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1989年秋，美國國家衛生院(NIH)新成立的“科學誠信辦公室”(OSI)組成委員會，重新啟動對伊馬尼希-卡裏案件的調查。新的委員會除了保留第一次調查委員會原有的三名委員，另外增加了兩名委員，仍由戴維擔任主席。該委員會在1991年3月14日完成了調查，寫成調查報告草案。與第一次調查結果不同，這一次的調查主要根據特勤處對伊馬尼希-卡裏實驗記錄本進行刑偵鑒定的結果，認定伊馬尼希-卡裏“反複出具虛假和誤導性的信息”，犯下了“嚴重的科學不端行為”，並表揚歐圖爾追求真理的勇氣，同時批評巴爾的摩沒有認真對待造假的指控。
根據程序，調查報告草案送給一些人進行審閱，委員會再根據審閱意見寫成報告定稿公布。審閱者按要求必須對報告草案保密，但是這完全取決於審閱者的自覺。事實上，報告草案一交到審閱者手裏，馬上就被人泄露給了媒體記者，迅速傳開了。《紐約時報》在3月21日頭版報道調查結果，並報道說巴爾的摩將會撤銷《細胞》論文。美國司法部則宣布計劃起訴伊馬尼希-卡裏騙用聯邦資金(後來放棄)。
巴爾的摩與其律師、同事商量了一個月後，給NIH寄去一份聲明。在聲明中巴爾的摩做了自我批評，讚揚歐圖爾，並對自己一開始沒有重視歐圖爾的舉報而向她道歉。《自然》雜誌在5月9日刊登了巴爾的摩的聲明，一周後又刊登歐圖爾的回應。歐圖爾對巴爾的摩的聲明並不滿意，認為他還有些問題沒有說清楚。第二天出版的《細胞》刊登了巴爾的摩等人的撤稿聲明(伊馬尼希-卡裏和裏斯布拒絕簽署該聲明)。
隨後，以哈佛大學教授們為主的巴爾的摩的反對者和巴爾的摩、伊馬尼希-卡裏及其支持者在《自然》上進行了持續幾個月的論戰。伊馬尼希-卡裏宣稱OSI委員會委員們沒有看懂其血清學實驗，盡管這些委員們都是資深的免疫學家。巴爾的摩的態度則再度變得強硬，對歐圖爾的指責一一做了回應，並堅持其《細胞》論文基本上還是成立的，有後來發表的6篇文獻為證。而其反對者則認為這6篇文獻並不能用以證明《細胞》論文的結果，而且即便《細胞》論文的結果被別人證實，也不能說明就沒有造假，科研人員應該自己確保實驗數據的有效性，而不是讓別人來為自己證明。10月10日，《自然》用一篇嚴厲批評巴爾的摩的社論終止了這場論戰。
巴爾的摩的麻煩並沒有結束。巴爾的摩已於前一年的7月離開麻省理工學院，到紐約的洛克菲勒大學當校長。他是在一片反對聲中走馬上任的。根據民意調查，該校有三分之二教授反對讓巴爾的摩當校長，其中有半數簽署了請願書。他們不希望讓一個由於涉及造假醜聞引起爭議、名聲不佳的人來當校長。但是董事會堅持聘用巴爾的摩。
巴爾的摩在《自然》的論戰進一步激怒了他在洛克菲勒大學的反對者。該大學一些著名教授紛紛宣布不願再受巴爾的摩領導，將另謀出路，其中包括諾貝爾獎獲得者傑拉爾德?埃德爾曼(Gerald
Edelman)，他在1991年10月份宣布把實驗室搬到加州的斯克裏普斯研究所(Scripps
Research
Institute)。埃德爾曼激烈地批評巴爾的摩，認為其所作所為表明他不是一個科學家，因為一個科學家如果受到挑戰，就會通過重複實驗來證明自己，自己做不了實驗就請別人來做，而不是靠爭辯、雇律師、罵人和把證明的責任推給其他科學家。11月，巴爾的摩宣布他辭去洛克菲勒大學校長職務，並於1994年回到麻省理工學院。