順治十六年（1659年），被漢人當做民族英雄的明朝名將鄭成功不滿當時的清廷，便在精心的策劃與籌備後，開始向清廷發動攻擊。不久之後，他的軍隊便圍困了南京，整個朝廷都為之震動。順治帝驚慌失措，認為大勢已去，便欲退居關外暫避其鋒。但孝莊太後立即嚴厲斥責了他的這種不負責任的逃避心理，大清在幾代人的奮鬥下才終於得以入主中原，卻要被他如此輕易地拋棄，怎能不令人心寒？順治帝深覺有理，知道自己責任重大，不該逃避，於是他便從一個極端走向了另一個極端，決定禦駕親征。太後又說道，如此之舉，太過輕率，若有閃失，則大清一樣危矣。順治帝知道母後所言有理，在冷靜地分析與思考過後，便在北京城坐鎮指揮，在太後的建議下，令大軍立即開赴南京，同時南京駐軍隨即響應外援，內外夾擊，終於將鄭成功擊退。此一役，又一次表現出了孝莊太後的大局意識以及運籌帷幄的能力。若沒有她，或許在這一役，大清在中原已經不複存在了。
後人有一個傳說，順治十七年（1660年），順治帝因為寵愛的董鄂妃病故，便欲出家為僧，以度殘生。於是便傳出了順治帝後來在五台山落發為僧，康熙帝還幾度相探的故事。後經史學家考證，出家之事應當不實，但順治帝曾有過此念很可能是真的，而且正是孝莊悉心勸導，才終於讓順治帝打消此念，從而保得大清江山沒有因此而受到影響。
在順治帝執政的十一年裏，大清不斷地進步著，孝莊太後在此過程中實在是功不可沒，如果沒有她，就沒有順治帝跟大清的今天。正是她不斷地以她的智慧與魄力來教導與影響順治帝，才會擁有今天的一切。可惜的是，順治帝在順治十八年（1661年）因患天花英年早逝，年僅二十四歲。
若孝莊直接統管天下，大清恐怕會提前進入盛世！即便如此，大清的強盛時期也因為她的存在而在不久之後出現了。可是為大事者，必然要經曆磨難，而在更多的磨難裏，孝莊太後顯出了更多的才能。
聰明果敢成就千古康熙
順治帝的早逝，又將帝位的選擇問題擺到了明麵上。孝莊太後為了不讓朝廷再發生因爭位而導致的混亂，便當機立斷立順治帝的第三子，即八歲的玄燁為帝，即康熙帝。孝莊便相應地成為太皇太後。康熙帝相信沒有人不知道，可是康熙帝在幼年甚至青年時代，卻是在孝莊的輔佐下成長的。考慮到前朝發生的種種事端，孝莊在選擇輔政大臣時便沒有在皇親裏選，而是選了鼇拜、索尼、蘇克薩哈，以及遏必隆為輔政大臣。她雖然用心良苦，卻仍然未料到後來鼇拜給朝廷施加了很強的壓力，差一點又一次為大清朝帶來顛覆的危機。但孝莊太後畢竟不是神仙，在那時預料不到這種事情的發生也不奇怪，所以也不必把責任推到她的頭上。
康熙帝年齡尚幼，於是朝臣紛紛關注孝莊太後是否垂簾聽政。孝莊太後卻稱，康熙帝已有輔政大臣，不需要自己出麵聽政。於是，她便拒絕了向她提出此建議的官員。這一點，已經明顯表現出了她與曆史上許多為了權力不惜一切代價的後妃的不同。也正因為如此，她的德操才顯得更加高尚。
孝莊太後在康熙幼年，便悉心地教導他認真學習，而康熙的聰明還在其父之上，學習起來進步非常快。孝莊還派了自己最喜歡的侍女蘇嘛喇姑去照料康熙帝。她的這一切努力，都為後來康熙帝成為一代聖君打下了良好的根基。
康熙繼位不久，大清朝廷便又一次出現了危機。四位輔政大臣開始不斷地出現分化，形成了兩個派別。鼇拜自恃是先帝的重臣，開始獨斷專權，挾持幼帝，不把任何人放在眼裏。孝莊決定立索尼的孫女為皇後，鼇拜竟出言反對，數落其身份低下。但孝莊不為所動，而是義正詞嚴地聲明，即使身份低微，但她屬滿洲人之女，立為皇後有何不可！她以一副不容商量的口吻回絕了鼇拜，顯示出了她的銳氣。可是鼇拜卻不甘心這次失敗，從此以後在朝中更是飛揚跋扈，朝中之事隻要他決定了，往往不通過其他任何人便擅自做主，大權獨斷。
康熙年齡雖小，卻已經深深地感到了鼇拜對他的威脅，他不知該怎麼辦，便來請示祖母。孝莊太後知道多爾袞的事要在今天的朝廷上重演了，那一次她便已經費盡心力，後來還多虧多爾袞不幸病故才化解了大清的危機，可此時又出現一個鼇拜，她知道如果自己一亂，大清朝就徹底完了。於是，她隻是讓康熙好好聽話，不必在意，隻要他長大了一切就會過去。可她在心中卻不斷盤算著對策，等待著時機。她不斷在民間減輕賦稅、穩定人心，並積極招納賢才，為的是在與鼇拜的鬥爭中，首先在民心上占得上風。