情報活動不是單個人的活動，而是一種有組織的活動。這種組織稱為情報機構。它是情報活動的組織者和實施者。一個國家通常會有若幹情報機構，它們構成了一個情報體係。情報體係是“為國家安全和軍隊行動提供情報保障的相關單位組成的係統。是國防體係的重要組成部分。由情報工作領導機構、偵察情報力量和其他情報渠道構成”。一個國家的情報體係的建設，與國家的政治製度、國家對外戰略、國家經濟與科技水平、軍隊編製體製、軍事活動和情報工作的共同要求相關。
第二次世界大戰前，世界各國普遍設立了常設性的軍事情報體係，但受傳統戰略思想的影響，這種軍事情報體係局限較大。軍事情報成為情報的代名詞，基本缺乏國家情報機構和國防情報機構，隻有軍種情報機構，情報機構之間缺乏協調，等等。這種情報體係反映了當時情報工作的整體水平。
第二次世界大戰期間日本的情報體係始建於明治維新時期。它由三部分組成：軍事情報機構、政府情報機構、民間情報機構。其中，軍事情報機構占有主要地位，各情報機構之間在某個時段、某些具體問題上存在一定程度的協作關係，但總體而言，這種協作僅停留在非常簡單的層次上。日本情報係統內無法建立起能夠整合各情報機構的中央情報機構，各機構間沒有實現情報上的共享。因此，第二次世界大戰時期日本的情報體係，並不是一個有機的整體，而隻是各個情報機構的集合體。
第一節戰時日本軍事情報機構
日本的軍事情報機構設置齊全，人員眾多，擔負著日本情報工作的主要任務，是最受決策層青睞的情報部門。它由陸軍參謀本部第二部、海軍軍令部第三部、憲兵隊以及以關東軍情報部為代表的方麵軍情報部組成。其中，參謀本部第二部、軍令部第三部是軍隊情報機構的中樞，但其對下屬情報力量並無統轄權。更重要的是，由於日本陸海軍無法形成一個統一的戰略，軍事情報機構之間缺乏合作，無法發揮出最大的情報效能。
一、陸軍參謀本部第二部和海軍軍令部第三部
日本在明治維新後全麵改革軍事製度，1886年設立統轄陸海軍的參謀本部，參謀本部內分設陸軍、海軍兩個部。1893年撤銷參謀本部，把原參謀本部內的陸軍部改組為陸軍參謀本部，把原參謀本部內的海軍部改組為海軍軍令部，陸軍參謀本部和海軍軍令部內分設獨立的情報部。
陸軍參謀本部第二部是日本陸軍的軍事情報機構，它不僅搜集陸軍作戰所需要的情報，還為整個日本的軍隊及日本政府部門提供軍事、政治、經濟、科技等方麵的情報。第二部內設有俄法意德課、美英課、中國課、謀略課。謀略課內分設謀略班、情報編研班、宣傳班，主要任務包括派遣間諜、收買特務、造謠煽動、挑撥離間、製造事端、綁架暗殺、策動政變、製造分裂、扶植傀儡建立偽政權等等。
海軍在1884年設立諜報課，比美國海軍設立情報科晚了兩年。明治時期，海軍軍令部第三部負責情報工作。它的主要業務是詳細研究外國軍事體製、航線地理政誌，調查外國情報。第一課為歐美情報，第二課為鄰邦情報、航線地理政誌。
“九?一八”事變後，日本占領了中國東北，一手炮製了“滿洲國”，與中國和美國的關係驟然緊張，軍令部三部也隨之進行了調整，增設了“部長直屬”，負責情報計劃和情報綜合，同時編有四個課（第五、第六、第七、第八課）。這次機構調整，使得美洲、中國以及“滿洲國”均分別由單獨的課進行主管。太平洋戰爭爆發後，軍令三部基本上保持著中日戰爭以來的薄弱狀況，本應加強的對美情報機構（第五課）並沒有得到實際上的加強，連缺員也沒有補上，而且整個戰爭期間始終沒有得到改善。