這時已經是公元前3世紀的80年代，曾經風起雲湧的百家爭鳴已經告一段落，當時NB烘烘的諸多學派大多凋零，包括風雲一時的道家和墨家，最後隻留下儒家和法家兩家在鬥法，競相用自己的學術觀點去影響君王。
我們知道，自商鞅變法始，秦國走的就是法家路線，在那個鐵血交織生死存亡的年代，法家的政治方略能從根本上富國強兵，使民眾敬畏而安守本分，自然受到秦始皇的鍾愛。當然，作為一個能統一天下的大帝，秦始皇容人度量還是有的，盡管推崇法家，但是對於別的學術門派也沒有趕盡殺絕，還是盡量容許他們存在，並給予一定的優厚待遇，由國家供養起來。
在秦帝國的政治體係中，在9個部長——也就是九卿——的下麵專門設置有數目不定的博士一職，作為國家最高的學術研究員，他們的工作就是做學術研究，待遇優厚，而且還能隨時覲見皇帝，彙報他們的學術思想和成果。這些博士基本上就是由道、儒、法三家的學者組成。這其中道家的學者已經跟老子和莊周的思想風馬牛不相及了，主要工作是煉出吃了讓人長生不老的仙丹，類似於化學家了。
秦始皇喜歡旅遊，足跡遍布全國，這也是有曆史淵源的，秦國發家的老祖宗就是給周穆王造車的，所以秦國的君王一直以來都喜歡旅遊。秦始皇好大喜功，每走到一處都要立塊石碑，寫上“到此一遊”，還刻下自己征服六國的豐功偉績。而寫這些歌頌文章，就是儒家學者的拿手好戲，所以秦始皇經常叫儒家的博士陪著自己旅遊，以便隨時寫出好文章刻在石碑上。
秦始皇這樣的行為，就給了儒家的博士們一個錯誤的信號，認為自己的學派已經得到了帝王的充分信任，如今天下太平，法家是時候退出曆史舞台了，該是儒家思想統一天下的時候了。於是由當時儒家的著名博士淳於越上書給秦始皇說：“從強的商周兩個王國，立國都近千年，主要原因是分封兒子兄弟作為枝葉。如今陛下你雖然富有世界，但是你的兒子卻跟平民一樣，一旦發生危險，便沒有人能夠幫助他們。凡事不效法古人，而能長久的，聞所未聞！”凡事不效法古人，而能長久的，聞所未聞！這三句話就是儒家思想的核心。
話說到這份上膽子就有點大了，這就是對秦帝國以法立國的國家精神的挑戰。丞相李斯當時就嗅出了這文章裏儒家想要翻身做主人的味道，馬上上書反駁：“五帝的製度不重複，三代的製度不相互抄襲。各自用各自的製度，不是故意要反對古製，而是時代在進步，大家都要與時俱進。陛下創下大業，建立的是萬世的功勳，而儒家的白癡們對於新的政治格局無法領略，叫您去效法2000年前的原始社會，這不是扯淡麼？儒家的學者們不向新時代積極靠攏，隻一心一意去崇拜古人，用虛假的語言擾亂真實，看到新興事物，就議論紛紛，堅持認為今天的製度都沒有古代的好，簡直是一派胡言，擾亂民心！”
李斯不愧為千古第一丞相，這一篇反駁文章立意高遠、論據充分、反駁有力，得到了秦始皇的大力支持。秦始皇可是一個以簡單粗暴聞名的皇帝，當下就下令焚毀儒家學派的書籍，超過60天不燒的，就臉上刻字去做苦力；兩個人以上談論儒書的，一律處決；凡是說今天不如古代好的，全家斬首。後人有人把很多古籍的遺失這筆帳算到秦始皇頭上，其實這是不科學的。盡管下令焚毀民間的儒書，但是政府圖書館裏的書作為研究之用，不在燒毀之列。真正毀滅這些書籍，讓古文明無跡可尋的，是稍後進入鹹陽縱火燒城的項羽。