然而，海瑞的到來，卻讓大家悚然驚醒，自己原來是生活在錯誤和罪孽之中。坐在南下的小車上，海瑞心潮起伏，思緒萬千。沒想到在有生之年，他終於遇到了明主，遇到了賢相，終於成了執掌一方的封疆大吏，而且所轄是帝國最重要的一個地區。他在乎的倒不是官位的升遷，而是終於有了全麵施展自己政治理想的空間。他平生所學所思，終於可以充分體現在政治當中，他變天下風俗，致皇帝堯舜的夢想真的有可能實現。他怎麼能不激動！
海瑞的行政方針非常簡單，那就是——按太祖的規矩辦。還沒有到應天，他就已經宣布了自己的執政方針：
除積弊於相安，複祖宗之成法。不循常，不變舊。
就是說，要全麵恢複舊法，堅決不向人的惰性妥協。隻要嚴格按祖宗的規定去辦，則“天下無不定，萬事無不理”。
他決心竭盡全力，排除任何艱難險阻，把應天治理得海晏河清，給全天下官員做個榜樣。如果應天治理好了，那麼，必然會影響帝國其他地方，各地都會借鑒他的經驗，那樣，整個天下大治，豈不指日可待了嗎？在他看來，做到這些，其實隻需要一個字，就是“剛”。雖然還沒有踏上應天地麵，但憑多年的遭遇和經驗，他知道，他遇到的將是一生中最大的挑戰。
他對自己的“剛”有充分的信心。
在他看來，現在天下之所以這樣千瘡百孔，正是少了一個“剛”字。
“我朝公卿稍陟高位，便是全然模棱養望，因因循循，度日保官”，“今天下事靡靡不立，病坐當事人因循苟且，日挨一日”。隻有守住“剛”字訣，“雖千萬人吾往矣”，則一定能挽狂瀾於既倒，扶大廈之將傾。毅力能解決一切問題，因為真理已經昭示。
海瑞的政治傾向，應該是極端保守主義，然而從另一個角度看，也可以稱為極端激進主義。時間過去二百年，人口增長了數倍，社會、政治、經濟的結構和規模都發生了許多變化，明初的許多規定其實已經無聲無息地廢止了，代之以在社會運轉中自然生長起來的規則。而海瑞的原則就是對新規則一律“更張”，全部掃蕩，片瓦不留。
在海瑞的身體裏，在曆代中國知識分子身體裏，總是洶湧著激進主義的熱血。他們總是認為，有那麼一種終極真理，可以解釋整個宇宙，可以解決一切問題。如果你找到了這種真理，堅定不移，大刀闊斧，就可以粉碎一個舊世界，換來一個光輝燦爛的新世界。所以，他們做起事來，總是那麼唯我正確，總是那麼激烈絕對，總是那麼一步不退，總是那麼缺乏建設性空間。
而他們的失敗，也總是脆敗。王安石如此，海瑞如此，康有為也如此。
隆慶三年（公元1569年）七月二十二，海瑞單車入巡撫官署。當天頒布了《督撫條約》三十六條，詳細規定了應天府政治生活的方方麵麵，其詳細瑣碎、嚴格刻板與朱元璋《皇明祖訓》如出一轍。這三十六項的要點為：
巡撫出巡，禁止各地迎送，禁止裝修招待房舍。
明確規定各級官員見巡撫應該穿什麼樣的衣服。
禁止大吃大喝，製定飲食標準。巡撫在各府縣逗留，地方官供給的夥食標準為每天銀二錢，雞、魚、肉均可供應，但不可供應鵝及酒。
禁止百姓穿奇裝異服。
禁非禮之費，禁請托，禁給過往官員送禮，禁過往官員攏取更夫，禁苛派銀糧包攬侵欺，禁假公濟私，禁苛派差役……林林總總，三十六禁。其他大員上任之後，也會定一些冠冕堂皇的規章製度，但多數是用來做樣子的。獨海瑞的規定，寫到紙上，就等於已經實行了。一紙下達，整個應天地區的政治風氣為之一變。各級官員的用車、住房都按規定重新安排，接待費用大大降低，大吃大喝風頓時刹住。行政經費大幅壓縮，農民負擔有所減輕。一時間，百姓稱頌“海青天”之聲不絕於耳。
海瑞就任後的第二件舉動，是興修水利工程，解決吳淞江、白茆塘多年的水患問題。和現在一樣，進行工程建設的最大難題在於資金來源。申請上去了，朝廷遲遲不批複，批複了，撥款又極為有限。這也是這項工程每年都有人倡議，卻從來沒有開工的原因。海瑞一趟趟跑中央，跑各部，跑鄰近地區，要立項，要政策，要支援。東挪西借，終於彌補了資金缺口。海瑞帶領下屬，整天泡在工地上，有問題，現場解決。
海瑞終不愧是海瑞。一個開始時人人持懷疑態度的大工程在他的釘子精神下竟然迅速成功，效益非常明顯，清浚出來的土地安置了十三萬災民。消息上達，朝廷特予以表彰。那些準備看海瑞熱鬧的人，也不得不服氣。
恩人也不放
過前兩把火燒得漂漂亮亮，接下來海瑞就要動手處理第三件，也是最重要的一件事：解決土地兼並問題。
王朝末葉，土地兼並問題必然成為社會的毒瘤，並最終致王朝於死地。
可以說，這一問題關係著大明朝的生死存亡。具體到應天地區，由於官員可以免除賦稅，一人中舉入仕，就會有許多人“獻土地”，加之巧取豪奪，土地兼並現象更為嚴重。富者田地動輒數萬畝，而約有一半的農民沒有土地，流徙各地，生活極為困苦。