陳獨秀接受托洛茨基思想，是必然的。陳獨秀與托洛茨基應該沒見過麵。1921年秋，陳獨秀曾奉召去莫斯科，沒有得到任何一位蘇俄黨要人的接見。那會兒，蘇俄人沒看得上中國共產黨。陳獨秀執政晚期，莫斯科派回來的中共黨人，不光有博古、張聞天和王明那樣的斯大林的盲目崇拜者，也有“反黨集團頭子”托洛茨基的同情者。這些年輕幹部把托氏關於中國革命的理論帶回來，讓陳獨秀從切身經曆和本黨同誌被屠戮的殘酷現實中，驀然認清了打著馬克思主義旗號的斯大林主義的本質，於是便非常自然地成了托洛茨基在中國的同誌。
辭職前的陳獨秀已經悟出，托氏關於中國革命的論斷，與他自己痛苦思索的結果極為相似，即大革命的失敗，標誌著中國資產階級對於帝國主義和封建勢力已經取得了勝利，它對人民的統治已趨穩定，中國社會已是資本主義占優勢並將成為和平發展的社會。因此，中國資產階級民主革命已經完結，中國無產階級隻有待到將來再去舉行社會主義革命。
資本主義是不可逾越的—這個半個世紀後方被證實為正確的陳獨秀思想，在當時卻被冠以“取消革命”的惡名大受批判，陳獨秀由此成為與托洛茨基齊名的“托陳取消派”首領。因“世界無產階級的偉大領袖”斯大林的態度，中共理應比國民黨更為痛恨托派的中國領導人，所以創立了中共的陳獨秀就成了中共黨史上最長久的蒙難者。
民國二十一年（1932年）10月15日，正在臥床療養胃潰瘍的陳獨秀突遭逮捕。同日，多名中國“托派”重要幹部入獄。
國民黨人興高采烈，滿以為這一下便將“共匪”頭子這一心腹之患徹底解決了。蔣介石無疑是最開心的一個，對各地“蘇區”的一次次用兵已令他疲憊不堪。倭寇已占據東三省，華北也日益告危，大敵當前，他太想先“安內”再“攘外”了！正在漢口督戰“剿共”的他，顧不上回南京，電令將本案起獲的重要文件迅速送到漢口，他要親自審閱。緊接著，他又電令將已經開口與政府合作的“中共秘書長”謝德盤押至漢口審訊。看完，問完，他才弄明白，陳獨秀已經不是中共的當家人，而是中共“左派反對派”的首領，謝某人隻是陳獨秀那個小組織的秘書長。但他仍不明白陳獨秀與正在對壘的中共的紅軍到底是什麼關係，遂令國府軍政部長何應欽當麵詢問之。
於是，民國二十一年（1932年）10月27日的《大公報》，刊出了兩天前何應欽與軍法司長王振南對陳獨秀的“傳訊”：
（何氏）詢以贛、鄂等省共黨暴動行為，或知其詳否？陳答：各處共匪行為，均由幹部派指揮，與餘毫無關係。又詢以抗日問題。陳侃侃申述，謂依國際形勢觀察，仍須聯俄方為有利，英美及國聯均不能有助於我國。
陳獨秀自不會稱中共為“共匪”，盡管他已經被從蘇聯回來的那幫人（他稱為“幹部派”）開除出黨。從被捕到上法庭，他一直宣稱自己信仰共產主義，依然要推翻國民黨政府，顯然，“共匪”這一說法是當時的報紙屈從政府的規定強加在他頭上的。陳獨秀襟懷坦蕩，實話實說。而且，盡管他憎惡蘇俄，但為國家命運計，他還是希望國民黨政府“聯俄”。
臨別時，何應欽客氣地向陳獨秀求字存念—陳的書法是很有功底也很有名氣的。
何上將客氣，但陳獨秀不客氣，他飽蘸濃墨，不假思索地疾書一紙條幅：
三軍可奪帥，匹夫不可奪誌也。
天日昭昭，此心可鑒。即令政治死敵，也不可能不對陳獨秀的節操表示欽敬。
蔣介石遂采納了胡適、翁文灝等國民黨內文職高官的建議，下令將陳案轉到了地方法院公開審判。如依軍界多數高官和地方黨部的多數意見，將陳案移送軍法審判，則陳獨秀被“明正典刑”的結果自不可免。
民國二十二年（1933年）4月14日上午9點30分，陳獨秀和彭述之、濮清泉等十名同案被告被押至江蘇省江寧地方法院審判廳，那位誰都得讓其三分的老友章士釗大律師自告奮勇自北方趕來為被告辯護。
自從陳離開北大後，兩人即沒了交往，相反的，性情無羈的他還曾十分無禮地公開著文罵附從軍閥政府的章先生是“放屁狗”、“狗放屁”、“放狗屁”。章先生不計前嫌，毅然接受委托，一時頗受稱頌。