按照趙昺對國體的設想，要分成兩大部分，即內廷和外朝。內廷自不必言，那是他自己的後花園，可以自己做出相應的調整。外朝則分為決策、審核、辦事、監察及武裝五個大方麵，由此衍生出相應的下級機關。
根據曆朝的經驗，由於三省事權分立，往往產生弊端，尤其是掌握出令權的中書省和掌握政令審核的門下省不時因政見不同而互相扯皮、推委搪塞。中書門下合二為一的製度可以提高行政效率，趙昺以為可以參照設置，但是對其的職能要做出調整。
中書門下省作為國家的最高行政決策機關，負責國家法律的製定和修改，並監督律法的實施；製定國家的發展戰略，規劃經濟的發展目標；根據皇帝的提名，審核三品以上官員的任命；根據皇帝和相應部門的提名，審核和授予國公一下爵位；負責審查和批準地方建置和區劃；審查和批準國家預算及執行情況；對外政策的製定；對於皇室相關問題進行建議等等。
中書門下省設左、右相，分管中書和門下事務，由正一品或從一品官員擔任。下設國是院、政務院、律政院、總計院、督察院、審刑院和事務司。以六院一司組成中書門下省的構架，分由三品及從三品官員組成。各院設知事領院事，稱知某院事，院以下設案分管諸事，以主事領之。
趙昺將過去由自己控製分管預算和資金管理的總計司，從內廷剝離，成為中書門下的機構，又外朝管理國家財政的預決算。看似放棄了財權，其實也是給自己減負，如今國家財政已經過於依賴內庫，有事沒事就跟他要錢，長此以往他也負擔不起，不若兩廂分算。
尚書省是國家行政事務的具體執行機構，領六部處理一應事務。但是過去趙昺實施的是三省合一的製度，以此來提高行政效率。但是尚書省就成了集決策、審核及執行三政合一的機構，權力過去集中，從長遠看並不利於國家的發展，且尚書左、右相的權力太大，足以威脅皇帝的地位。
此次改製就是將尚書省的決策權和審核權分離出去，使它回歸本來麵目，隻作為事務機構存在。其的機構和事務經過幾次調整，早已成熟，保持現狀即可，並不需要做出大幅度的調整。仍以左右兩相分領尚書省，設參知政事協助兩相工作。
不過為了體現中書門下省是國家最高行政機構，尚書省左、右兩相的品級，趙昺將其下調為從一品或是正二品，而六部尚書也相應調整為從二品和正三品。
監督機構自然是禦史台。這個機構也是早就有的，隻需做出局部調整，趙昺恢複以禦史大夫為主官的傳統。過去中唐之後，禦史大夫多缺，僅作加官用，禦史中丞為實際上的主官。且禦史也是為寄祿官，不理禦史台事，監察事務實際由門下省給事中、拾遺等官充任。
此次，趙昺改製對禦史台的權力進行了加強，保留了台院、諫院、殿院和察院的設置，又將大理寺歸於其管理。如此一來其真正做到了上可對皇帝的錯誤進行指正，中可對百官進行監察，下可對地方胥吏都能進行督查和懲處，且能刑獄案件進行複核，從而實現了對權力的全方位監督。
至於武裝力量當然不能夠由行政機構插手，趙昺依然保留了樞密院，以免重蹈前人的覆轍。當初在中書門下體製建立以後，三省機構依然存在，且三省出入命令的分工在形式上更趨嚴密和完善。但三省與宰相分離，使中書門下成為宰相府署，獨立於三省機構之上。
在這種體製下，中書門下直接指揮諸使、諸郡、諸軍執行政令，宰相對於行政事務的幹預越來越強，甚至直接下行過去由尚書六部處理的事務。宰相與君主的聯係更多的作為“參總庶務”的政務官，而不再是“坐而論道”的谘詢者。
這是稱得上是君相關係和國家權力運作方式的重大轉變。而宋前期，也是實施宰相主管民政，樞密使主管軍政，三司使主管財政。而神宗官製改革後，宰相實際兼管財政。南渡後，宰相又兼任樞密使，兼管軍政。這樣宰相再次握有民政、財政和軍政的大權。
趙昺為此還進行了下一步安排，他保留了皇帝任命丞相的權力，並將權力進一步拆分。中書門下省和尚書省又不設主官，卻由兩相分領即是防止出現宰相專權，從而導致出現獨相的問題。而為了解決部門間各自為政的問題，他沿襲了中樞部門的首腦官署和正副宰相集體處理政事的做法。