毛邦初事件，是蔣經國對美“統戰工作”的一個重大敗筆。幸災樂禍的毛人鳳趕緊把關於毛邦初事件的詳細情報送到蔣介石案頭，期望蔣介石能據此查辦蔣經國。蔣介石雖然沒有如毛人鳳所期待的那樣真的查辦，但還是把蔣經國給紮紮實實地教訓了一通，弄得蔣經國好長一段時間抬不起頭來。
這件事激起了蔣經國的鬥誌，他決心要給毛人鳳點厲害看看。這時，毛人鳳的宿敵，國民黨情報老手鄭介民向蔣經國獻了一計：開辦訓練班，召訓新生及複訓保密、內調兩局現有幹部；在此基礎上，將兩局人員混編，以打破兩局長期以來的半敵對狀態，建立現代諜報體製，結束私人割據的局麵。
這是對諜報係統的根本改革，也是對毛氏的“獨立王國”的根本動搖，非同小可，蔣經國不敢擅自拍板，必須蔣介石點頭。而要蔣介石點頭，並不是一件容易的事。恰巧這時發生了杜長城案，才使蔣介石不得不認可蔣經國的決策。
杜長城是國民黨內一個知名人士，曾在四平戰役中立有“戰功”。國民黨逃離大陸時，杜任國民黨“國防部”技術總隊隊長，負責破壞各種設施，阻滯解放軍前進；抵台初期，在“保衛大台灣”的口號下，技術總隊又設計出在海水中遇敵自動升起爆炸的多種詭雷，備受毛人鳳讚賞。毛人鳳有意提攜杜長城，想進一步委以重任。
杜長城卻非常貪心，當時正值陳誠以解放軍渡海作戰為假設，在台灣海峽搞了幾次“海上大爆破”的軍事演習，杜長城利用這個機會，亂造預算，貪汙了不少黃金，其中一部分送到毛公館，孝敬了毛夫人向影心。
在毛人鳳縱容下，杜長城還竟然異想天開，打算綁架蔣經國。誰知內情被蔣經國偵知，杜長城和他的親信多人被捕。軍法單位對如此大案不敢審決，將全部涉案名單上呈蔣介石。蔣介石一怒之下，用紅筆在呈文正麵的名單上打個括號，批示“一律槍決”。杜長城及涉案的另一個毛氏親信胡淩影沒能逃過此劫，成了蔣經國的槍下鬼。
毛人鳳一下子損失了兩員大將，已經是內裏空虛。而工於心計的蔣經國還是不露聲色，采取挖牆腳的辦法，來了個釜底抽薪。他將保密局二處處長葉翔之拉攏過來，委以重任。這樣一來，保密局內的眾骨幹也紛紛“跳槽”。眾叛親離後，毛人鳳就隻剩個光杆局長。
但毛人鳳也不是省油的燈。他得知蔣經國的行動後，一不做二不休，以蔣介石提倡的“整肅紀律”為由，將葉翔之收受賄賂170根金條的罪證搜齊後，準備親自呈報給蔣介石。
葉翔之慌了神，哭哭啼啼地找到蔣經國。蔣經國一驚，忙安慰道：“葉處長不用擔心，總統那裏我去說。這樣吧，你來我這裏，擔任大陸工作處處長。”旋即，他親自趕往蔣介石處，稱：“保密局有個高級特工葉翔之，由於家庭生活困難，收了一點禮，毛人鳳便要嚴辦他。我覺得此人是個人才，過去在大陸完成了許多重要任務，又是初犯，且已經退了賄禮，能不能網開一麵，讓他戴罪立功？”
蔣介石本來就想栽培兒子，今見蔣經國親自說項，更認定葉翔之可以重用，當即便同意蔣經國的請求。不曾料到，蔣經國手握尚方寶劍前腳剛走，毛人鳳隨後便把葉翔之的材料送來了。
蔣介石看完材料後卻大為生氣：“你們到底怎麼搞的？葉翔之明明是一個好官員，為什麼非要整他？”
毛人鳳哪敢置辯，灰溜溜地走了。他再一次領教了蔣經國的厲害，終於明白他自己是鬥不過蔣經國的。他有點絕望了。
心灰意冷的毛人鳳突然想到了宋美齡。自從“打虎”事件後，宋美齡和蔣經國因為權力之爭，已漸生齟齬。她知道蔣經國上台，對宋家人十分不利。而毛人鳳的特務係統好歹是一個獨立存在的勢力，有他存在，多少可以牽製蔣經國的行動。所以宋美齡答應了毛人鳳的請求，替他在蔣介石麵前說了好話。經過宋美齡的調解，蔣經國總算收回了要搞垮保密局的打算。然而，他和毛人鳳卻一直保持著緊張的關係。
1954年，蔣介石再次改革情報係統，一方麵設立以鄭介民為局長的“國家安全局”，撤掉“總統府機要室資料組”，該局直屬於蔣經國任副秘書長的“國防安全會議”，由於主席和秘書長都是兼職，蔣經國成為“國家安全局”的實際領導者；另一方麵以原保密局為班底分別設立仿照美國“中央情報局”（CIA）模式的“國防部情報局”和仿照美國“聯邦調查局”（FBI）模式的“司法行政部調查局”。
此外，像憲兵部隊、大陸工作會、海外工作會、駐外武官處等情報機構均定期向“總政治部”及“國家安全會議”報告，接受督導。至此，蔣經國成為全島超過5萬特工人員的“共主”。蔣經國掌握的情報係統，嚴格執行蔣介石“保密防諜”的旨意，延續了1949年5月以來的“非常戒嚴”氣氛，甚至有過之而無不及。
毛人鳳僥幸逃過了被清洗的劫難，卻再也無力挽救老牌軍統的衰敗之勢了。蔣經國取代了他成為了台灣的“特工王”。