大亂甫定的北京城，經曆了一茬又一茬的動亂與殘殺之後，終於在清軍入城以後稍得安息，盡管滿清人以各種理由將皇城內的漢人悉數趕到了外城，但是至少迫於形勢他們沒有對全城百姓進行屠殺和追餉，當滿清鐵騎帶著關外風塵挾著大明舊臣三王吳三桂、耿忠明、尚可喜等到達北京城時，因訛言而趕來接駕的舊明臣子們還以為是吳三桂等人輔佐太子到北京登基呢。等到看到彪悍跋扈的滿清大軍之後，這些人才如夢初醒。
皇帝身死、大明國滅，太子不知所蹤，麵對等來的這群覬覦大好江山已久的關外女真，還能有什麼選擇呢？更多的人於是再次選擇像上次李自成攻破北京城已經上演過的那一幕一樣，選擇了投誠，拜倒在了滿清八王多爾袞的腳下，成為了“清”朝的臣子。
不甘於僅僅得到北京的多爾袞命阿濟格、多鐸、阿山三路清軍沿途繼續追擊順軍，一直把軍心潰散、一敗塗地的李自成趕到了西安，潼關以東之順軍領土悉數投降了清軍，幾個大的城池為了避免被屠戮，麵對滿清的鐵蹄隻能再次選擇了投降。
當李自成和多鐸、阿山等幾路清軍相持在潼關拉鋸戰一發不可收拾之時，南方的情勢也是一片混亂之至。
南京作為明朝的南都，在名義上依然有著極高的地位，其中以南京兵部尚書、五軍都督、操江提督為三執政具有重大的權力，這時候，史可法任南京兵部尚書加之威望超然，這時候自然成了最後的決策者。
他自己有額兵數萬人，自從再起曆任地方官，民政、軍政皆一力操持，兢兢業業之下，這支史家軍也頗為可觀。尤為重要的是，幕僚沈複給他的幾個重要建議：廣招兵、設守禦、罷三餉，起到了比較明顯的作用，南方民心稍微安定，地方官也能在他的帶領下謹守本土，亂兵流賊也基本被肅清，這個時候的南方比之於擾亂血腥的北方國土，已經可以算得上是人間天堂了。
然而事情絕非一帆風順，大明王朝滅亡之後，史可法因為遲遲出兵勤王受到了很大輿論指責，尤其是南渡群臣尤為激烈。其中阮大鉞、馬士英等舊“閹黨”分子剛好乘機攻擊誹謗，希望一舉拉下史可法，畢竟在他們看來，史可法當年的業師是東林黨頭子左光鬥，雖然立場中立的史可法沒有這麼強烈的“黨派”意識，但他們還是生怕新朝建立後史可法的地位會對他們造成威脅。
原原本本地了解了這些事情的原委，沈複對於這些在殘酷朝堂鬥爭中殘存下來的官僚們的已經徹底無語了，他們一點點的門戶淺見已經完全淩駕在了國家民族大義之上，或者可以這麼說，大明王朝的滅亡跟這些窩裏鬥的人物們也離不開關係。
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明亡後，仍然奉明正朔的南方國土，這一年的五月，事情終於有了變化。駐兵於浦口，做出要出兵北上的史可法終於沒有出兵的必要，南下逃難的官員百姓帶來了崇禎皇帝死社稷的慘痛消息，同時還有李自成已經占領北京的震撼消息。
大慟之下的史可法命令全軍為帝發喪，縞素加身之後就準備立刻發兵北上殲滅殺害君父之流賊，然而沈複卻很清楚地明白這時候出兵北上完全失策，於是他向史可法進諫道：“大人一心想要報君恩，此忠君愛國之心，然而這時出兵北上，一敵情不辨，兵法大忌。二南方重地，需重兵忠臣彈壓，大人須得三思而後行。”
史可法很清楚沈複對他的進諫是非常有道理的，但這個時候他承受了非常大的壓力，如果不再有所表示的話，他自己的名譽和此刻身處的地位是無法給眾人一個交代的。