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巴爾的摩決定進行反擊。1987年1月，他主動向美國衛生研究院(NIH)要求對涉嫌造假的《細胞》論文進行官方調查。一起涉嫌造假的事件的當事人自己要求官方進行調查，這是沒有先例的。NIH同意了，在當年5月由其外機構研究辦公室開始調查。經過半年多的初步調查，NIH在1988年1月成立一個由三名免疫學家組成的委員會審查那篇《細胞》論文的工作，由一家製藥公司的首席科學家約瑟夫?戴維(Joseph
Davie)擔任主席。三名委員中，有兩名與巴爾的摩的關係非同尋常:洛克菲勒大學的詹姆斯?達尼爾(James
Darnell)是巴爾的摩的好友，曾經一起編寫過一本教科書;哈佛大學的弗雷德?阿爾特(Fred
Alt)曾經在巴爾的摩手下做過博士後研究。顯然，這不太可能是一個公正的委員會，歐圖爾反對這一安排，而巴爾的摩則欣然接受。
兩個多月後，眾議員丁格爾開始介入此事。丁格爾主持眾議院能源與商務委員會的監督與調查分會，以調查對政府資金的虛報、濫用、浪費而著稱，曾經因為揭露國防合同的造假和華爾街公司的腐敗而震驚全美。丁格爾相信政府提供的科研資金也被濫用了，而NIH沒有能力加以控製。他需要有一個案件來證明這一點。伊馬尼希-卡裏一案正當其時。
1988年4月12日，丁格爾舉行第一次有關“NIH資助項目中的欺詐”的國會聽證會，調查塔夫茨大學、麻省理工學院和NIH是如何對待歐圖爾的指控的。歐圖爾和站在她一邊的人馬--馬普裏索普、斯圖爾特和費德等人都出席作證。馬普裏索普作證說，他曾經聽到伊馬尼希-卡裏告訴《細胞》論文的第一作者韋弗，她的實驗出了問題，沒能得到想要的結果--她獲得的實驗結果和後來歐圖爾做出的是一樣的。
這也是個一麵倒的聽證會:巴爾的摩、伊馬尼希-卡裏以及塔夫茨大學、麻省理工學院的人馬都沒有被邀請參加。巴爾的摩極其憤怒。他給幾百名科學家發去一封信，攻擊丁格爾，宣稱國會對此案的介入完全沒有必要，必須停止。他認為國會議員們不會關心事實真相，而隻在乎招引公眾的注意和自己的形象，一旦讓他們插手，事情將變得無法收拾。科學家們紛紛寫信給丁格爾抗議其所作所為。科學家們的“傲慢”反而激怒了丁格爾。丁格爾向伊馬尼希-卡裏發出傳票，命令她交出實驗記錄本。伊馬尼希-卡裏拖到7月才交給NIH一大本活頁記錄本。歐圖爾和其他人在看了該記錄本後，認為其中明顯有假。至此，伊馬尼希-卡裏首次被指控造假。丁格爾下令財政部特勤處對伊馬尼希-卡裏交出的記錄本用刑偵手段做鑒定。
在發現NIH的調查委員會中居然有兩位是巴爾的摩的朋友後，丁格爾宣布該委員會與當事人之間存在利益衝突，NIH的調查大成問題，必須重來。NIH換掉了這兩名委員，以斯坦福大學和芝加哥大學的教授取代，組成新的委員會，仍由戴維主持。NIH委員會與伊馬尼希-卡裏做過幾次麵談，發現很難和她溝通，因為她的英語非常糟糕，經常搞不清楚她想要表達什麼意思。如果我們閱讀麵談的記錄，會覺得她甚至連基本的英語表達能力都不具備。這不能不讓人疑惑，英語水平如此低下的人，如何能在美國名牌大學當教授?也許，這是對付調查的一種策略?由於英語溝通出現問題而產生誤會，在後來一再被伊馬尼希-卡裏的支持者用來做為為她辯護的理由。