一場亂戰之後，三方麵各有損失。
但是總體來說是繼承了楊氏絕大部分利益的宋氏占據上風。
之後，安氏方麵來人向秦軍誣告宋氏有造反謀逆之心，秦軍立刻的出兵征討宋氏。
駐守在當地的西南兵團一部進行了討伐，宋氏懾於秦軍威名畏首畏尾不敢接戰，一觸即潰，兵敗如山倒，宋氏很快派人攜帶大量珍奇異寶向秦軍主帥鄭鷹求饒，鄭鷹接受了宋氏的求饒，直接退兵。
宋氏惱恨於安氏的誣陷，立刻出兵大戰安氏，雙方血戰連連分不出勝負，戰局更加僵化，江西貴州包括四川一部各地都戰火連連，這引起了蕭如薰的，蕭如薰立刻下令西南各省。
以此為契機，西南數省的動亂緩緩結束，而受到這場動亂的波及之後，土司們的力量受到了打擊，損失慘重的有不少。
而就在事情快要平息下來的時候，安氏家主安疆臣遭到了刺殺，安氏失去家主，陷入一陣混亂之中，各大中小土司立刻群情激動，紛紛介入安氏內亂想要分得一杯羹，局勢繼續混亂了下去。
這場動亂一直持續到了隆武三年九月秋收之後蕭如薰下達聖旨斥責了西南數省巡撫辦事不力，又得知安疆臣死於刺殺，大為，遂命令軍隊出動，強行平息這場動亂，有敢於反抗的，直接滅掉。
隆武三年十月中旬，動亂平息了，經此一次長達五個月的動亂之後，土司們的力量受到更為嚴重的衝擊，連續兩撥削弱之後，土改工作組立刻開始了行動，全麵進入西南四省。
土改行動開始了，而受到打擊的土司各部對各自地區的掌控力大大削弱，連反應都沒有反應過來，就被掀翻了一大波。
這次土改行動蓄謀已久，從隆武三年十一月開始，一直持續到隆武四年五月份。
連著六個月的大規模高烈度土改，在整個西南一隅掀起了從古至今就未曾有過的改天換地般的全麵動亂。
西南兵團和西南數省官府經受了十分嚴苛的考驗，因為絕望之中的土司們的反擊還是挺厲害的。
西南兵團為此折損了近一千名士兵，還有三名縣令為此殉職，由此，蕭如薰更加明目張膽地將此次行動定義為西南平叛之役，是開國以後的第四大征。
在這場土改行動期間，從隋唐時期一直延續到如今的土司製度被徹底終結。
蕭如薰借由土司造反的理由宣布土司製度的終結，強行將皇權下鄉的模式推廣到了西南邊陲之地，將邊陲之地的土司力量一掃而空，徹底撕裂。
經過這場運動之後，蕭秦政權徹底掌控了西南之地這一塊被曆代中央政府長期忽視的地區，設立州縣鄉進行直接統轄，大大解放了當地的生產力。
同時，借此良機，蕭如薰開始推行移民政策，在北方地區招募願意南下的漢民，用一畝地換兩畝地的優惠政策號召漢民們南下進行西南的開拓。
在長達數十年的時間內，秦政府組織了三百多萬人規模的的南下西南運動。
而在兩廣地區完全解放之後，又在兩廣地區充實了五十餘萬漢民，前前後後將江北的人口轉移了四百餘萬到南方地區開拓西南和東南海島，為今後數十年即將到來的最嚴酷的小冰河期做了充分的準備。
而這一舉動也為蕭如薰的北伐計劃徹底掃除了後顧之憂，整個南方完全成為了大秦北伐的大後方基地。
包括南洋在內，也被蕭如薰完全降服，掃除了地方土司和宗族勢力之後，這些地區的農業發展和開拓進行的非常順利。
而在此期間，大秦的蝗災和血吸蟲病得到了一定程度上的遏製，徐光啟所推行的養鴨治蝗行動和方從哲主導的滅螺行動在一定程度上減輕了蝗災和血吸蟲病的威脅。