亞奧理事會第一代會徽是采用亞奧理事會會徽至2006年亞洲運動會，此會徽的設計的中間的太陽代表亞洲運動的發展及推廣。會徽上麵大部分是國際奧委會的會徽，而在下麵寫上“Ever Onward”而在會徽下麵則寫上“Olympic Council of Asia”的字樣。第二代會徽2006年12月2日在多哈亞運會舉行期間公布新會徽畫麵中央是一輪太陽，太陽上麵盤繞一條龍、下麵環繞一隻鷹代表亞洲的團結之意，並強調東方巨龍中國和鷹所代表的阿拉伯國家在亞洲體育中所起的重要作用。而在會徽的下麵有國際奧委會的會徽及“Olympic Council of Asia”的英文字樣新會徽即日開始使用，但在首個運動會使用的會徽將會是2007年亞洲室內運動會。
亞奧理事會組織機構形式是：亞奧理事會代表大會、執行局和主席。為了便於管理亞洲分成東亞、東南亞、南亞、中亞和西亞五個區。各國家或地區奧委會可派三名代表出席亞奧理事會代表大會但隻有一人有表決權，亞洲的國際奧委會委員應邀出席代表大會，無表決權。代表大會從其會員中選舉主席一人、副主席八人，任期四年，其中五名副主席分別代表五個區，第六、七、八名副主席分別由2006年亞運會的舉辦國（卡塔爾）、2007年亞冬會舉辦國（中國）和第一屆亞洲室內運動會的舉辦國（泰國）提名擔任，他們的任期到有關的運動會結束為止，主席提名秘書長和司庫各一人，報請代表大會批準，任期四年。亞奧理事會下設章程委員會、財務委員會、體育委員會、資料和信息委員會、體育醫學委員會、新聞委員會、運動員委員會和婦女與體育委員會。代表大會至少每年召開一次是亞奧理事會的最高權力機構，負責對亞奧理事會章程的製訂、修改和解釋，批準入會申請或終止某奧委會的會籍，討論和批準亞奧理事會每年度的財政預算和核算報告，選舉亞運會舉辦城市全會的決定是最終的。亞奧理事會執行局由主席、副主席、秘書長、司庫和每小組委員會的主席共23人組成，負責處理亞奧理事會的日常事務、執行局視需要而召開會議，處理理事會的工作執行局對重大問題所作出的決議須提交代表大會批準。主席對理事會一切活動負有直接責任是理事會的正式發言人、是代表理事會的法人。負責主持執行局會議和代表大會，代表理事會出席國際體育會議，為執行局或代表大會準備有關財務、行政或其他報告在預算的數額之內批準經費開支，代表亞奧理事會協調與亞洲各單項體育聯合會之間的工作第22屆亞奧理事會代表大會於2003年1月23-24日在科威特舉行