傅清說：“珠爾默特那木勒一旦叛亂，不但我們要被殺死，而且大軍難以進藏，西藏也難免丟失。咱們不如先發製人，把他殺了。”
拉布敦讚同，說：“雖然我們也難逃一死，可殺了他，再恢複西藏秩序，就容易多了。”
於是二人把珠爾默特那木勒召到駐藏大臣官署，說有皇帝的詔書，請他上樓接受詔書。
珠爾默特那木勒一上樓，就有人暗中撤去了樓梯。他還不知道，一心一意地在那裏跪拜行禮，準備接受詔書。傅清趁他俯身磕頭的機會，從背後猛揮一刀，把他砍翻在地。
珠爾默特那木勒的隨從見樓梯被撤了，知道大事不好，急忙調集人馬，把樓團團圍住，開炮放槍點火燒樓，人喊馬嘶，亂作一團。兩個駐藏大臣被困在樓上，傅清身上多處受傷，知道難以活命，便舉刀自刎而死。
拉布敦手持戰刀，大喊一聲，從樓上淩空躍下，左砍右殺，斃了幾十個人，最後因寡不敵眾，也剖腹自殺。
西藏貴族中有個班達，反對叛亂，他在兵荒馬亂之中，集合了一些士兵把守住布達拉宮，緊緊地護衛達賴六世。達賴六世的衛隊奉命平叛，叛軍孤立，很快被平定。
不久清軍在嶽鍾麒的率領下趕到拉薩，恢複了西藏的秩序。為了進一步穩定局勢，嶽鍾麒等人和班達商定了一個《西藏善後章程》，規定西藏不再設郡王，隻設四個噶布倫（地方官），作為達賴喇嘛的輔佐，凡事要請示達賴喇嘛和駐藏大臣。於是西藏複又安定。
乾隆四十五年，六世班禪不遠萬裏走下雪峰，到熱河參加乾隆七十萬壽節，覲見乾隆皇上。
六世班禪東來期間，乾隆皇帝的賞賜，在京王公、蒙古諸部的奉獻，達數十萬金，寶冠、瓔絡、念珠、晶體缽、鏤金袈裟不計其數。
這些福物送歸西藏後，都由掌管班禪物品的六世班禪的胞兄仲巴胡圖克圖保管，不料六世班禪在北京染病而死。
仲巴胡圖克圖把這些財物據為己有，既不布施，各寺喇嘛一無所得，也不分給其弟子紅教喇嘛沙瑪爾巴圖克圖。
沙瑪爾巴圖克圖當時居住在廓爾喀，他垂涎含恨，便向廓爾喀國王進言仲巴胡圖克圖擁有班禪的巨萬資財和奇珍異寶，並將西藏信佛厭戰和藏兵懦弱畏敵的情況也告訴了廓爾喀國王。
最後，沙瑪爾巴圖克圖唆使廓爾喀以商稅增額、食鹽摻土為辭，派兵入侵西藏。
廓爾喀原是尼泊爾的一個部落，位於加德滿都西北，後來勢力漸強，舉兵征服各部，遷都加德滿都，建立王朝。
沙瑪爾巴的商稅增額、食鹽摻土，實際上是指廓爾喀和西藏的貿易糾紛。以前，廓爾喀和後藏之間的交易，使用廓爾喀所鑄銀錢，摻有銅鉛，成色不純。
後來廓爾喀改鑄新錢，銀的純度提高，廓爾喀讓西藏人承認其製定的一個新銀錢當兩個銀錢用的方案，西藏人不同意。