在工藤新一和宮野誌保的努力下，他們成功擺脫了黑桃組織設下的陷阱，返回現實世界。在這個時空裏，他們恢複了柯南和灰原哀的身份，與阿笠博士、服部平次等好友重逢。
柯南和灰原哀向阿笠博士、服部平次等人講述了他們在過去時空的遭遇。眾人為之震驚，同時也對他們的經曆感到擔憂。
在回歸現實世界後，柯南和灰原哀決定將他們在過去時空學到的經驗應用到當前的戰鬥中。他們繼續收集有關黑桃組織的情報，努力揭示組織的真相。
在調查過程中，柯南和灰原哀發現，黑桃組織的觸手已經滲透到社會的各個領域。組織不僅在進行非法交易，還在秘密研發一種具有毀滅性力量的藥物。如果黑桃組織成功，整個世界將陷入危機。
為了阻止黑桃組織的陰謀，柯南和灰原哀聯合阿笠博士、服部平次、安室透等好友，共同製定了一個周密的計劃。他們決定主動出擊，瓦解黑桃組織的勢力，保衛世界的和平。
在柯南和他的夥伴們的努力下，黑桃組織的罪行被逐漸揭露。組織的成員一個個落網，其邪惡計劃也被成功阻止。經過一係列驚心動魄的戰鬥，柯南和他的夥伴們終於成功地摧毀了黑桃組織。
在黑桃組織被摧毀後，柯南和灰原哀回到了平靜的生活。雖然黑桃組織的威脅已經消失，但柯南知道，在這個充滿未知和挑戰的世界裏，他需要時刻保持警惕。
在柯南的生活中，涼宮綺櫻和赤井秀一的研究項目取得了突破性進展。他們的人工智能係統在醫療、教育、交通等領域的應用越來越廣泛，為社會帶來了巨大的變革。
隨著涼宮綺櫻和赤井秀一的關係越來越密切，他們開始考慮建立家庭。在親友的祝福下，涼宮綺櫻和赤井秀一終於步入了婚姻的殿堂。
在涼宮綺櫻和赤井秀一的婚禮上，柯南和阿笠博士、灰原哀等好友紛紛前來道賀。在祝福這對新人的同時，他們也為這個世界和平而歡慶。
隨著黑桃組織的瓦解，柯南的生活逐漸恢複了平靜。他繼續作為一名高中生，努力學習，積極參加課外活動。在空閑時間，柯南還會幫助毛利小五郎解決一些案件，並始終與阿笠博士、灰原哀等好友保持聯係。
在涼宮綺櫻和赤井秀一的婚後生活中，他們繼續在人工智能領域深入研究。他們的人工智能係統在醫療、教育、交通等領域的應用越來越廣泛，為社會帶來了巨大的變革。與此同時，涼宮綺櫻和赤井秀一開始考慮將他們的技術應用於家庭服務機器人領域，以期為人們的生活帶來更多便利。
在這一過程中，柯南、灰原哀和阿笠博士為涼宮綺櫻和赤井秀一提供了技術上的支持。他們共同努力，成功地研發出了一款名為“柯傑”的家庭服務機器人。這款機器人不僅具有高超的智能水平，還能協助人們完成各種家務，迅速受到了市場的歡迎。
在研發柯傑的過程中，柯南和灰原哀之間的感情也變得更加深厚。然而，由於身份和使命的不同，他們始終未能向對方表白。
一天，柯南和灰原哀在外出調查一個案件時，意外地發現了一個神秘的地下組織。這個組織似乎與黑桃組織有著某種聯係，這讓柯南和灰原哀產生了深深的擔憂。
為了調查這個神秘的地下組織，柯南和灰原哀開始了新的冒險。他們決定深入虎穴，揭示組織的秘密。在這個過程中，他們將麵臨前所未有的挑戰。