“PD手冊”節目組隨後進行了一係列調查。他們以拍攝介紹韓國生物技術的專題片為幌子，對2005年論文的一些共同作者做了采訪，獲悉11個幹細胞係中隻有兩個(2號和3號)做過證明是幹細胞的實驗，而且是從漢城MizMedi婦女醫院那裏得來的。10月，節目組又到美國對論文的另一作者金善鍾做了暗訪。金善鍾此時在黃禹錫的合作者、匹茲堡大學教授傑拉爾德?夏騰(Gerald
Schatten)實驗室工作。節目組編導告訴金善鍾，他們已掌握了黃禹錫造假的證據，並欺騙他說，韓國檢察機關已經開始調查此事。金善鍾承認他對兩個細胞係的照片進行複製，用來代表11個細胞係，但是是在黃禹錫的指示下這麼做的。節目組用暗藏的攝像機錄下了對金善鍾的采訪。
可能是聽到了什麼風聲，夏騰在11月11日突然宣布中斷與黃禹錫的合作關係，他們已合作了兩年，一起發表了《科學》論文。夏騰說是由於他發覺黃禹錫所用的卵子的來源有問題。11月21日，論文作者之一、負責向黃禹錫提供卵子的漢城MizMedi婦女醫院理事長盧聖一舉行新聞發布會，承認他給每位卵子提供者支付了1400美元。第二天，“PD手冊”播出了調查的第一部分“黃教授卵子出處疑問”，指控黃禹錫在論文中對卵子的來源說謊。
此時對黃禹錫的指控還隻限於他對卵子的采集有違生命倫理。黃禹錫痛快地承擔了責任，他在24日舉行的新聞發布會上承認有兩名助手自願捐贈卵子，其他婦女則因為提供卵子而獲得報酬。他聲稱他事先並不知情，但願意為此道歉，將辭去研究中心主任的職務。
新聞發布會後，大多數政府官員、媒體、公眾都表示支持黃禹錫。數百名韓國婦女宣稱她們樂於捐贈卵子給黃禹錫做實驗。“PD手冊”則成了眾矢之的。MBC電視台的網站論壇上貼滿了觀眾指責“PD手冊”的帖子。“PD手冊”節目所有的讚助商都撤銷了廣告。12月7日，MBC暫停了“PD手冊”節目，決定不播出指控黃禹錫論文造假的後續節目。
但是在2天前，韓國生物研究信息中心的網站上出現了一個匿名帖子，標題是:“這個節目必須繼續……”指出黃禹錫2005年《科學》論文所用的一組幹細胞照片明顯是用兩張照片重複“克隆”出來的。第二天，另一個匿名帖子指出該論文還存在重複使用DNA指紋圖的問題。這些指控在網上激起了熱烈討論，隨後又在韓國傳統媒體上獲得報道。12月12日，首爾大學宣布啟動對黃禹錫的調查。MBC也播出了指控黃禹錫論文造假的後續節目。
12月29日，首爾大學調查委員會正式宣布調查結果，黃禹錫2005年論文中所稱的11個克隆幹細胞係全都是假的:其中的9個根本不存在，是重複使用2個細胞係的數據冒充的，而這2個幹細胞係並非克隆而得，而是普通的胚胎幹細胞係。2006年1月10日，調查委員會又宣布黃禹錫2004年的論文也是捏造的，不過克隆狗是真的。第二天，《科學》撤銷了黃禹錫的這兩篇論文。
1月12日，黃禹錫舉行新聞發布會，表示歉意，請求寬恕。但是他隻承認誇大了數據，否認造假，認為是MizMedi婦女醫院的研究人員調換了樣本陷害他。此前黃禹錫已宣布將辭去首爾大學教授一職，但首爾大學不許他辭職，而是在2月9日解除了黃禹錫及與造假有牽連的6名教授的職務，並在3月20日將黃禹錫開除。3月21日，韓國政府剝奪黃禹錫“最高科學家”榮譽稱號。5月12日，韓國檢察廳正式起訴黃禹錫犯有誇大學術成果騙取讚助款項、挪用研究基金、違反生命倫理三大罪名。此案還未審理完畢。目前黃禹錫擔任新成立的私人研究機構韓國水岩生物工程研究所的首席科學家，帶著他的研究團隊繼續從事動物克隆。韓國政府禁止他再從事人胚胎克隆。