《傷寒雜病論》中製定了22篇、397法，立113方，從其記載的內容可以知道，我國醫學早在2世紀時，經過醫學家張仲景的實踐和總結，已能正確使用解熱藥、導瀉藥、利尿藥、催吐藥、鎮靜藥、興奮藥、健胃藥、截瘧藥、止痢藥等等，其中多數方藥已由後世科學證實它的療效可靠。
在《傷寒雜病論》中，張仲景還提出“舍脈從證，舍證從脈”的靈活辨證方法，在討論治療中要根據病情的標本緩急，運用先表後裏、先裏後表以及表裏兼治的方法，並對治療的禁忌，以及針灸綜合療法，都有所論述。
張仲景所確立的“辨證論治”原則，是祖國醫學偉大寶庫中的燦爛明珠，從而使中華民族的醫學獨具特色而自立於世界民族之林。
張仲景的學生王叔和曾任三國魏的太醫令，他在臨證實踐中體會到了脈診的重要性和複雜性，“脈理精微，其體難辨”“在心易了，指下難明”，所以他選取《黃帝內經》、《難經》及扁鵲、華佗、張仲景等人的有關著述，編著成《脈經》一書。
《脈經》全書共10卷。原有“手檢圖三十一部”，後世亡佚。本書經宋代林億等校訂後，卷數未變，而篇次和內容有所更動，後世有多種刊本印行。
《脈經》把脈象分成24種，即浮、芤、洪、滑、數、促、弦、緊、沉、伏、革、實、微、澀、細、軟、弱、虛、散、緩、遲、結、代、動。基本上概括了臨床上經常出現的一些脈象，後世脈象種數雖有增加，但基本不出其左右。
同時《脈經》中還對各種脈象作了比較形象具體、容易理解的描述，這就使學習者易於理解和掌握，王叔和可謂在脈學中做此類工作的第一人。
《脈經》集漢以前脈學之大成，總結了3世紀以前的脈學知識，並充實了新的內容，使脈學理論與方法統一化、係統化、規範化，並保存了一部分古代診斷學的文獻資料。
三國之後的魏晉時期，西晉醫學家皇甫謐搜求古典醫籍，遙宗古人妙術，除著有《依諸方撰》等之外，主要有《針灸甲乙經》12卷，作為第一部針灸學專著流傳後世，在我國醫學史上產生了深遠的影響。
《針灸甲乙經》是一部彙編性著作，它是根據《黃帝內經·素問》、《針經》、《明堂孔穴針灸治要》3部書的內容編纂而成的。皇甫謐認為“三部同歸，文多重複，錯互非一”，於是“除其重複，論其精要，至為十二卷”。主要目的則在於便於學習，便於應用。
《針灸甲乙經》的128篇內容可大致分為兩大類：第一類論述人的生理功能、人體經脈、骨度、腸度及胃腸所受、俞穴主治、診法、針道、生理病理等；第二類則為臨床治療部分，包括內外婦兒各科，尤以內科為重點。
《針灸甲乙經》中關於針刺操作手法，從理論到具體操作要領，均作了比較具體的敘述，既具有對前代經驗的總結性，又富有一定的創造性，無論從文獻學價值和指導後世針灸發展都有著重大的意義。
《針灸甲乙經》的著成，對於我國針灸學的發展起到了極大的促進作用，宋、金、元、明、清重要針灸學著作基本上都是在本書的基礎上來完成的。國外早已有本書的英譯本，對國外針灸學的發展也有重要的影響。
繼《針灸甲乙經》之後，東晉時期的葛洪編著了著名的醫學著作。葛洪是江蘇句容人，曾拜南海太守鮑靚為師。鮑靚精於醫藥和煉丹的技術，他見葛洪虛心好學，年輕有為，就把所掌握的技術毫無保留地傳授給他。葛洪後來修道於茅山抱樸峰，因此自號抱樸子，隱居於廣東羅浮山中，專事煉丹製藥及文學著述，直至終年。
葛洪編著醫書，先成《玉函方》即《金匱藥方》100卷，以篇幅之宏大，為集醫療經驗之大成的巨著。然而，由於《玉函方》卷帙浩繁，不便攜帶，率急之際，難於速尋，所以葛洪又仿前人作《備急方》的體例，采《玉函方》之要約精華，編成了《肘後救卒方》3卷，又名為《肘後備急方》。“肘後”二字，意思是可掛於臂肘，比喻其攜帶方便，而書名《肘後備急方》，則與後世所說的《急救手冊》甚為相似。
葛洪的《肘後救卒方》為救急而作，所以其中選方務求簡、驗，用藥亦多擇易得、廉價之品，尤宜於窮鄉貧戶急病所用。如此全以病者為慮，精神委實可嘉。
《肘後備急方》雖然是一部手冊性質的醫著，但其內容總結了我國晉以來醫療發展方麵許多先進成就，有的還是十分突出的。例如急性傳染病的記述，包括多種流行性傳染病、瘧疾、痢疾、狂犬病、結核病、丹毒、恙蟲病等等。
《肘後備急方》在流傳過程中，經南北朝時期南朝梁著名醫藥家陶弘景增補為《樸闕肘後百一方》，後又經金代楊用道增補為《附廣肘後備急方》，成為後世廣為流傳的本子。
《肘後備急方》共8卷，其內容主要是一些常見的病症的簡便療法，包括內服方劑、外用、推拿按摩、灸法、正骨等一些十分實用的內容。這部書雖號“肘後”，卻包含相當多寶貴的醫學史料實用的方劑方法，有不少醫學史上的重要發明發現，對後世的醫療實踐具有重要的啟示作用。
至隋代，我國醫藥學又有了顯著的進步。隋煬帝時的著名醫學家巢元方主持編撰的《諸病源候論》是標誌性成果。巢元方曾任太醫博士。他與同道奉隋煬帝之詔，在前人積累的大量資料的基礎上，共同編撰了一部總結疾病的病因、病理、證候的醫學基礎理論巨著《諸病源候論》，這是我國曆史上第一部係統論述病因證候的專著。
《諸病源候論》全書共50卷，分67門，載列證候1700餘條，分別論述了內、外、婦、兒、五官等各科疾病的病因病理和證候，一般並不論述疾病的治療，但也有很少一部分疾病討論了診斷、預後，以及導引按摩、外科手術為主的一些治療方法和步驟。