檢察官朱雋依《危害民國緊急治罪法》提起公訴。之後，彭述之等九被告暫退審室，首審陳獨秀。
審判長胡善偁例行公事地問完姓名、年歲、籍貫後，開始從頭問起：
問：以前做何事？
答：在教育界做事。
問：在何處？
答：在北京。
問：在北京何校？
答：在北京大學當教授。
問也簡明，答也簡明。
問：退職後往何處？
答：到上海。
問：做何事？
答：未做事。
問：共黨活動，是否受莫斯科指揮？
答：是。
問：當時共黨之活動，第三國際態度如何？是否滿意？
答：無所謂滿意不滿意。
問：共黨書記是否總秘書長？
答：是。
問：何時被開除？
答：記不清，大約在民國十七年、十八年。
問：為何被開除？
答：因意見不同。
問：被開除後做何事？
答：未做事。
問：共產黨分幾派？
答：分托洛茨基派與史他林（即斯大林）兩派。
這邊“胡問”，步步緊逼；那邊“陳述”，直言不諱。一問一答，如同一部傳奇，章節越來越引人入勝。
問：中國共產黨反對派即“托派”最終目的如何？
答：世界革命。在中國需要解放民眾，提高勞動者生活，關於奪取政權，乃當然的目的。
問：與皖湘閩贛等省共黨不能合作，是否因政策不同？
答：是。
問：被捕十人中，有幾人認得？
答：以政治犯資格，不能詳細報告，作政府偵探，隻能將個人情形報告。
陳獨秀真乃幽默大師，估計說完這句話，胡問的法官怕也忍俊不禁了。但人家正在扮演正義的化身，遂壓抑住笑意，貌似生氣地發問：“何以要打倒國民政府？”
這下可正中下懷！陳獨秀遂慷慨陳詞：
這是事實，不否認。至於理由，可分三點，簡單說明之：
一、現在國民黨政治是刺刀政治，人民既無發言權，即黨員恐亦無發言權，不合民主政治原則。
二、中國人已窮至極點，軍閥官僚隻知集中金錢，存放於帝國主義銀行，人民則困苦到無飯吃，此為高麗亡國時的現象。
三、全國人民主張抗日，政府則步步退讓。十九路軍在上海抵抗，政府不接濟。至所謂“長期抵抗”，隻是“長期抵抗”四個字，始終還是不抵抗。
根據以上三點，人民即有反抗此違背民主主義與無民權實質政府之義務。
4月20日上午第三次開庭時，前來觀賞陳獨秀精彩表演的觀眾爆滿—“旁聽席上，已無地可容”。看客盈門，陳獨秀格外來勁，這一次，他對強加在頭上的“危害民國”罪名，抗辯得最有道理：
謂我“危害民國”，因為我要推翻國民黨和國民政府。但是我隻承認反對國民黨和國民政府，卻不承認“危害民國”。因為政府並非國家，反對政府並非危害國家。例如滿清政府，曾自認朝廷即國家，北洋政府亦自認代表國家，但是孫中山、黃興等，曾推翻滿清，推倒北洋政府。如謂推倒政府就是危害民國，那末國民黨豈非已叛國兩次？
肅穆的法庭上終於爆響了會心的笑聲！人們差一點要為這位被告的抗辯喝彩了！害得胡審判長連忙製止，場麵才沒失控。
法院審了三天，陳獨秀的精彩答辯也讓旁聽者大叫過癮了三天，而辯護律師章士釗的辯護詞亦十分精彩。兩位老友的辯護詞竟成了經典的法律教材！而最幽默的是，陳獨秀竟然在頭頭是道地闡明為何反對國民黨政權而不是反對國家之後，不僅要求法庭宣告自己無罪，而且還要求賠償自己“在押期間之經濟上、健康上的損失”！
不過，南京政府不比北京政府，“司法獨立”已經成了一黨專政時期的蒙人幌子。因此，陳獨秀還是被判有期徒刑十三年，經上訴後改為八年。曾從莫斯科跑到土耳其見過托洛茨基的彭述之，與他同刑期，其他同案犯各領刑五年和兩年六個月。
就在陳獨秀服刑期間，在大西南的遵義城內的一幢黔省軍閥的棄樓裏，被蘇聯人指派擔當中共領袖的那幾個從莫斯科回國的後生們，已經被毛澤東聯絡張聞天、王稼祥等人轟下台來，中國共產黨自此開始走上了陳獨秀所向往的獨立自主的道路。
連蘇聯人都不知道中共核心層發生了如此之大的變故，更遑論獄中的陳獨秀！