蔣介石此時已經覺得難以在大陸繼續自己的統治，開始尋找一個另外的巢穴。他記起抗戰時期在重慶的時候，一次到峨眉遊曆，在廟裏遇到一算命和尚，隨即抽簽卜卦，那和尚在解釋卦辭時，跟蔣介石說了八個字：勝不離川，敗不離灣。
當時的蔣介石隻是一笑置之。於是抗戰剛剛結束，蔣介石就急於還都南京，結果不到兩年時間，局勢急劇惡化，到1948年居然兵敗如山倒。現在看來那個和尚的話不信不行。於是他立即經營台灣，預做退路。
蔣介石從1947年下半年開始，就開始重點經營台灣，以作為大潰敗之後的藏身之所。他之所以看中台灣，是因為台灣自古以來就有非常重要的戰略地位。甲午戰爭後，台灣被清廷割給了日本長達50餘年，1945年8月15日，日本天皇“聖斷”停戰，第二次世界大戰終於在亞洲散盡硝煙，同祖國分離多日的台灣亦回歸祖國。日本剛宣布投降，蔣介石即著手安排台灣接收事宜。
台灣四麵環海、易守難攻，作為軍事據點，海軍優勢可以發揮，且台灣地處東亞交通要道，可以很方便地從日本、南洋、美國得到外援。如此重要的地位使它成為蔣介石在失敗之後的必然選擇。
人是政治活動的關鍵。既然把台灣當成是自己最後的退身之地，便不能將其由外人治理。蔣介石最親近的人當然是自己的兒子，但蔣經國資曆還不能承擔治理台灣的大任，況且局勢艱難，非兒子在身邊不可收拾。人事決定一切。蔣介石著手安排心腹之人控製台灣。他在1948年底下令，由陳誠接替魏明道任台灣省主席。
而在軍事上，蔣介石同樣做了部署，使靠近台灣的幾省駐紮重兵，企圖遲緩解放軍對台灣的攻擊。從1949年1月19日到21日，連續發布五道命令，任命其親信方天、朱紹良、薛嶽、餘漢謀為江西、福建、廣東、廣西省主要長官，任命湯恩伯為京（南京）滬杭警備總司令，將屏障台灣的各省掌握在其親信手中。
經濟上，蔣介石在大陸強製推行金圓券，但對台灣卻網開一麵，禁止金圓券和台幣掛鉤，一方麵可以緩解台灣人對國民黨中央政府的疑懼和痛恨，另外一方麵也可保證台灣經濟穩定，況且金圓券搜刮來的錢還是要送到台灣的。台灣社會穩定，民心安頓，也給蔣介石日後兵敗退台奠定了經濟基礎。
軍事上，蔣介石主要考慮兩個問題，一是台灣本身的安全問題，他決心依靠占優勢的海空軍“保衛”台灣，苦撐待變，依賴國際形勢變化。二是為了有充分時間退守台灣，盡量延長在大陸時間，特別是對台灣相鄰各省，更是以親信把守，防止成為進攻台灣的跳板。
蔣介石確定：立足台灣、閩粵，控製兩廣，開辟川滇，以舟山、馬祖、金門、澎湖一線為前哨，使之成為“反攻複國”之橋梁，確定今後以台灣防務為第一。10月和11月，解放軍進攻金門和登步島相繼失利。解放軍暫時停止了對台灣的攻擊。蔣介石至此已基本上從政治、軍事、政治上做好了“中央政府搬遷台灣”的準備。
而毛人鳳的保密局，也已經將全部財物、機要、檔案、人事及指揮機構等，均移往台北。但是為了應付李宗仁代總統，毛人鳳還特意向國防部辭去局長職務，由徐誌道繼任，專門負責跟李、白新桂係的“中央”打交道，這個“徐記保密局”編製為92人，機構隻有業務、總務兩個處。
毛人鳳從公開轉入地下後，率保密局的大批人馬前往上海，他住進毛森公館，另外在南京路145號設立了上海辦事處，由郭旭當主任，繼續指揮保密局各公開單位，尤其是監視著徐記假保密局的工作。
作為國民黨內最大的地方勢力，桂係一直是蔣介石所要打擊和排擠的對象。這就注定了軍統、中統在曆史上與桂係仇隙頗深。在國民黨內曆次鬥爭中，桂係也一貫把蔣的特務係統當作攻擊的對象。軍統改組為保密局後，毛人鳳出任局長，為改變戴笠時期樹敵過多的路線，他曾一度有意與桂係三巨頭李宗仁、白崇禧、黃紹竑等緩和關係，但桂係並不領情，所以保密局與桂係的關係仍處於緊張狀態。桂係掌握大權後，毛人鳳憂心保密局的日子以後不會好過。而使他更為擔心的是，由保密局不久前策劃暗殺李宗仁的陰謀萬一曝了光，恐怕就連他的性命也難以保住。
這次毛人鳳讓同桂係交好的副局長徐誌道去同李宗仁、白崇禧打交道，卻又害怕徐誌道拾級而上，越過他，倚靠桂係的勢力有所發展，這就得不償失了。
所以在正式宣布辭職之前，毛人鳳首先通過親信對保密局各地方組織發布命令，在任何情況下，保密局人員隻能服從他的命令。接著，他召來了副局長徐誌道和福建站站長林超，向他們通告自己準備辭職的消息，並決定由他們分別接任正副局長。他交給徐誌道一份事先準備好的名單，說明是保密局應李宗仁提出的局本部南遷廣州的要求赴廣州之人員名冊。