忍術和其他武術流派強調體質訓練不同，它尤其強調精神上的修煉，並將其整個的訓練體係，建立在超乎想象的精神修煉基礎上。因為忍者所執行的大多是一去不回的高風險性任務，獨自一人在敵人的巢穴中完成任務要克服對死亡、孤獨、黑暗乃至於饑餓、寒冷、傷病等諸多困難，所以擁有強大的精神力量，是忍術之所以無堅不摧的真正原因。
作為一名忍者家族的後代，一經降生就必須接受殘酷的命運現實——或者成為忍者，或者死。忍者從很小的時候起，就被灌輸以對主人絕對忠誠的思想：除了自己的主人，任何人命令都不會聽哪怕是日本天皇也不行。通過從小開始這種精神洗腦而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂熱，更加無所畏懼。不過忍者也不是像邪教徒一樣的僵屍般的戰士，它有著一套切實可行的強大精神力量的訓練方法。這種技術才是忍術的秘中之秘，它就是東密的修行。東密和中國的藏密，印度的雜密一樣，是佛教中密宗的一個支派，而且東密對於人體念力的開發，向來有著自己獨特的傳承，在密教界一直以顯著快捷著稱，忍者通過通過東密秘法的修習，錘煉自己的意誌，精神變得無比純粹和堅韌，體內的潛能將得到最大限度的開發。可以完全除去心靈的迷惑和恐懼，全神貫注的投入戰鬥。此外密宗認為人的身體有許多奧秘和潛能，隻要通過密宗法門的不懈努力就能使修行者發揮全部潛力，讓身體與宇宙溝通達到天人和一的境界，這和忍者追求的極限體術不謀而合。密宗視大日如來為萬物之主，極力推崇傳承、真言和密咒。
忍者家族的小孩不論男女，都必須繼承祖先的職業傳統，一般從五歲開始就接受訓練。訓練的種類有五種，即平衡、靈敏、力量、持久及特殊技巧。平衡訓練從走竹竿開始，當能夠在滾圓的竹竿上行走而不滑下，就將竹竿逐漸升高，最終要升到三四十尺高，達到奔跑跳躍如履平地的境界，這樣就能在樹上、屋頂及牆頭上下攀援，行走如飛。靈敏的訓練也是如此跳過插著刀片的繩子，在布滿利刃、槍尖的狹道中拐彎抹角急速穿行。持久及力量的訓練最為艱苦，如雙手掛在樹上，支持全身，下麵放滿暗器，不容你鬆手跳下，以恐懼來激發體內的潛能作長久的支持。長跑更是忍者的基本功，要求連續跑上五十公裏路而不停下來休息，日行百裏是家常便飯。至於特殊技巧訓練就更令人吃驚。除了上述說過的，還有徒手搏鬥，投毒解毒等。化裝術更是忍者的特長，他們能製造人皮假臉，改換性別。讓一個忍者在人群中穿行，由幾個人在一旁辨認，結果各人所見都不相同，高矮胖瘦，不一而足，真可謂“千麵人”。
忍術對於身體訓練的強度也是非常殘忍的。忍術所包括的內容，每一項忍者都必須精通。並且每項訓練，都全是死亡淘汰賽，無法承受的人是不允許生存的。除了常規訓練外，忍術還包括多種“怪力訓練”，忍者通過它進一步磨練意誌，忍耐力，生存能力等等。這種怪力訓練諸如連續數天不食不動，殺死自己的同伴，以及與猛獸搏鬥等，是令人難以想象的。
通過這些死亡率極高毫無人性的修行，忍者從精神到肉體都實現了超人的飛越。獲得了超越常人的毅力、耐力、戰鬥力。通過忍術的訓練而幸存的忍者，個個都是一部絕對可靠的全功率戰鬥機器。
因此，可以說每一名能活著出師的忍者都是心誌極其堅定的殺手，他們冷血，富有效率，在日本任何時期都是極其珍貴的戰力存在。
除此之外，忍者還需要熟悉當時的傳統娛樂藝術。通常他熟練掌握幾門藝術。繪畫、茶道、插花、演奏樂器、講笑話、講故事、表演日本舞是忍者王國中幾種流行藝術。除了發展自己，對藝術的知識和欣賞力是他們豐滿間諜性格特征的需要。
因為在忍者生命每一個有活動的日子裏，他都麵對生疏和嶄新的環境和情況，所以他的學識麵不得不足夠寬廣以應付出現的任何情況。