因別動隊作用特殊、地位顯赫，許多要員都企圖染指於它。軍統頭子戴笠曾圖謀控製別動隊，向蔣介石保薦其心腹黃珍吾為別動隊副總隊長。後又借口康澤兼職過多，升任黃為代理總隊長，一舉取康而代之。康澤也不甘示弱，設計把黃珍吾趕走，又重新控製了別動隊一個時期，才以其親信劉伯龍升任總隊長。為牽製劉伯龍，康澤又提升親信馬維驥為副總隊長兼支隊長。1939年別動隊被正式改編，大部分編為新編第二十八師和第二十九師，餘部編入軍法執行總監部執法總隊和軍政部補充兵員訓練處。新編第二十九師曾任重慶衛戍部隊，1941年在滇緬邊境為日軍所敗。
康澤卸除了別動隊總隊長職務後，專任內政部青年訓導總團主任，該團設在重慶市郊五雲山。康澤此時努力執行蔣介石消極抗日、積極反共的政策，利用軍令部聯絡參謀的名義，派特務到八路軍、新四軍中搜集情報，然後借回軍委會述職為名，將情報報給康澤，由康轉報國民黨軍委會。康澤為發展個人勢力，還時常保薦其心腹出任要職，如舉薦王元輝當四川保安處長，等等，所以，雖然軍委會別動隊不存在了，但康澤勢力卻繼續發展，康澤的觸角已伸向更多的黨政軍機構。
在第二次國共合作談判過程中十分活躍
1937年5月至9月，康澤作為蔣介石的高級幕僚，參與了第二次國共合作的談判。5月的一天，康澤奉命到廬山牯嶺去見蔣介石，進入會客室後看到張治中也在座，蔣介石遞給康澤兩份文件，內容是有關國共兩黨合作的共產黨軍隊改編的問題。蔣介石說：“這些問題，都談了一下，有的可以。我拿鉛筆打了問號的，還有點問題，你拿去研究一下。”接著又對康澤說：“你以後就參加國共談判。現在周恩來他們已經到南京來了，你和立夫先生、張治中一道去和他們談。”
過了幾天，康澤和張治中在南京與陳立夫會麵，陳立夫對國共談判的有關問題談了他的意見，康澤當時隻是恭恭敬敬地聽，沒有表示自己的任何意見。他知道，陳立夫位高權重，自己稍有不慎，就會得罪這位重臣。所以，康澤打定主意，關於談判原則完全聽從陳立夫的。臨走時，三個人約定，在和共產黨代表談判之前，先把預備談的問題商量好一個腹案。
蔣介石從廬山回到南京後，召見了康澤，吩咐說：“你去準備一批副職人員，從副師長到副連長，還有行政人員，從行政專員到縣長、區長，將來派到陝北去。”
蔣介石當時的打算是，紅軍改編為八路軍後，就用這批人員去改造和控製中共的軍隊和政權。他還打算在八路軍三個師之上不設指揮機關，直接由國民黨軍委會來管理和指揮。當時，康澤問蔣介石：“毛澤東、朱德怎麼安置？”蔣介石斷然回答：“要他們出國到蘇聯去。”召見之後，康澤就從特訓班和別動隊中挑選了三人，擬任陝八路軍三個師副師長，挑選劉已達擬任陝北行政專員，還挑選了其他所需人員，並帶他們去見蔣介石。蔣介石召見時簡單地講了幾句話，勉勵他們好好為黨國效勞。後由於共產黨的堅決拒絕，這批人最終也未派去。
7月間，蔣介石又召見康澤，商討向陝北派邊區主席一事。康澤向蔣介石建議說：“共產黨提出在於右任、張繼、宋子文三人中擇一人去當邊區主席，我覺得都不適宜。張繼先生對黨雖然很忠誠，但易感情用事，於右任先生也是一樣，都經不得一拍，共產黨對他們好了，他們就會跟著共產黨走的。宋子文先生，我對他不很了解，好像更感情用事。”蔣介石同意康的看法，也認為“他們三人都不適宜”。
康澤又向蔣介石進言：“黨的老先生中，丁惟汾先生怎樣？丁先生平時處人也很好。”蔣介石對此提議表示讚同。於是，康澤便奉蔣介石之命去找丁惟汾征求意見，丁表示同意。康澤報告，蔣介石當天下午就召見了丁維汾。不久，蔣介石在中央政治會議上提名派丁惟汾出任陝北邊區主席，獲得通過。
盧溝橋事變發生後，蔣介石希望中共趕快出兵，便召康澤吩咐說：“快去通知周恩來，叫他們趕快出兵，不要等候改編了。各級副職人員、政工人員、行政人員也都不派了。”康澤立即打電話通知了中共談判代表。
8月間，蔣介石又召康澤，讓他挑選派往八路軍總部及其三個師的聯絡參謀。於是，康澤提出讓喬樹人任八路軍總部聯絡參謀，蕭禦寰、李德、李克庭分別任三個師的聯絡參謀，並帶他們去見蔣介石。