話說宇文化及占住後妃，他又答應了蕭後的請求，托稱奉皇後命令，立秦王楊浩為帝，草草把煬帝收殮入棺，安置在西院流珠堂。此外被殺各人都埋在荒郊野外。秦王楊浩坐在正殿，朝見百官，隨後又遷居到尚書省，有十幾個衛兵監守著，差不多和罪犯一樣。國家大事全都由宇文化及兄弟專斷，所有的文件隻是派人送到尚書省，逼迫楊浩蓋上大印了事，百官也見不到楊浩。宇文化及如同煬帝生前一般，縱情逞欲一個多月後，才和眾人商議，打算返回長安，宇文化及任命左武衛將軍陳棱為江都太守，留下處理後事。
出發時，後宮六院按照舊式設立營帳，宇文化及在隊伍中坐鎮。登程時，文武百官沒有船坐，他們就搶奪江都百姓的船隻，然後走水路，取道彭城，向西行進。到了顯福宮，虎賁郎將麥孟才、虎牙郎錢傑以及折衝郎將沈光打算乘夜偷襲，暗殺宇文化及，為煬帝報仇，不料事情泄露，被司馬德戡率兵圍住，一律殺死。宇文化及等人到達彭城時，水路不通，便派官軍奪取百姓的牛車兩千輛，用來裝載宮人和珍寶，所有兵器、甲仗則讓兵士們背著。因為路途遙遠，行走疲憊，兵士們大多有了怨言，就連司馬德戡、趙行樞等人也心生悔意，想殺死宇文化及。這事偏偏又被宇文化及得知，他派宇文士及誘騙司馬德戡、趙行樞等人到帳中，一並殺死。隨後，他又帶領部眾向鞏洛進發，途中被李密率軍阻截，不能西進。於是他們暫時向東郡進發，等兵馬稍作休整後，再來和李密交戰。
唐王李淵本想襲取東都後再稱帝，恰好李建成和李世民都從東都回來，勸說李淵稱帝，號召天下，李淵才自封相國，掌管百官。過了幾天，群僚再三勸進，因此李淵便逼迫隋帝楊侑禪位，自己公然登位稱帝。李淵改義寧二年為武德元年，封廢帝楊侑為酅國公，追諡太上皇為煬帝，仍然選用部分楊氏宗族，量才封官。李淵此舉總算和前朝篡國的主子稍有些不同，如果要正名立論，最終也難免一個“篡”字。
那東都留守的各官聽到煬帝被殺的凶耗後，又接到關中警信，於是推舉越王楊侗繼承皇位，改年號為皇泰，進封段達、王世充為納言，元文都為內史令，共同掌管朝政。這時，聽到宇文化及率眾西來，東都的百姓都驚訝不已。有一個叫蓋琮的人上書，奏請招諭李密，合力抗擊宇文化及，元文都等人都認為此計甚好，立即授封蓋琮為通直散騎常侍，送詔書給李密。李密攻打東都很多天了，正擔心王世充和宇文化及左右夾攻，便樂得將計就計，寫信乞求歸降，願意討伐宇文化及來贖罪。皇泰主冊封李密為太尉，兼魏國公，命他先去平定宇文化及，然後再入朝輔政。李密便和王世充停兵息戰，專門對付宇文化及。
王世充領眾進入東都，正好看到元文都等人在東門上飲酒作樂。王世充憤然說道：“你們都以為李密可以相信嗎？李密正擔心被圍攻，假意投降，怎麼會真心相待呢？況且朝廷的官爵輕易授給賊人，你們不以為恥，反倒在此飲酒作樂，自以為很得意嗎？諸位到底是怎麼想的！”元文都雖然沒有與他爭辯，但心中很是不滿，從此和王世充有了嫌隙。後來李密接連傳來捷報，說已將宇文化及殺退，東都官僚都互相稱賀道喜，隻有王世充對部下說道：“元文都等人都是執筆的文人，不知道叛賊情況，將來必定會被李密所擒。況且我軍多次和李密交戰，殺傷不可勝數，李密如果入都輔政，必定會報複，我等將無處容身了。”王世充這一席話，明明是挑動部下來反抗朝廷。元文都非常著急，急忙和段達密議，想趁王世充入朝時，埋伏衛兵除掉他。偏偏段達將這事轉告王世充，於是王世充率兵夜襲含嘉門。元文都聽到消息，護著皇泰主駕臨乾陽殿，派兵去抗擊王世充。王世充奮勇殺入，無人敢擋，直接殺到紫微宮門。皇泰主派人登樓觀望，問王世充為何要興兵叛變？王世充下馬拜謝，並說道：“元文都私通外寇，請先殺死元文都，然後再殺掉臣。”皇泰主聽人回報，猶豫未決。恰巧段達進來，對著將軍黃桃樹使眼色，把元文都拿下。元文都對皇泰主說道：“臣今朝一死，恐怕陛下也不能自保了。”皇泰主無法調停，隻能垂淚相送。元文都一出宮門，就被王世充的部下亂刀砍死。王世充進入殿中，拜見皇泰主，皇泰主悵然說道：“你沒有聽到奏報就擅自誅殺，這是做臣子的行為嗎？將軍仗著勇猛強健，難道是想殺死我嗎？”王世充跪伏在地哭著說道：“元文都包藏禍心，想勾結李密一同危害社稷，臣不得已才殺死他。臣受先帝隆恩，絕不敢辜負陛下，如果有異心，天地為證，將夷滅臣全族。”皇泰主信以為真，便封王世充為左仆射，掌督內外軍事。王世充又殺死元文都的黨羽，令他的兄弟獨攬大權，皇泰主隻是拱手聽命罷了。