可以說現在是日本麵臨倒幕維新成功以來最大的危機，如果東京被人民軍攻占，那麼日本就徹底完了，就算政府能撤出東京，但權威性必然大降，難以再控製局酉，相反如果日本這次能夠守住東京，那麼必然大大提振日本的民心士氣，說不定還會給日本帶來一絲轉機，因此日本政府也立刻決定成立東京防禦指揮部，由山縣有朋親自擔任指揮官，寺內正毅任副指揮兼參謀長。這也是目前日本的高級陸軍軍官中，有指揮大規模戰爭經驗的人選。
而山縣有朋上任之後，一方麵下令東京各地的駐軍加強備守，在人民軍攻來，必須死守陣地，絕不許後退，並且又命令寺內正毅親自趕赴人民軍要由水戶進攻東京必經的石岡督戰，這另一方麵又下令從日本各地調集軍隊，增援東京。
就在人民軍在水戶登陸的第三天，人民軍集中了大約2萬軍隊，向石岡發動了進攻。而日軍駐守石岡的是37師團，這個師團在目前的日本也算是精銳部隊，但在人民軍麵前，卻完全不是對手。
人民軍首先集中迫擊炮部隊，向日軍的陣地發動了猛烈的轟擊。其實日軍的防禦陣地布置得還算中規中矩，對炮有一定的抵抗力，但日軍的士兵基本都是初次上陣，更是第一次經曆這樣的炮擊，以前那裏見過這樣的場麵，一個個都嚇得不知所措，大多數人都趴在戰壕裏，不敢動彈，而在戰前立下的與人民軍決一死戰的豪言壯語早就被拋在了腦後。
當然也有少數腦袋一跟筋的人，到是真不怕死，在陣地裏高呼“天皇萬歲”但在人民軍發射炮彈的轟擊下，頓時被炸得粉身粹骨，死於非命。
在炮擊之後，人民軍向日軍的陣地發動了進攻，由俄國雇傭軍團打頭陣。日本陸軍對於白刃戰的技術是相當重視的，幾乎每一個日本陸軍士兵都受過嚴格的白刃戰訓練，在日俄戰爭的戰場上可以和俄軍拚個勢均力敵，甚致還要超出，而在華東政府參戰之初，人民軍在白刃戰技術上還是要比日軍遜色一籌的。
37師團己成立了近2年的時間，白刃戰技術的訓練是他們平時練得最多的，單以技術來說，己不遜色於在東北戰場上參戰的日軍了。但戰場比拚的可不是純技術，士氣、經驗、戰術都缺一不可，而37師團顯然在這三個環節上都都有較大的歉缺，因此在白刃戰上，也無法和人民軍相抗衡，雖然也有一部份日兵確實在奮力戰鬥，無奈實力確實不濟，扺擋不住人民軍的進攻，經過了3個多小時的激戰之後，日軍的防線終於被人民軍突破，隨後整個戰線頓時全麵潰敗了下來。
既使是寺內正毅在前線督戰，也無法挽回日軍的頹勢，結果僅一天的時間，人民軍就占據了石岡，日軍37師團傷亡3000餘人，隻好退守到土浦。
石岡失守，令東京震動，因為石岡是東京北麵的外圍防線的重要駐點，然而竟然連一天都守不住，也不得不令人對日軍的信心動搖。而且土浦距離東京己不足50公裏，可以說是近在咫尺，因此一時東京裏人心惶惶，不少人都準備逃離東京，向西南方向撤退，同時社會秩序大亂，有人趁機搶劫、殺人，鬧事，一夜之間發生了數十起嚴重社會事件。
不過日本政府在這個時候的行事還是分寸的，立到極時的釆取了措施，首先下令對東京實施軍管，並加派了巡視的軍隊、警察，一但發現有違法亂紀者，可以當場擊斃；其次是封鎖了出入東京的所有道路，嚴禁居民從東京逃離，這樣都逃不出去，也就隻好留下來；最後嚴令傳播流言，聚眾鬧事，一率嚴辦。而且就在第二天，明治天皇頒布詔書，號招東京的居民要團結起來，與人民軍決一死戰，保衛東京，保衛日本，並且宣稱皇室所有成員，都將誓與東京同存亡等等。
由於多年的造神，天皇在日本社會中的威信力還是相當高的，因此天皇的詔書頒布，再加上日本政府的強硬措施，終於讓東京又恢複了正常秩序，同時軍心士兵也得到了一定的提升。而桂太郎、伊藤博文、山縣友朋等人也才鬆了一口氣。
其實在石岡失守之後，明治天皇就將桂太郎、伊藤博文、山縣友朋招入皇宮問訊，並對三人大發雷霆，指責三人有負天皇的信任，將國事搞得一團亂糟。而麵對天皇的雷霆震怒，三名日本最具權勢的政治家也都隻能跪伏於地，向天皇請罪。
其實明治天皇並沒有什麼實權，但由於日本政府為了將天皇塑造成日本的形像代表，成為日本民眾的共同信仰，以加強日本的凝聚力，因此刻意的將天皇進行神格化，結果反麵造就了這樣一個怪胎，明明沒有政治實權，但在日本政局中卻有就無上的權威，連掌握了政治實權的人也必須拜伏在他的腳下。