1950年，蔣介石在台灣自我“加冕”，恢複了“中華民國總統”職務。毛人鳳也重新當上了保密局局長。他以為，雖然在南京和重慶的時候，他總要受製於人，如今到了台灣，總算應該苦盡甘來，讓他可以舒舒服服地在情報係統的第一把交椅上終老了。隻是計劃總趕不上變化，就在他自鳴得意的時候，卻沒有意料到自己正要麵對一個實力超強的對手——“太子”蔣經國。
敗退台灣後，國民黨殘餘勢力麵臨著幾乎失控的社會秩序，強大而有效的特務機關對於他們穩定局麵十分重要。1950年3月，蔣介石任命蔣經國為“國防部總政治部主任”，兼任特設的“總統府機要室資料組主任”。蔣經國的官銜雖不高，權力卻超越三軍將領。它既可以命令“台灣保安司令部”等相關部門執行具體命令，又可以通過對情報特務機關人事任免的備案，掌握全島特務名單，說它是台灣情報機關的決策指揮機構也毫不誇張。
蔣經國上台之後，麵臨的就是台灣情報係統已經存在的兩股勢力：其一是台灣原先最大的情報單位——保安處，它是沿襲日占時期駐軍司令部特務機關和抗戰時期的“戰區第二處”的編製而設立的；其二是以大陸過來的中統和軍統係統為班底的保密局。這兩股勢力的頭子分別為彭孟緝和毛人鳳。
蔣介石和蔣經國都明白，要整合台灣的情報係統，必須先搬掉這兩塊石頭。為了能讓蔣經國盡快上位，蔣介石首先親自出手勸退了中統的陳立夫，其後授意蔣經國多次在公開場合宣稱：“軍統、中統兩大特工組織合為一家，嚴加整肅，統一運籌。”
看到蔣經國親自出馬，彭孟緝不敢托大了。一方麵，彭孟緝隻是一個“台灣省保安中將司令”，當時台灣島“將星如雲”，“上將”、“中將”一抓一大把，所以毫不起眼；另一方麵，彭孟緝一直供職於軍隊，在情報係統沒有什麼家底，當初，蔣介石也是希望對毛人鳳有所製約才將他安插進情報係統的。現在有個更大的官壓陣，他當然就要把位子讓出來。所以，彭孟緝是完全按“太子”眼色行事，不敢有半點出軌。
但是毛人鳳卻沉不住氣了。誰願意在春夏辛苦耕耘後，到秋天任他人摘取自己的勞動果實？也許是到了一定年紀，自詡也算是“功臣”了，毛人鳳一反常態，自恃有蔣介石做靠山，居然在國民黨的中常委會上聲稱：“情報工作是很專業的東西，不能讓外行來領導內行。戴老板生前就說過，軍統是10萬人的大家庭。要管理好可不容易啊！”這些話當然傳到了蔣經國的耳中。
但是蔣經國並不急於反攻。此時他信心滿滿，正在編織自己的大好前程。在他看來，毛人鳳再鬧騰，也隻是一隻秋後的螞蚱，得意不了幾天。有老爸蔣介石撐腰，將來保密局總歸是自己的囊中之物。可是很快他就發現，毛人鳳對他不僅隻是口頭的不滿，更是處心積慮地在挖陷阱，想要讓他身敗名裂。
那是發生在1952年美國大選之年的事情。蔣介石希望親台的共和黨能在大選中獲勝，便一邊暗中向共和黨提供競選經費，一邊積極提供不利於民主黨政府的“炮彈”。這些勾當，由蔣經國特使毛邦初直接掌管。
毛邦初是蔣經國的表兄弟，因此官運亨通，其時正以空軍副總司令的身份駐美，表麵上負責購買飛機、油料，實則主持院外遊說。毛邦初的辦公室有一部直通蔣經國的電台，定期向蔣經國彙報院外遊說的進展情況。當時李宗仁也在美國，李、蔣明爭暗鬥了幾十年，積怨甚深。此屆美國大選，兩人又唱開了對台戲——蔣支持共和黨，李則支持民主黨。
毛邦初駐美的真實使命，民主黨心知肚明，便要李宗仁幫助，把共和黨的這個幫手給挖過來。李欣然應允，頻頻約毛邦初吃飯聊天。毛大大咧咧，從不推辭，全然不知他的身邊就有保密局特務，他和李宗仁的所有交往都被記錄在案。
不久又發生一個變故：共和黨議員諾蘭訪台，向蔣介石提出一個要求：代為主持台灣空軍在美軍購。諾蘭是國會議員中的親蔣骨幹，蔣介石哪敢冒犯，當即應承下來，指示毛邦初向諾蘭移交權力。在美軍購可是台灣的一樁肥得流油的大買賣，毛邦初起初不肯撒手，但抗拒“君命”會有什麼後果，他也想象得到。
1951年7月，台灣當局急需要4.8萬桶的航空汽油付款，卻發現毛邦初經手的空軍購料款項短少150萬美元，台北方麵開始調查。8月，國民黨當局開始對毛邦初起疑，遂命令毛邦初將采購軍機的款項轉移給諾蘭辦理。至此，毛邦初公開抗命，聲稱他的空軍副總司令兼駐美采購代表一職，是由李宗仁代總統任命的，由於李宗仁尚在美國滯留，所以他不接受來自蔣介石的“偽命”，同時把他所保管的包括空軍購料外彙以及中國銀行外彙全部提走，總數將近5000萬美金，並且遠走高飛，跑到墨西哥隱居起來。並且一不做二不休，潛逃之前把台灣如何在美國搞院外遊說，如何收買共和黨議員，以及諾蘭等如何向老蔣提供政治情報等內幕一股腦兒給端了出來。傳媒大嘩，民主黨趁勢發起反擊，提議組建專門機構，就台灣當局是否利用美國的援台專款在國會遊說一事進行調查，參議院就此還形成了決議。