病式》、《內經運氣要旨論》、《傷寒直格》、《傷寒標本心法類萃》、《三消論》、《素問藥注》、《醫方精要》，其他托名劉完素的著作還有《習醫要用直格並藥方》、《河間劉先生十八劑》、《保童秘要》、《治病心印》、《劉河間醫案》等。後人多把劉完素的主要著作編成《河間六書》、《河間十書》等，其中或加入金元其他醫家的著作。
張從正為一代名醫，門人眾多，其中較知名者有麻九疇、常仲明、欒企等。其主要學術思想均體現在《儒門事親》一書中，是由其弟子麻九疇等人將其晚年多種著作整理彙編而成，全書共15卷，取名用意指“醫家奧旨，非儒不能明”，而“為人子者，不可不知醫”。
李東垣，字明之，名杲，號東垣。金代真定人。他從師於張元素，並繼承其易水學派，成為一代名醫。著有《脾胃論》、《內外傷辨惑論》、《蘭寶秘藏》等。
在“金元四大家”中，朱震亨所出昀晚。他先習儒學，後改醫道，在研習《黃帝內經·素問》、《難經》等經典著作的基礎上，訪求名醫，受業於劉完素的再傳弟子羅知悌，成為融諸家之長為一體的一代名醫。著有《格致餘論》、《局方發揮》、《本草衍義補注》等書。