柯南、灰原哀和小泉紅子決定阻止組織獲得超級計算機。在阿笠博士、服部平次等好友的幫助下，他們成功地潛入了組織位於東京的總部。在總部內部，他們與組織的首領展開了最後的對決。
經過一場驚心動魄的戰鬥，柯南、灰原哀和小泉紅子成功擊敗了組織首領，摧毀了神秘地下組織。在戰鬥中，神秘寶石和超級計算機都被徹底破壞，組織的野心也隨之破滅。
隨著神秘地下組織的覆滅，柯南、灰原哀和小泉紅子的友誼變得更加深厚。他們一起度過了許多冒險，共同守護了正義與和平。
在前方的道路上，還有許多懸疑案件和驚險刺激的故事等待著柯南和他的夥伴們。
在神秘地下組織被摧毀之後，柯南、灰原哀和小泉紅子的生活逐漸恢複了平靜。然而，柯南知道，在這個充滿未知和挑戰的世界裏，他需要時刻保持警惕。
在業餘時間，柯南繼續協助毛利小五郎解決各種案件。與此同時，他開始悄悄調查一個被稱為“黑貓”的神秘人物。據傳，黑貓是一個專門盜竊珍貴藝術品的大盜，多年來一直在世界各地活動。
柯南懷疑黑貓的真實身份其實是一個他熟悉的人。在調查過程中，他逐漸將目標鎖定在了一個名為衝矢昴的人物身上。衝矢昴是一個神秘莫測的年輕人，他在幾個月前搬到了柯南所在小區的一間公寓裏。
經過一番調查，柯南發現衝矢昴似乎與黑貓有著某種聯係。然而，在進一步調查之前，柯南決定暫時按兵不動，以免打草驚蛇。
某天，柯南的班級迎來了一位新老師——白馬探。白馬探是一個聰明機智的偵探，曾在英國倫敦留學。他的出現讓柯南產生了濃厚的興趣。
在課餘時間，柯南和白馬探經常聚在一起討論案件。隨著時間的推移，他們之間產生了深厚的友誼。然而，柯南隱約覺得白馬探似乎也在暗中調查黑貓，這使他更加堅定地認為衝矢昴與黑貓有關。
在調查黑貓的過程中，柯南還注意到了一個名為“黃昏之館”的組織。這個組織似乎與黑貓也有聯係，它們的目的不得而知。為了揭露黃昏之館的秘密，柯南決定深入調查。
在前往調查黃昏之館的路上，柯南、灰原哀和小泉紅子遭遇了一個神秘的暗殺組織。這個組織似乎與黑貓、黃昏之館都有關聯。為了揭示這些組織的真相，柯南和他的夥伴們再度展開了冒險。
在前方的道路上，還有許多懸疑案件和驚險刺激的故事等待著柯南和他的夥伴們。