在調查神秘地下組織的過程中，柯南和灰原哀遇到了一位名為小泉紅子的神奇人物。小泉紅子是一位魔法師，她擁有預知未來和操控事物的能力。
在初次相遇時，柯南和灰原哀對小泉紅子的能力感到震驚。然而，隨著深入了解，他們發現小泉紅子其實並不是一個邪惡的魔法師，而是一個充滿正義感和同情心的人。
小泉紅子告訴柯南和灰原哀，她早已察覺到這個神秘地下組織的存在。她決定利用自己的魔法力量，與柯南和灰原哀一起揭開組織的秘密。
在調查過程中，柯南、灰原哀和小泉紅子共同麵對了許多危險。他們破解了組織設下的重重陷阱，逐漸揭露了組織的陰謀。
這個神秘地下組織的目標是尋找一種傳說中的神秘寶石，據說它可以讓人擁有控製時間的力量。組織的領導者認為，隻要擁有這種力量，他們就能統治世界。
在柯南、灰原哀和小泉紅子的共同努力下，他們成功地找到了神秘寶石的藏身之處。然而，他們也意識到，這顆寶石並非無盡的力量之源，而是會帶來難以想象的災難。
為了阻止神秘地下組織獲得寶石，柯南、灰原哀和小泉紅子決定聯手守護寶石。他們製定了一個周密的計劃，試圖阻止組織的陰謀得逞。
在前往寶石藏身之地的途中，柯南、灰原哀和小泉紅子遭遇了組織派遣的刺客。在一場激烈的戰鬥中，柯南和小泉紅子成功擊敗了刺客，但灰原哀卻不幸被組織抓捕。
為了救出灰原哀，柯南和小泉紅子不得不麵對更加嚴峻的挑戰。他們該如何擊敗神秘地下組織，救出灰原哀？在前方的道路上，還有許多懸疑案件和驚險刺激的故事等待著柯南和他的夥伴們。
在灰原哀被神秘地下組織抓捕後，柯南和小泉紅子加倍努力，試圖救出灰原哀。經過縝密的調查，他們發現組織在一個廢棄倉庫設立了秘密基地。
柯南和小泉紅子決定潛入秘密基地，救出灰原哀。在潛入過程中，他們遭遇了組織的重重守衛。在一場激戰後，柯南和小泉紅子終於抵達了關押灰原哀的牢房。
然而，當他們見到灰原哀時，卻發現她陷入了昏迷。柯南察覺到灰原哀可能是受到了組織的藥物控製，決定立即將她送醫。在離開秘密基地時，他們又遭遇了組織的首領。
組織的首領告知柯南，如果想要救灰原哀，就必須加入他們，協助他們找到神秘寶石。柯南和小泉紅子拒絕了組織的要求，並誓言要摧毀整個組織。
在成功地將灰原哀送醫後，柯南和小泉紅子再次開始了對神秘地下組織的調查。他們發現，組織不僅在尋找神秘寶石，還試圖奪取一台具有強大計算能力的超級計算機。這台計算機據說可以預測未來，幫助組織製定完美的犯罪計劃。