人民解放軍百萬雄師渡過長江後，以摧枯拉朽之勢，很快解放了南京、上海、武漢、長沙等大城市。10月上旬，兵臨廣州城下。當時，鄧文儀已逃到了廣州，在閻錫山拚湊的所謂“戰時內閣”中任政工局局長，指揮國民黨特務繼續進行各種破壞活動。在一次軍警特務頭子會議上，他曾揚言：“所有嫌疑分子應迅速逮捕，所有政治犯應迅速處決。”在他的指導下，反動軍警在廣州大搞白色恐怖，僅中山大學一次就有156人被捕。
在廣州解放前夕，鄧文儀曾命令廣州衛戍司令李及蘭大肆破壞城市設施，犯下了種種罪行，最令人憤恨的是他下令炸毀了廣州市區的海珠橋。海珠橋是廣州人民用血汗建築的橫跨珠江的大鐵橋，工程浩大，建築雄偉，是廣州人民引以自豪的建築之一。國民黨要破壞大橋的消息傳出後，廣大市發紛紛派代表向廣州當局請願，堅決反對破壞大橋，但由於鄧文儀等人的幹涉和阻撓，請願毫無結果。
10月14日，國民黨軍警突然宣布大橋“緊急戒嚴”。不久，又宣布解嚴，車馬行人照常行駛。可人們哪裏知道，喪心病狂的反動派已經在他們腳下安裝了400多箱黃色炸藥。下午6時，隨著一聲驚天動地的巨響，鋼架結構的珠海大橋騰空而起，橋上的一切化為烏有，途經行人炸得粉身碎骨，橋下的船隻也頃刻間化為支離破碎的木板，一時間，珠江兩岸呻吟聲四起，慘絕人寰。事後統計，海珠橋血案造成災民三千，死傷五百，沉毀民船百餘艘，震損房屋數百間，海珠橋血案教育了廣州人民，更增強了他們對國民黨的無比仇恨。
早已跑到成都的蔣介石，得知這一消息十分高興，稱讚鄧文儀等人幹得好，而鄧文儀也以此在台灣國民黨政壇上又混了幾年。
晚年鑽研道教，為台灣中華黃埔四海同心會名譽會長，率四海同心會祭祖團回大陸
鄧文儀隨蔣介石到台灣後，被任命為台灣國民黨省黨部主任委員、“行政院”內政務次長等職，但已不掌握實權了。他一手經辦的政工局被蔣經國接管，改為“國防部”總政治部，蔣經國任主任。3年後，他又辭去其他職務，專任政務次長，也曾任國軍退役官兵輔導員會副主任委員。20世紀60年代以後，他退出政界，皈依道教，影息山林，整日和一班道士談經說道。從1983年起擔任台灣道教總會理事長，並從事著述。
80年代後，鄧文儀任台灣中國民主和平統一策進會主任。1991年，台灣中華黃埔四海同心會成立，鄧文儀被推為名譽會長，劉番為會長。4月5日，鄧文儀、劉番率該地祭祖團到陝西橋山祭掃黃帝陵。祭文寫道：“四十年寒暑，癸奠愧疚，兩岸黃埔，相期互助。率團謁陵，同心相求，河山一統，萬世行秋。”
鄧文儀在接受《中國新聞》社記者采訪時說：“台灣同胞來橋山祭拜黃帝陵的機會很難得。我想說的話很多，但最要緊的還是祖國盡快統一。中國統一，好處很多，海內外同胞都應為此竭誠努力。”隨後，鄧文儀、劉番率中華黃埔四海同心會祭祖團到達北京，同黃埔軍校同學會進行了座談，4月10中共中央總書記江澤民接見了鄧文儀等。在交談中，鄧文儀再次表達了希望祖國盡快統一的迫切願望，並表示願為此做出努力。