這是古往今來最宏偉的屠殺計劃，執行得也相當堅決。
距剿滅城民不久，張獻忠又發出了“除城盡剿”令，令軍隊出城，消滅農村人口。深入窮山大嶺，一個也不放過。“立搜山、望煙等頭目，蹤跡高山大穀有匿崖洞者，舉火薰之。”
從榮縣、洪雅等縣縣誌所引資料看，張獻忠在四川許多地方無可爭辯地實行了“除城盡剿”的政策。他認為：“居山野者俱叛逆，將悉行剿滅；城內俱良民，乃免死。”具體做法是：
凡剿一處，先令地方官清四至界，並鄉導人送領兵官。前一日照四至界址布兵環圍，次日開剿，四下齊向中央搜殺，如圍場合龍口之狀。
結果是：“不論男女老幼，逢人則殺。”“剿畢，複扒草尋穴，細搜數日乃複命。”要這樣仔細是因為：“倘有漏網者，或於別處發覺，罪其領兵官。”前麵提到的小秀才歐陽直，他在為張獻忠部服務時，“嚐見郫縣解來一個逃民，審訊之後，發現係峨眉人，於是負責查剿峨眉的官員洪都督被剝皮。”
在這樣嚴厲的政策下，各地官兵當然不敢不盡職。僅川中各縣，就有十四萬多人死在屠刀之下。
作為一項軍事命令，當然要有驗功標準。那就是手掌。歐陽直辦理文案時，曾經見到以用手掌記功的記載。他說：
每官兵回營以所剁手掌驗功，掌一雙準一功。凡有軍官衙門所在，手掌如山積。而成都城內人掌，則更幾於假山之萬疊千峰矣。嚐見一劄付，自副將升總兵。其劄頭空白處，用朱筆細字備注功級，算手掌一千七百有零。
傅迪吉被擄入張軍之後不久，尋找一個機會，開了小差，逃回家鄉。然而，他的家鄉也逃不過“除城盡剿”之令。順治三年（公元1646年）正月，傅迪吉聽說有兵來殺人，隻好上山逃命。“正月十六，半夜時，聞村後林子邊有許多人說話。我馬上起床去問怎麼回事。原來他們是早先躲在附近大山裏的人，也有自山外逃來者，約數千人，他們說：‘將黑時，流賊突至殺人，我們走脫，不知後麵。’”
“我速叫家人，收拾造飯。天剛亮，還沒做好飯，那些逃來的人又逃到別處去了，我隻得罷飯而行。我逃到郭家溝山上，即聽到有人傳信說：‘張軍到內官寺了，將傅某人房子燒起。’原來我家已經被燒了。這個時候，幸有此班傳信之人，他在山頂一呼，接連相傳，登（頓）時可聞數十裏。賊在東，即走西；在西，即走東。賴此以全活者，不可計數。”
“是夜，暫宿楊梅河。見號火連天，相績（續）不斷，數十裏之遙，數十營之多，都是張軍，所過之地，全無生路。我不敢少留，在此一飯即行，至老龍場寺上。天明，流賊即趕到。我嶽母、小姨俱被害，傷哉，傷哉……相依住了二十餘日，賊退方回。”
“及回至地方，蕩然一空，止見屍橫遍野，河下不見一人。灣中止有一兩手俱剁者，（因沒有手，無法砍去驗功，故）流賊不殺，這個人說：‘大營去了好幾日。前日又有四個馬兵來，問我過大河之路，我指去了。’至家，房屋盡燒，和尚盡殺，吾家眾人即在寺廬共居矣。”
人肉為糧
人已經殺得差不多了，張獻忠開始撤退。窮途末路之人，比以往任何時候都眷戀家鄉。他對部下說：“棄蜀出秦，一得長安，則是中原首領自我而據，且關中為我故鄉，諸將兵多係秦人。自來強兵戰馬皆產於秦，要圖大事，還是陝西。”
然而，這時又遇到了供應問題。人口消滅淨盡，自然糧食就越來越難找。數十萬軍隊，沒吃沒喝，如何行軍？張獻忠想到了屠殺自己的部下。當然，要殺必先殺那些擄來的四川人，他們雖然被征入伍，心卻不附，經常有人開小差。
《蜀碧》載：
“獻忠欲此行入陝，惡其黨太多，欲止隻（留）發難時舊人。”他和汪兆齡等密議如何實行。“兆齡慫恿之曰：‘恐兵知而先噪奈何？不若先立法，責之各將軍都督等，多置邏者，以伺察營伍中行偶語者及微過，皆置文法並連坐，如此則殺之令名，無覺者矣。’密議已定，輒收治。”
密議結果，在義軍中要“收治”的有三種人：
其一係四川人，有在四川入伍者，有係四川人而在他省入伍者。其二係他省人而在他省入伍者，有係他省人而在四川入伍者。其三係明朝官兵投降過來者，有係陣前俘獲者，又有係各地方上的土匪入夥的，俱當盡誅。