曹操終於完全在東郡站穩了腳跟，接下來的目標是青州黃巾軍。青州黃巾軍號稱擁兵百萬，攻城掠地，搶劫世家豪門。青州刺史臧洪得境內世家支持率兵鎮壓，黃巾軍被迫跨地區流竄，向北進入幽州，向南攻下任城，兵鋒直指東平，兗州的安全形勢急轉直下。兗州刺史劉岱決定親率大軍，要與黃巾軍對陣廝殺，結果率軍出擊，陷入重圍，兵敗被擒，不久後被殺，成為繼韓馥之後第二個倒下的諸侯。
黃巾軍戰勝劉岱過後，直逼曹操的根據地東郡，曹操積極整軍備戰，兗州失去劉岱群龍無首，出現了權力真空。濟北相鮑信此前就一直非常賞識曹操，在他的勸說下劉岱手下的人共迎曹操為兗州牧。當時活躍在兗州地區的黃巾軍人數有數十萬之眾，甚至有些人是拖家帶口，在劉岱麵前是人多勢眾，但在曹操麵前都是烏合之眾，沒多少戰鬥力。曹操代理兗州牧之職後，與鮑信合兵攻打黃巾軍，要一舉將之蕩平。最後攻打黃巾軍的戰鬥勝利了，迫降三十萬人，不幸的是鮑信戰死，十九路諸侯已去其三。
曹操平定了兗州地區的黃巾軍後，他將投降的三十萬人中的青壯挑選出來全部收編到自己軍中，並加以精心操練，這便是史上有名的青州兵。被淘汰下來老弱婦孺安排到兗州各地屯田，這種方法早被秦鋒應用上了，隻是秦鋒收取十分之二的收益，而原創者曹操收稅五成。青州黃巾兵之前人數眾多還不堪一擊，主要是缺乏組織和嚴格訓練。曹操經過一番收編整頓，任命夏侯惇、曹仁兩人為正副統帥，青州兵迅速脫胎換骨，成為了一支戰鬥力很強的軍隊。曹操有了兗州一州之地作為地盤，又有了青州兵，糧草不缺，他漸漸脫穎而出成為一方霸主。
公孫瓚謀奪冀州不成，後又聽聞青州黃巾軍攻打渤海聚眾三十萬，欲與黑山軍會合，公孫瓚率步騎兩萬人在東光大破青州黃巾，斬首三萬餘。青州黃巾軍丟棄輜重，奔走渡河，公孫瓚半渡而擊之，再次大敗黃巾軍，死者數萬，俘虜七萬餘人，車甲財物無數，此後公孫瓚名聲大震。公孫瓚身為北平太守與幽州牧劉虞是麵和心不和，公孫瓚自持兵力強大，便放縱自己的部隊，肆意妄為掠奪百姓，而劉虞則對百姓十分仁愛，體恤民間疾苦。兩人在對待幽州北麵的少數民族問題上，公孫瓚主張武力征剿，劉虞認為征剿太過於耗費錢糧主張撫慰，他們的關係越來越惡化，越來越矛盾重重。
孫堅在討董行動中屢遭打擊，飽受冷眼，又損失大將祖茂，對各諸侯不思進取，心懷鬼胎，感到失望透頂心灰意冷。聯軍解散後他率軍返回吳郡富春老家體養，吳郡都尉許貢代替太守盛憲迎接和設宴款待孫堅及其手下一幹文武。酒席過後許貢向盛憲進讒言，汙蔑孫堅攜軍到吳郡是來者不善，建議盛憲夜間動手除去孫堅一眾人，盛憲心動，招集城中兵馬準備夜間三更行動襲擊孫堅營帳，殺死孫堅和他手下的文武幹將。丹陽人朱治時任吳郡軍司馬是孫堅舊部，忙將消息傳遞給老長官孫堅。孫堅將計就計擒殺許貢，盛憲逃走，孫堅順勢接管了吳郡兵馬，主政吳郡，也算是有了一席之地。
南陽太守袁術因不同意袁紹立漢室宗親劉虞為帝的建議，導致兩兄弟積怨翻臉反目成仇。袁紹原本想立劉虞為帝抗衡董卓，遭到曹操和劉虞本人抵製，希望得到袁術的支持，但是袁術觀漢室衰微，早已心懷異誌，不願意擁立成年的漢朝皇帝，於是托辭國無二君，另立新帝容易造成國家分裂的公義否決了袁紹的提議。袁紹非常生氣，派周昕去豫州搶地盤，袁術轉而與公孫瓚以及陶謙結盟，與袁紹相互爭霸。袁紹聯合曹操打擊袁術，袁術兵敗於匡亭，一路由雍丘退到陰陵，他率領餘部前往九江郡，殺死了揚州刺史陳溫而自領揚州牧，又兼稱徐州伯，封部將張勳、橋蕤為大將軍。同時驅逐他堂兄袁遺，致其敗走沛國，又被潰兵所殺。
豫州刺史孔伷聯軍瓦解後，不久病逝於譙縣家中。兗州刺史劉岱因糧草不濟，向東郡太守借調糧食，喬瑁推辭不予，劉岱引軍突入喬瑁營中，殺死喬瑁，盡降其眾，同時任命王肱接任其職擔當東郡太守。殺人者人恒殺之，劉岱又死手黃巾軍之手。善惡終有報，天道好輪回，莫說刑罰遠，蒼天饒過誰？
河內太守王匡、陳留太守張邈、北海太守孔融、廣陵太守張超、汝南太守張楊、西涼太守馬騰、徐州刺史陶謙回到轄地，碌碌無為，偃武息戈，飲酒弄風月，起舞論文章。