其中尤其是四川義軍，張獻忠認為都是些“剽悍亡命，叵測不軌之徒”，故“恨入骨髓”，必欲除之而後快。
屠殺的辦法與殺士子時類似。據《蜀警錄》載：
先謊稱要從士兵中挑出精幹者，成立水師營。因此命令部隊在張獻忠等軍官麵前列隊而過，過去者生，被‘挑中’者即待死。先在江邊建造了一個木柵城，挑出來的數萬軍人都關進城內，開殺之時，先用槍炮向內轟攻，死傷大半，然後方揮兵入內砍殺。
結果在軍中共殺“男婦二十萬有奇”，占全軍半數，張獻忠在自己軍中製造的屠殺恐怖，使得幸存者恐為張獻忠所屠，大批逃奔“搖黃十三家”起義軍。
張獻忠還認為，隨營婦女是自己行軍作戰的累贅，在殺過自己士兵以後，把屠刀探向軍中婦女。順治三年（公元1646年），他離開成都時，首先將自己的三百嬪妃殺掉二百八十名，隻留了二十名侍候自己。並命令：
“各營所有婦女，齊集一處，由兵圍繞，獻忠另選兵人一隊為刀斧手。號令一聲，亂砍亂殺，叫冤哭慘之聲，展動天地。婦女屍身堆積如山，血流成河。”
還有史料記載，由於缺乏軍糧，張軍曾經把這些死亡者的屍體“剮之割之，製成醃肉，以充軍糧”。
收拾幹淨之後，張獻忠率部啟程。開國時的一千多文官，此時被殺剩二十五名，忠心耿耿地跟在身邊。士兵人數亦隻剩三分之一。張獻忠猶滿腔豪氣。可惜行至西充鳳凰山，遭遇清兵。他隨即：
騎馬出營，未穿盔甲，亦未攜長槍，除短矛外，別無他隊，同小軍七八名，並太監一人，奔出營外，探聽滿兵虛實。至一小崗上，正探看之際，突然一箭飛來，正中獻忠肩下，由左旁射入，直透其心，頓時滿地鮮血長流，獻忠在血中亂滾，痛極而亡。
其時，張獻忠方四十一歲。
五重災難
張獻忠的死，並不意味著四川人災難的結束。甚至可以說，川人的災難不過剛剛演完第一幕。
三百多年以來，四川一直流傳著這樣的說法：“張獻忠剿四川，殺得雞犬不留。”“八大王（即張獻忠）血洗四川，在劫者難逃。”清朝多種史書更是說，張獻忠把四川土著幾乎殺光。
後來，新一代史學家對於張獻忠濫殺無辜的說法深感憤怒。通過深入考證，他們有力地推翻了這一說法。據他們辛勤搜羅，《張獻忠屠蜀考辨》等文章證明：
第一，在張獻忠走後，四川起碼還生存著和張獻忠作戰的軍隊數十萬。
其中至少楊展有數萬，曾英也還有兵二十餘萬。“其他逃匿山區、結砦依險者更多。如通江縣地主朱應先，‘家號素封’，張獻忠在蜀時，他‘散財招士，結砦依崖’，‘活者百家，撫流亡者千數’。”
第二，還有一些人（大多是地主），在張獻忠起義軍占領期間，逃離家鄉，以後又陸續返回故裏的。”
第三，在四川境內留下的傳說中，一般也說經張獻忠起義之後，每個縣都還留了一些人。如灌縣的賈、苟、皮、王等姓，鄲縣的孫、唐、苟、範、徐、馬、劉等姓。至今有些地名，如邛崍縣石頭公社的逃命溝、火升公社的躲兵岩、大邑縣服江公社的逃亡壩（唐王壩），均與明末地主逃匿有關。
新一代史學家通過這些有力的證據，證明了“張獻忠濫殺無辜”是地主階級惡毒的反動宣傳，張獻忠不但留下了一些人不殺，而且這些人還不在少數。
可惜的是，這些幸存下來的人，大多也沒有逃過以後連續不斷的災難。
正應了智慧的中國人的老話：“大難將至，善人先死。”蓋後死者的使命，隻是承受更多的災難。
第一重災難是饑荒。
張獻忠據蜀期間，破壞了農業生產的正常進行，絕大多數耕地都被撂荒，積存的糧食則被搜掠淨盡。所以張獻忠部走後，四川遇到了嚴重的饑荒，糧價大漲。清人費密撰《荒書》記載：
蓋自甲申為亂以來，已三年矣。州縣民皆殺戮，一二孑遺皆逃竄，而兵專務戰，田失耕種，糧又廢棄，故凶饑至。此時米皆出土司，米一鬥銀十餘兩，嘉定州三十兩，成都、重慶四五十兩。