張作霖到京勸架本是一番好意，但段祺瑞過於剛愎自用，堅持要懲辦吳佩孚，甚至牽連到曹錕，下令將曹錕革職留任，並拿吳佩孚進京問罪。張作霖大怒而去，馬上倒向直係，並出兵入關，對皖係呈夾擊之勢。吳佩孚還是按照老規矩，先文戰後武戰，先通電將段祺瑞比作石敬瑭、張邦昌、吳三桂，以本次戰爭為肅清內奸之戰。之後，曹錕任吳佩孚為討逆軍總司令兼西路總指揮，攻長辛店一線。7月16日，吳佩孚身先士卒，在暴風雨中突襲了皖軍司令部，生擒皖係名將曲同豐。吳佩孚還不失君子風度，猶向曲同豐敬禮問“老師好”，因為曲同豐曾是他在武備學堂的老師，隨後解送曲同豐到保定光園。曲同豐欲向曹錕行獻刀禮，曹錕忙拱手道：“豈敢，豈敢。”仍把軍刀遞還給曲。
曹錕跟在吳佩孚後麵繼續前進，暗中告誡他要多加小心，吳佩孚說：“大帥放心，一星期動員，一星期作戰，一星期複員，沒什麼大不了的事。”果然，吳佩孚出奇計，甘犯作戰大忌，將小山炮盡數密布於第一線，以求速戰速決，結果居然一戰而定。這時奉軍也夜襲天津楊村，徐樹錚逃走，皖軍遂告瓦解，直係和奉係同時進入北京。
當時吳佩孚的民望如日中天，又有一套醫國救世的方略，張作霖極為不滿。張作霖常說：“子玉算什麼？區區師長耳。”吳佩孚則自居其功，認為張作霖是“坐觀成敗者”，揀現成便宜。因此直奉之間方一接觸就出現了情感危機。曹錕洞悉此患，馬上做出了一個重要決定，即與張作霖聯姻，將7歲之女曹士英許給了張作霖8歲之子張學思。當曹張大宴賓客時，吳佩孚落寞南下，一到洛陽便對新聞記者說：“此次戰勝，是一件痛心可恥之事！”
然而，曹錕又怎麼會冷落自己“最大的本錢”呢？不久，北洋政府以曹錕為直魯豫三省巡閱使，以吳佩孚為副，且不許辭。事實上，曹錕對吳佩孚的信任和倚重表現在更多的方麵。吳佩孚常不經請示便草簽重要的軍事任命，之後令秘書呈請曹錕蓋章，曹幾乎從不幹涉，完全的“用人不疑”。他們的關係可做一個比喻：假設本是曹錕在跟人下象棋，棋藝本不甚高超，吳佩孚在旁邊連出高招，曹連連得勝之餘，不僅不複懷疑吳的能力，甚至連棋都懶得考慮了，最終寧願做一個旁觀者。第一次直奉戰爭中，吳佩孚令董政國於24小時內奪回長辛店，不然提頭來見，結果才半天時間，已有傳令兵回來報告：“董旅長過去了。”曹錕一聽大驚，以為董已死，乃慘然看了吳佩孚一眼，正準備征詢該以誰繼任旅長的時候，那傳令官又頻頻催促：“大帥，總司令，你們也一起都過去吧！”曹錕才知是打了勝仗，不覺虎躍而起道：“子玉，我們一齊都過去了吧！”
曹吳二人之間還有一個與眾不同的地方，他們雖然是堅不可破的君臣，卻有各自的政治觀點。比如，1923年曹錕逼走黎元洪時，吳佩孚就表示了堅決的反對，而曹錕則不以為然。當然，如果必須做出一個決定的活，曹錕有著絕對的權威。比如他做總統後，吳佩孚曾經批評外交官員的任命，他命人訓斥吳佩孚讓他閉嘴，吳佩孚果然不敢再說。因此，吳佩孚是他“最大的本錢”，他卻決不是吳佩孚的“本錢”，這與他和袁世凱的關係是完全不同的。
曹吳二人還有一些相似之處。曹錕在保定有光園，吳佩孚在洛陽有光樓。“光”是為了紀念明代名將戚繼光的。戚繼光是吳佩孚的老鄉，吳佩孚字子玉，就是從戚繼光的字“佩玉”麵裏來的。那麼曹錕為什麼也要崇拜戚繼光呢？想必還是受了吳佩孚的影響。而且，以一個“光園”的虛名，安一員大將之心，也是一件大有古風的美事。後來兩人勢微了，曹錕在開封畫梅，吳佩孚在四川畫竹，曹錕經常念叨：“玉帥不能離開我，和我不能離開他一樣。他離開了我，許多事他準辦不了！”確實，曹錕渾厚無間，不遭人忌；吳佩孚棱角分明，殺傷力強。兩人寬猛相濟，長短互補，才成就了直係的一番霸業。
曹錕二三事
曹錕幼年曾在家習武，與葛沽、鹹水沽一帶的地痞流氓頭目劉得勝聯合，經常聚眾鬥毆。以後帶兵駐保定時，也好指點隨從人員練習拳棒。高興時，親自揮舞虎頭雙鉤表演一番，並津津樂道自己幼年打群架的往事，自鳴得意。
曹錕文化程度很低，但當了督軍、巡閱使後，為了附庸風雅，經常練習畫梅，也常寫一筆虎字贈人。趨炎附勢之徒對其大加吹捧，曹沾沾自喜，以文武全才自居。
《擊鼓罵曹》、《徐母罵曹》這類戲，本是戲劇界經常演出的傳統劇，曹錕任總統時，其左右為取媚曹氏，竟通知京津一帶梨園業不準演曹操戲，一時群情嘩然。人們譏笑說，“今後總統千萬別有朱、牛、楊、馬等姓的，不然豬、牛、羊，馬皆被禁殺，人們將素食了！”
曹錕任總統後，為光宗耀祖，在大沽興建曹氏家祠，限令占地內原有房屋、墳墓一律遷出。因限期短促，凡未及遷走之墳墓，均被挖掘，屍骨暴露，淩亂不堪。祠堂尚未建成，北京政變發生，曹氏垮台，村民無不額手稱慶。