審配聞知曹軍入城，立刻組織人馬展開巷戰，結果寡不敵眾，很快就戰敗被擒。關於審配被擒的細節《三國誌》和《後漢書》沒有記載，但是《山陽公載記》和《獻帝春秋》卻不約而同地記載審配兵敗後逃到一口井中藏了起來，可還是被曹軍發現並活捉了。這段記載在裴鬆之注解《三國誌》時被引用，但裴鬆之同時對該記載強烈鄙視，他認為審配是“一代之烈士，袁氏之死臣”，對袁氏忠貞不二，在袁尚敗局早露的情況下，如果他想為自己作打算，他有的是時間也有的是機會，不會事到臨頭才想苟免，弄得如此狼狽。裴鬆之還認為《山陽公載記》和《獻帝春秋》這樣的記載“寔史籍之罪人，達學之所不取者也”。
項非認為，審配是忠臣烈士，屬於正麵人物，按照史官傳統的“春秋筆法”，對這類人物的記載也多選用正麵、光輝的史料，對他們窘迫、狼狽時的遭遇一帶而過或者幹脆不記，這可能是多數史書沒有記載審配被擒經過的原因。同時，《山陽公載記》和《獻帝春秋》的記載幾乎一模一樣，所以這很可能就是當時的真實情況。不過審配未必就是“藏”於井中以圖逃命，很可能是見大勢已去，自殺報主，結果投井未死，為曹兵所擒。以審配的一貫作風來看，這可能才是當時的實情。
當初袁譚與袁尚鬧翻，郭圖、辛評等人選擇了袁譚。在他們離開鄴城投奔袁譚的時候，包括郭圖、辛毗在內的多數人都把自己的家眷帶上了，隻有辛評沒來得及這樣做，於是他的家人立刻被捉進鄴城大牢。鄴城城破之時，審配在城東門組織抵抗，看著潮水般湧入的曹兵，他知道敗局已定。此時的審配既恨曹操又恨袁譚，在他看來是袁譚挑起的內戰，還引來了曹操。恨袁譚自然更恨他手下的謀士，沒有他們出謀劃策袁譚也不會鬧得這樣過分。審配越想越恨，於是命人立刻趕奔大牢，處死辛評的全家。
再說辛毗，他現在已經跟隨了曹操。他也時刻惦記著哥哥的家人，城破之後，他立刻就帶了一支人馬直奔鄴城大牢，想要把哥哥的家眷救出來。可等他趕到大牢時，一切都晚了，辛評全家已經被處死。
辛毗悲痛欲絕，由此與審配結下不共戴天之仇。審配被擒後，辛毗立刻就來見他，“逆以馬鞭擊其頭”，破口大罵：“奴，汝今日真死矣！”審配也針鋒相對，不甘示弱，回罵道：“狗輩，正由汝曹破我冀州，恨不得殺汝也！且汝今日能殺生我邪？”審配說得對，像他這樣的高級戰俘、名士，不經曹操審訊誰也不敢私自處決他，辛毗雖然恨之入骨，可也不敢就這樣擅殺審配。
冀州有個叫張子謙的人一直都與審配不睦，他早就投降了曹操，現在以占領者的身份回到冀州。張子謙看到被俘的審配，很是得意，笑著說：“正南（審配的字），卿竟何如我？”審配厲聲答道：“汝為降虜，審配為忠臣，雖死，豈若汝生邪！”你怎麼能和我比！？看來審配真是不屈不撓，毫不妥協，就像海明威說的那樣，一個人可以被殺死，但是不可能被打敗。
隨即曹操親自提審審配，審配仍然言辭激烈，“聲氣壯烈”。曹操卻有意饒他一命，甚至說之前我們兵戎相見，那是因為“卿忠於袁氏父子，亦自不得不爾也”。看這架勢隻要審配說句軟話，不但可以活命，還能繼續在曹操手下發揮才幹。可審配“終無撓辭”，一點不肯服軟。像他這樣有名望、有本事的能人，如果不能為自己所用，曹操是堅決不會留著他的。而且又有辛毗等人在一旁“嚎哭不已”，請求處決審配。於是曹操“遂斬之”，“見者莫不歎息”。
曹操占領了鄴城，就等於得了冀州，很快被朝廷任命為冀州牧。曹操在鄴城還到袁紹墓前哭祭了一番，並厚待袁紹遺孀劉氏及其家人，最後還為隨軍出征的兒子曹丕娶了一門親，女方是袁紹二兒子袁熙的妻子甄氏。