殺藍玉隻是朱元璋計劃中的第一步。他隨即將此案擴大化，以藍黨為罪名，把一大批淮西老將及其子弟加以牽連誅殺。整個藍案總共大約殺了二萬人，包括二公、十二侯、二伯。二公是涼國公藍玉，開國公常升；十二侯為景川侯曹震、鶴慶侯張翼、會寧侯張溫、普定侯陳桓、東川侯胡海、舳艫侯朱壽、宣寧侯曹泰（軍將曹良臣之子）、懷遠侯曹興、西涼侯濮璵（軍將濮英之子）、東平侯韓勳（韓敬之子）、全寧侯孫恪（統軍元帥孫興祖之子）、沈陽侯察罕（海西侯納哈出之子）；二伯是徽先伯桑敬（秦淮冀元帥桑世傑之子）、東莞伯何榮。過了一年，潁國公傅友德、定遠侯王弼也追坐藍黨賜死。又過一年，宋國公馮勝也以藍黨罪名被殺。
其他被殺的重要人物還有吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文、都督黃輅、湯泉、馬俊、王誠、聶緯、王銘、許亮、謝熊、汪信、蕭用、楊春、張政、祝哲、陶文、茆鼎等十餘人。
經過這次大屠殺，整個勳臣隊伍，隻剩了耿炳文及郭英二人。“及洪武末年，諸公、侯且盡，存者惟（耿）炳文及武定侯郭英。”活躍於政治舞台的淮西勳貴勢力被完全鏟除了。朱元璋的心到此才徹底放了下來。
藍玉案的處理是非常殘酷的。藍玉被剝皮而死，並將其皮傳示天下各省。
藍玉之皮，到明朝末年還存放在四川：“初獻賊入蜀王府，見端禮門樓上奉一像，公侯品服，金裴，人皮質，頭與手足俱肉身。訊內監雲：‘明初涼國公藍玉，蜀妃父也，為太祖疑忌，坐以謀反，剝其皮，傳示各省。自滇回蜀，王奏留之。’”這一案的其他官員，大多數也都是受淩遲之刑而死的。
這反映出越到晚年，朱元璋的生活中就越缺乏樂趣。隻有殺人時，他的心裏會舒服些。每殺一個人，他的心就放寬一些：畢竟人死不會複生，少一個人，就少了一份威脅。他癡迷於使他人遭受不幸而獲得滿足，這是反社會型人格的重要特征。
藍玉冤案
藍玉案當然也是徹頭徹尾的冤案。
首先，朱元璋事後所輯的《逆臣錄》，也就是藍玉案的供詞集中，並沒有藍玉本人的口供，這表明藍玉根本沒招供。沒有主犯的口供，這份供詞的真實性就頗值得懷疑。
其次，《逆臣錄》中其他人的供詞反映出來的這樁謀反大案，策劃過程如同兒戲。藍玉造反明目張膽，毫不避人。洪武二十五年底，朱元璋派謝熊前往成都召藍玉回京。據謝熊供詞，十二月二十二日，在涼國公宅第，藍玉和他說的第一句話，就是勸這位皇帝的欽使造反：“我知道，必是我親家靖寧侯胡黨事內有我名字，差你來提取。實不瞞你，我如今回家看動靜，若是果有這話說，好歹下手做一場。你回去休要泄機，若事成時，大家得安享富貴。”
接著，在回京路上，二十五年年底在四川，二十六年正月初一二在武昌，初三在九江，初七在安慶，藍玉一路到處活動，見人就勸人造反，毫不避嫌，這已經令人咋舌，而回到首都後的“策劃”活動，更令人瞠目。
藍玉二十六年正月初十抵達南京，二月八日被捕。據《逆臣錄》所載口供，在近一個月當中，上自侯爺、督爺、指揮，下至千百戶、總旗小旗，乃至奴仆家丁、販夫走卒、流氓無賴，有幾千人曾穿梭來往於涼國公府，暢言謀反，可謂車水馬龍、門庭若市。按這份供詞，藍玉謀反的事，搞得京城內無人不知無人不曉。
藍玉和他的下屬智商皆屬正常，造反是鋌而走險的大事，怎麼可能在雄猜好殺的皇帝眼皮下如此張揚？更何況藍玉與之商量的那些人，多數都不靠譜。比如，一個名叫蔣富的招供，說是藍玉曾請他吃酒，對他說：“老蔣，你是我的舊人，我有句話和你說知，是必休要走了消息。如今我要謀大事，已與眾頭目都商量定了，你回家後打聽著，若下手時，你便來討分曉，日後也抬舉你一步。”這個“老蔣”是誰呢？隻是藍玉家一個打漁的。另有一名叫張仁孫的供道，他曾去拜見藍玉，聽藍玉對他說，要成大事，要張仁孫等各置軍器，聽候接應，如日後事成時都與大官人做。這個張仁孫是誰呢？隻是鄉裏一個染匠。
很顯然，《逆臣錄》不過是朱元璋倉促羅織出的一個幌子。
大屠殺的文化背景
經常有人把朱元璋的大屠殺與劉邦誅殺功臣相提並論，其實二者存在著本質上的不同。