前此法院科我之罪，誣以“叛國”。夫叛國之罪有明文，外患罪與內亂罪是也。通敵之嫌，至今未聞有人加諸鄙人之身者，是外患罪之當然不能構成。邇年以來，國內稱兵據地或企圖稱兵據地之行為，每役均於鄙人無與，是內亂罪亦無由周內。無罪而科以刑，是謂冤獄。
我本無罪，悔悟失其對象；羅織冤獄，悔悟應屬他人。
銅頭鋼牙，決不言敗，還是那個倔強不屈的陳獨秀！
出獄後的陳獨秀，突然又成了香餑餑。
於國民黨來說，此人乃一代青年領袖，獨立於中共之外的思想巨子，堅決反對斯大林的民族主義者，而且隻是一代青年的精神領袖，不是暴力鬥爭的鼓吹者，故出獄後可供奉高位以招攬人心。蔣介石遂通過陳的學生輩的政府高官周佛海、朱家驊、段錫朋等出麵，有意聘請陳獨秀出任新成立的國防參議會議員，甚至屬意由他出任國府勞工部部長。
在黨國要員們為他舉行的宴席上，陳獨秀聞此美差，非但不識抬舉，反倒正色回答：
蔣介石殺了我許多同誌，還殺了我兩個兒子，我和他不共戴天！現在大敵當前，國共兩次合作，既然國家需要他合作抗日，我不反對他就是了。
客人鏗鏘一席話，滿座高官莫敢答。陳仲甫，偉丈夫！
於共產黨來說，此翁乃本黨創建人、早期的領袖，還是張聞天、毛澤東、周恩來等中共領導群體的思想導師，況且其堅持反對國民黨政權，故敦促其回歸黨內，於公於私，都更為有利。所以，陳出獄後，葉劍英、博古就銜命登門造訪。之後，葉劍英還曾同陳獨秀單獨會談。遠在陝北的張聞天、毛澤東聯名發來電報，提出允許陳獨秀回到黨內的三個條件，其主要內容即陳要承認加入“托派”的錯誤。
倔強的陳獨秀，此時已抵武漢，他對前來催問結果的中共駐國統區二號人物董必武說：
回黨工作，固我所願，惟書麵檢查，礙難遵命。
中共黨內，凡在陳獨秀手下工作過的人，誰都知道“老先生”的執拗。所以，此事隻得作罷。
國內“托派”組織當然更來找他。服刑期間，“托派”與他的聯係就沒有中斷，膽大心細的潘蘭珍女士充當了秘密信使。但他已經厭倦了國內各“托派”組織的無休無止的宗派紛爭，複函正式回絕了小團體的邀請：“我已不隸屬任何黨派。”
舊友胡適為他聯係好到美國寫傳記，還有朋友勸他去香港定居，以擺脫國民黨的監視。然而，他都沒答應，理由很簡單，也很感人：“既然我擁護國民黨領導全民抗戰建國，就不能離開內陸。”若用現在的話說，就是要與災難中的祖國同呼吸、共命運。
為此，他孤傲地留在了“國統區”。
隨著戰局的惡化，國民政府由南京退到武漢，又由武漢退進四川，長江三峽成了天然屏障。陳獨秀帶著叔母謝氏（陳衍庶的第二任夫人）及潘蘭珍先在“陪都”重慶落下腳，後又退到距重慶百餘裏水路的江津縣定居。彼時，國民政府將各省公立學校都遷到了巴山蜀水，安徽流亡學校被安排在江津複課。為此，陳鬆年也在江津的學校裏找了份工作，與父親隔江而居，經常探看。潘女士則始終與陳先生同居一處。
民國三十一年（1942年）5月25日上午，也許是個日照江花紅勝火的時辰，住在距江津縣城二十華裏外的鶴山坪石牆院“楊氏山莊”的陳獨秀，卻如深秋之落葉，搖搖欲墜。患高血壓和胃潰瘍多年的他，自知生命之旅將終結，便艱難地喘息著，把鬆年、潘氏及追隨自己多年的北大學生何之瑜、鄧純以及專程從廣東趕來的包惠僧召到病榻前，分別作了遺囑。
他告訴鬆年的是，日後將其棺木帶回故土。
兩天後，斯人長逝矣！江津故交將其安葬在了長江邊的康莊墓園。
五年之後，陳鬆年將亡父的靈柩起出，雇船順長江而下，漂泊幾天幾夜後，在安慶懷寧城郊的亡母墓旁，將父母埋在了一起。盡管陳獨秀一生漂泊，四海為家，直至病逝他鄉，但他還是魂歸故土了。此為民國三十六年（1947年）6月的事。
讓人深感慶幸的是，經曆了漫長的動蕩歲月，尤其是經曆過“文化大革命”滔天濁浪的衝決，這座“無名”的名人之墓竟然保存下來了！
陳獨秀歸葬家鄉兩年後，江山易主，他手創的中國共產黨終於把宿敵國民黨趕到了台灣島上，他的學生毛澤東在世界東方升起了第一麵五星紅旗。
滄海桑田，萬象更新，但陳獨秀的後人的生活卻一如舊時代。因生計窘迫，在安慶窯廠工作的陳鬆年甚至不得不將父親在北京的一處房子賣了。在共和國時期，“叛徒”、“漢奸”、“機會主義路線頭子”的遺族的日子可想而知。