在調查暗影之巢的過程中，柯南和阿笠博士發現了一個驚人的事實。一直以來，APTX4869藥物的開發者並非宮野誌保，而是宮野誌保的姐姐——宮野明美。
宮野明美曾經是組織的重要成員，負責藥物研發工作。在得知組織的真實目的後，她決定逃離組織，並帶著妹妹宮野誌保一起重新開始生活。然而，組織並未放過她們。在一次行動中，宮野明美不幸身亡，而宮野誌保則下落不明。
為了尋找宮野誌保，柯南開始重新調查與APTX4869藥物有關的線索。在調查過程中，他發現APTX4869藥物其實並不是一種毒藥，而是一種尚未完成的返老還童藥。這種藥物能夠使生物體恢複青春，但同時也存在著嚴重的副作用。
在阿笠博士的幫助下，柯南對這些副作用進行了深入研究。他們發現，APTX4869藥物能夠改變生物體的身體結構，使其恢複到幼年時期。然而，這種變化並不是永久性的，隨著時間的推移，藥物的作用會逐漸減弱，最終導致生物體恢複原狀。
這一發現讓柯南陷入了沉思。他意識到，自己身體縮小的原因或許並非因為APTX4869是毒藥，而是因為藥物的副作用。換句話說，隻要找到使藥物作用永久持續的方法，他就有可能恢複原狀。
在柯南和阿笠博士的研究過程中，灰原哀一直關注著他們的進展。她決定將自己對APTX4869的了解告訴柯南，希望這對他的研究有所幫助。
灰原哀告訴柯南，APTX4869藥物的開發初衷是為了讓人類獲得永恒的生命。然而，組織在研發過程中發現了藥物的副作用，因此決定將其作為毒藥使用。灰原哀表示，雖然她自己也無法解除APTX4869的副作用，但她相信，隻要繼續努力，總有一天能夠找到解決方案。
在灰原哀揭示了APTX4869藥物研發初衷後，柯南和阿笠博士進一步深入研究，試圖找到使藥物作用永久持續的方法。與此同時，柯南繼續追蹤暗影之巢的線索，希望揭開這個神秘組織的麵紗。
在調查過程中，柯南發現暗影之巢與一個名為“銀狐”的人物有關。銀狐是一位極其神秘莫測的人物，據說他曾是組織的重要成員，但後來與組織決裂，並成為暗影之巢的領導者。
為了了解更多關於銀狐的信息，柯南開始調查他的行蹤。在一次行動中，柯南發現了銀狐的藏身之處。在一場激戰後，柯南成功逮捕了銀狐，並揭開了他的真實身份。
原來，銀狐竟然是柯南熟悉的人——赤井秀一。赤井秀一曾是FBI的探員，為了潛入組織進行調查，他偽裝成銀狐的身份。在揭示真相後，赤井秀一決定與柯南攜手合作，共同對抗暗影之巢。
在赤井秀一的幫助下，柯南對暗影之巢的調查取得了重大突破。他們發現，暗影之巢的首領實際上是宮野明美的男友，他化名為“天鵝”，暗中操控整個組織。天鵝對宮野明美的死耿耿於懷，因此決定利用暗影之巢報複社會。
在柯南和赤井秀一的共同努力下，他們成功瓦解了暗影之巢，並拯救了眾多被組織綁架的科學家。天鵝在失敗後自殺身亡，他為自己的罪行付出了代價。
雖然暗影之巢被摧毀，但柯南仍然麵臨著恢複原狀的難題。在阿笠博士、灰原哀和赤井秀一的幫助下，柯南繼續尋找破解APTX4869副作用的方法。