曆史中多認為，忍術思想的根源來自中國殷周之際的薑太公呂望。是他首先提出了忍術概念，並寫在了傳世名著《六韜》之中。後來，孫武、張良、韓信等相繼對忍術理論進行了完善。特別是孫武的《孫子兵法》倍受忍者階級推崇此時忍術也基本形成了由權謀、形成、陰陽、技巧等幾部分構成的雛形。隨著忍術傳到日本，忍者也就在日本出現並發展起來。
日本人則認為忍術的理論基礎是由中國傳來日]本的孫子兵法演化而來的，之後再加上修練道和山中的伏擊戰技巧發展而成的，就是所謂的“風、林、火、山”四字真言。在平安時代時武士階級興起之後大力吸取了山伏擊戰的兵法加以發展。到了源平時代，源義經成功的使用了山中伏擊的技巧，完成了攻擊麵戰法的理論。在南北朝時代，楠木正成發展出防禦麵的兵法，到此為止，忍術跟武術才分開成不同的係統正式獨立出來。
曆史上大名鼎鼎的服部半藏正成就是中國人，他姓秦，秦氏家族是公元三世紀末四世紀初時從中國吳國（日本和服的傳統稱呼是“吳服”，正是取自秦氏家族出身的吳國）渡海定居日本的，之後就改了個日本姓服部。服部半藏投效德川家康，後來移居江戶。傳說中這位忍者最終悟出了忍的真諦，這是多少代忍者所不曾有過的，至今日本人提起他來還是交口稱讚“鬼半藏”的傳奇。
在早些時候，忍者本就是用於軍隊化戰爭的，到了後來，經曆了德川幕府和平時代後，忍者便經常被大人物供養，用於他們的驅使，完成一些刺殺任務。因為忍著最突出的便是行動如風，神出鬼沒，正是刺客的不二人選。
忍者的標準服裝是一身深色的夜行服，上身有時還穿一個緊身背心，背心上有許多大大小小的口袋，用來裝藥（刀傷藥、消炎止痛藥以及毒藥等）、小刀、繩子、鏈子、“手裏劍”還有幹糧等。
忍者通常在新月或陰天夜晚潛入敵方城樓與宅邸，如果總是全身黑色裝束，輪廓反而會更顯突出，因此，經常的基本裝束顏色是深藍。碰到月明星稀的夜晚，便換成灰色或是茶色裝束。有時候外麵是灰色，裏麵是茶色，萬一遭遇敵方追擊，可以在途中將裝束反穿過來，利用顏色錯覺逃脫險境。另外，深藍色可以防治毒蛇、蚊子等蟲子侵襲，這是用含有鐵分的天然染料染成的布料。至於內褲，當然是日本傳統的兜襠布（一條細長白布）。隻是，忍者的束法同一般人不同，長度也比較長。他們將兜襠布從脖子纏到胯下，最後綁在腰際。如此，可以隨時從脖子後抽出兜襠布，當做繃帶或繩子應急。上衣裏頭有許多口袋，放一些不能淋濕的火丶藥、縫衣針、救急藥（包括安眠藥、毒藥）等；腰帶裏頭則放一些日用雜物。手套與綁腿，通常藏著一些暗器。
忍服的裝束都是以不顯眼的方式存在的：例如把頭巾當作腰帶纏繞在腰間，並且把忍服作為不會引起人們懷疑的耕田農服穿著罷了。然而，一但接受到隱密的任務，就可以很快速和輕易的將自己偽裝起來，這時腰帶解下後就變成了蒙麵的頭巾，衣服內的口袋可以迅速攜帶出發所需的糧食，暗器，藥物。
從此可以看來，忍者們平常的生活也處處充滿了執行任務的準備。這點在武器和服裝上都得到了體現。
在古代，為了蒙混國境關卡守關人員的審問，忍者在旅途中，有時是農夫打扮。因此，忍者暗器，有些是改造自農具、日常必需用品、園丁道具等。這些武器，大多是自己發明鑄造，隻有自己深知其用法，因而在旁人眼裏看來，跟一般日用品沒什麼分別。這也是很多忍者武器失傳的主要原因之一。
忍著在日本曆史上最輝煌的時刻當屬戰國時代了。
忍術在日本戰國時代盛行一時是因為其極強的實用性。忍術是古代日本忍者所掌握的整套完善的間諜情報技術體係，包括有：追蹤、偵察、諜報、保鏢、暗殺等多方麵的內容。忍者技藝超人，擅長使用劍、鉤等各種兵器與飛鏢等暗器；他們能飛簷走壁，在沙地上飛跑不發出一點聲響；在水中屏息可長達五分鍾，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他們善於在水麵和水底搏鬥，甚至能潛到船底，偷聽船上人的對話……這種種的超人技能是通過非人的磨練才能習得的。