至於從浙江搜羅來得難民，總參建議在台灣設立中轉地。難民先到台灣，在台灣的營地內“囤積”一階段之後再轉運回臨高。一部分人可以直接留在台灣，開發台灣的土地，形成第二個殖民地。
當然，台灣的局麵要複雜一些，上麵多多股勢力，包括荷蘭人、西班牙人和鄭芝龍在上麵都有自己的地盤：荷蘭人控製大員，鄭芝龍占據北港，西班牙人占領雞籠（基隆）。大體從台北到台南的，沿著朝向大陸的海岸線展開。台灣的土著、馬來移民和日本人在當地也有一點小勢力。
不過，這些勢力的規模都很小，占據的地盤也不大。荷蘭人、西班牙人和鄭芝龍，其勢力不過是以一二個城堡支撐點為核心，占據周邊很小的一塊地盤。除了貿易之外就是收取福建移民和土著民的貢賦。後者的比例很小。除了鄭芝龍在當地有一點組織移民搞農業開發之外，歐洲人占據這些地方的主要目的還是充當貿易據點和收集當地的土物――主要是台灣的鹿皮。
以穿越眾的海陸軍實力來說，消滅這些勢力易如反掌。根據曆史資料：西班牙人在雞籠的全部守備力量不過90名歐洲人，再加一二百菲律賓征集來得輔助部隊。荷蘭人在1631～1632年度還在修築熱蘭遮城，全部歐洲人駐軍不超過400人。其勢力範圍在城堡外30公裏即到了極限。1630年甚至差點被台灣土著目加溜社逼走。到1635年東印度公司大規模增兵之後才開始大規模討伐周圍的原住民村落，擴大統治區域。
因此這些勢力在陸地上的威脅性都很小，說不堪一擊也不為過。派遣一個步兵營加強少量炮兵就足夠橫掃全島。但是在海上狀況就要複雜一些。荷蘭人現在是貿易夥伴，而且它在東亞的海上實力有限，不會冒著觸怒元老院的風險來采取敵對行動，西班牙人在台灣附近海域隻能算是“存在”。喵喵尒説
唯一的障礙就是鄭芝龍。福建沿海是他的主要活動區域，海軍的運輸船隊經過這一地區，甚至就在台灣島上登陸，修築中轉基地，這事絕對是瞞不住他的，如果他要發動幹涉，對發動機行動就是很大的阻礙。
如果是通過台灣海峽。以和諧輪的噸位、武裝和護航戰艦的戰力來說，鄭芝龍除非發動大規模的海戰，否則幾乎不能產生什麼威脅。海軍在圖上推演中，扮演鄭芝龍一方的很少能夠在台灣海峽捕捉到運輸船隊經過。換句話說，在當時的通訊航海水平下，鄭芝龍就算存心要開打，也不見得能捕捉到戰機。
但是，若是要在台灣本島靠岸停泊，勢必要出入台灣沿海港灣，鄭芝龍就會有很多作戰機會了。這一點是要放入考量中的。
大家認為，在台灣開設基地是有必要的――從開發價值來看，台灣高於海南。但是到底選額哪裏作為中轉基地有不同的意見。被列入選擇的有多處，包括雞籠、台南、花蓮、高雄等處。
西班牙人占據的雞籠、淡水被首先否決。盡管雞籠附近有豐富的礦產資源，有著名的基隆煤礦和金瓜石金銅礦，但是開發難度很大，而且地理環境極其惡劣。需要投入大量的人力物力進行整治。
當時人的記載對此地也無好評：“雞籠(Kelang)及淡水(Tansoei)並非優良之碇泊地,加上附近之番人凶惡,無法交往。”、“君不聞雞籠、淡水水土之惡乎？人至即病，病輒死。凡隸役聞雞籠、淡水之遣，皆欷歔悲歎,如使絕域；水師例春秋更戍，以得生還為幸。彼健兒役隸且然,君奚堪此。”
雞籠、淡水都位於台灣北部,這裏是全島降水最豐富的區域,每年降水量在3000毫米以上。在通常年份,台北有半年時間都在下雨。雨水過多的區域有利於植物和微生物生長,但不利於人類。因而明清時期的福建人將台北稱為瘴癘之地,移民在當地的死亡率很高。把中轉地基設在這裏，死亡率是可想而知了。
台灣北部在1694年還有一次大地震。強度之大直接在台北盆地內震出了一個30平方公裏的台北湖。無論從哪個角度來看，台北地區都不是穿越眾應該涉足的地點。
花蓮也得到了很多人的支持。花蓮的優勢是安全性極高。它偏處台灣東部，與台灣島的其他地方又山脈阻隔。周圍地形險峻，大多數地區都不適合船舶停靠，沿岸大多是非常陡峭的海岸地形，隻有河口有停船的地形。隻要在河口建立基地，從其他地方根本無法登陸。曆史上花蓮在1932年公路通車前與台灣其他地區的聯係隻能靠船運，被稱為台灣的“陸上離島”。整個17世紀，除了1622年西班牙去過花蓮采砂金之外，沒有人對這塊地方感興趣。