順治四年六月底，滿清大軍忽然停住了腳步，西線孔有德與吳三桂隻是渡過黃河便沒了動靜，東線尚可喜一城未下，死死卡在河南山東交界處，也是沒了動靜，所有人都在猜測順治的意圖，可是帝王心難測，哪怕他隻有十一歲，總之沒人猜的透順治的想法。
順治四年七月初一，明朝這邊發生了大事，那太子一係官員不滿現狀，糾集幾個各部三品以上高官，彈劾馬士英‘故意空置乾清宮，欲以首輔之名行天子之事’，那彈章馬士英沒有封鎖住，泄露了出去，一時間民怨沸騰，隨後好似為了呼應這沸騰的民怨，南直隸各糧鋪主持了罷市，中樞本想強製開市，可某些官員一句‘不可與民爭利，此乃太祖之言’，搞的有心解決事態的官員投鼠忌器，隨後呢，十餘日無糧可買的百姓憤怒了。
故而，七月中旬，在有心人的誘導下爆發了民亂！馬士英與其他官員協商以後，趁著暴亂規模尚還可控，便由戶部主持開倉放糧，同時強硬派出兵馬司查封惡意領頭罷市的糧鋪，僅一日，糧米供應恢複正常，民亂隨之瓦解。馬士英敏銳的從這次動亂中發現了些許蛛絲馬跡，於是被查封的糧鋪經過甄別，放過了很大一部分，但有幾個大糧鋪卻是被打擊的很慘，而這幾個大糧鋪，都是晉商所開。
七月底，彈劾馬士英的官員被查出收受巨額賄賂，於是這些官員紛紛落馬，眼看潞王一係即將取得勝利，太子係官員開始反擊，首先是有人舉報大理寺卿私藏兵器豢養死士，“查實”之後大理寺卿不甘的交上了辭呈。然後是禮部左侍郎遭到彈劾，這次太子係彈藥不足，禮部左侍郎僅僅隻是在家呆了兩天而已。最後是兵部左侍郎遭到大量彈劾，這次太子係準備充足，根本沒有給人辯駁的餘地，無奈的遞交了辭呈。
當然，馬士英不可能不還手，他忍耐著隻是為了揪出真正的幕後之人，幾次針對高官的進攻讓他鎖定了幾個核心官員，正欲下死手，事情卻出了變故。潞王遭到刺殺，昏迷不醒，隨後大量官員提請太子立刻繼位。
大行皇帝朱由崧被刺去世不久，又有刺殺皇儲的事件發生，這件事震驚朝野，刺殺弘光那件事已經抓了殺了很多人了，可那些刺客好像根本沒受影響，要知道，為了保護潞王，已經安排了很多人手，可竟然還是被得逞了，於是馬士英意識到，他們陣營中一定有內鬼。
但不管怎麼說，昏迷的潞王已經失去了競爭力，現在的情況要麼馬士英服軟，迎那個身份極其可疑的“朱慈烺”入主紫禁城，要麼，就是脫離朝堂鬥爭，用真刀真槍來爭奪對這個皇位的安排之權，可，馬士英猶豫了，目前他在明，那不知所謂的敵人在暗處，想大開殺戒也不知該殺誰，局勢便僵持住了。
不過，八月初三，錦衣衛指揮使收到了不知何處而來的消息，說前福王潛邸的老太監便是設計刺殺弘光的主謀，馬士英聽聞喜形於色，隨後便是展開搜捕，於八月初七，在南京城一處偏僻宅子裏生擒了這老太監，經過兩日拷問，骨頭很硬的老太監還是招了，據他所說，他隻知道有人需要他幫助，而他與弘光有著血海深仇，參與刺殺是為了報仇，不過具體什麼仇就不說了，以弘光這德行什麼事都做得出來。若是所說屬實，那麼這老太監也不過是個馬前卒，他的任務就是安排乾清宮的值班表，然後就是追殺弘光，其他的都與他無關，於是線索就斷在這裏了。
不耐煩的馬士英又出手了，他以極其強硬的姿態，把幾個山西籍的高官趕出了朝堂，用的還是老套路，彈劾他們收受巨額賄賂，很快明麵上的晉黨官場勢力已經被全部清理了，可暗處的，馬士英是完全沒辦法，隻能說幸好他和劉孔昭掌握著南直隸最強大的武裝力量，不然亂子更大，最後便是囚禁“朱慈烺”，等候潞王醒來，至此，明朝內部的鬥爭算是短暫的結束了，其結果便是潞王係大獲全勝。
但是，他們哪裏是大獲全勝，刺殺潞王的人沒找到，潞王還昏迷不醒，更可氣的是，這些人藏的太深了，一點痕跡都找不到，總不能把所有山西人抓來問吧？畢竟壞人隻不過是少數，大多數人要麼是被裹挾，要麼就是被威脅，如果不抓出那有能力串聯這麼多人的幕後之人，那就不算是勝利。