在武器彈藥方麵，借著崇明和嵊泗列島扼我國18000公裏的海岸線的中心，處長江、錢塘江的交會要害，黃複華以十五文一斤，購得從日本運來的硫磺上萬斤；以每百斤1.5兩的價格大量收購佛山等地來的生鐵和鐵器。
衛隊和水軍全部實現火器化，手榴彈，子彈，炮彈等不再有短缺之虞。
前述的1600公斤大鐵炮成為一六三一式岸防重炮，最遠射程達到了七八裏。不過，此炮並沒有大規模鑄造，1631年全年僅造四門，全部部署在嵊泗列島。
黃複華為了增加通用性，減少彈藥補給的難度，決定暫時隻大規模製造一種口徑的火炮。
一六三一式步兵火炮，彈徑約為78毫米，與89毫米外徑的鋼炮保持一致的彈徑，炮管重量達到260公斤，最遠射程約有1000米，彈重達到1.2公斤，裝藥量0.5公斤，為開花彈。黃複華特別重視炮車的建造和改進，配上的炮車重250公斤，不僅牢固可靠，可以較為方便地調節仰角和左右方向，還使用了橡膠做成的實心輪胎，靈活機動。
一六三一式海軍火炮，彈徑還是78毫米，與步兵炮一致。但炮管長度和厚度，以及炮彈重量，裝藥量都相對減少，最大射程僅有500米左右。因為海上要打擊的是移動目標，而在這個時代要擊中太遠的移動靶，隻能是靠大神保佑。
在船隻方麵，1631年全年新增各類小型船隻和輔助船隻二十餘艘。如“聯環舟”，“其舟約四丈許，外視之若一舟，分則為二舟，前半截三之一，後半截三之二，中聯以環，前截載火炮、神煙、神砂、毒火等器，首裝大倒須釘數枚，銳向其利，後截二夯施數槳，載兵士”。這種“聯環舟”在作戰時，“以首釘撞於敵舟之上，前環自解，後載則回”。
另外，新造或改裝排水量100~150噸左右的戰船三艘，這些船的身長在20米到30米之間，寬6米到7米之間，深2米到2.5米之間。不過，這些戰船並不是很耐用，估計使用壽命也就六到七年，黃複華準備用滿五年就更換。還購得了寧波府五百料戰船一艘，船身長12.25丈，麵闊3丈，深1.15丈。
1631年3月10日，黃複華以自己的兩條四百料武裝沙船和雇得的一條六百料大沙船，共載米近兩百噸，組成了海運船隊。黃複華請來1597年（明萬曆二十五年）參加過運載沙兵，東援朝鮮行動，經驗豐富，年近五十的船老大陳瀛為押運指引，開始了恢複元代海運的征程。
說到元代海運，必須提到一個人。朱清，生於1236年，卒於1306年，字澄叔，崇明縣姚沙人。原來是一個姓楊的大戶的家奴，後來殺了主人而隻能避跡海上，淪為海盜。再後來受到宋朝朝廷的招安，南宋滅亡後，朱清就降了元朝。至元十二年（1275年），朱清任運管軍千戶。至元十三年，1276年，奉元朝丞相的命令，朱清將南宋庫藏圖籍運至大都。至元十九年，朝廷尋求南糧北調的運輸路線時，朱清和張瑄建議海運。兩人移居太倉，與上海總管羅壁造出平底海船60艘，自劉家港運糧4萬石至大都，開創了元代海運。以後，運糧數逐年增加，最高達三百多萬石。
根據《元朝的海運》一文記載，海運航線前後有三次變更：
第一次航路，從至元十九年首次糧運，到至元二十八年新航路的開辟，共沿用十年。航線大體是：從劉家港（今江蘇太倉瀏河鎮）至海門黃連沙頭（在今江蘇啟東東部海中）、萬裏長灘（在今江蘇啟東東部，西南向呈長條形，後來部分形成陸地），經鹽城（今屬江蘇，當時瀕海），曆海寧府（治今江蘇連雲港西南）界，可至鶯遊山（今連雲港東北東西連島），下入山東境，由密州（治今諸城）入膠州（治今膠縣）界放靈山洋（今青島南、膠南以東海麵），北至浮山（青島附近）、勞山（青島東北嶗山）、福山（嶗山縣東），沿海岸達延真島（今山東榮成沿津島），東北轉過成山（在今榮成成山角），最後進入天津界河口。該航線沿海岸航行，迂回曲折，委實水路艱難，深為繁重”，航期長達兩個多月。
第二次航路，至元二十九年由朱清聘請長興（屬今浙江）李福四“押運指引”，路線是：從劉家港開洋，轉過撐腳沙（在今江蘇常熟璜涇北江中），至三沙洋子江（在今江蘇崇明西北，後來大部分形成陸地），東北至扁擔沙大洪（今啟東東南，今已成陸地）、萬裏長灘，再往東北一千裏至清水洋、黑水洋，過黑水洋可見延真島。西北至成山與劉島（今山東威海東劉公島）、芝罘島（在今山東煙台北）諸島，進入天津界河。該航道從萬裏長灘到成山一段取遠海航行，線路較為徑直。一路順風，半月可達目的地；風水不便，則需要一個月或四十天以上。