李密追擊宇文化及到魏縣，隨後又領兵返回東都，走到溫縣才聽說東都有變，便駐軍金墉城。這時東都遭遇大饑荒，流民都出都尋找食物，李密打開洛口倉賑濟難民，乘機收降了很多人。王世充假意與李密議和，願意用布換米。李密軍中多米少衣，便答應和他交易，於是東都百姓得到糧食後，沒有人再去往奔李密。李密這才知道中了王世充的奸計，便不再和他交往接觸。哪知王世充已經挑選精銳前來攻打李密。李密留下王伯當駐守金墉城，邴元真駐守洛口，自己率兵去抵禦王世充。王世充夜裏派遣輕騎潛入北山，埋伏在溪穀中。王世充又命令軍士厲兵秣馬，枕戈待旦，等天一亮就立即出發。李密有些藐視王世充，沒有設壁壘防備，被王世充率軍殺入，頓時隊伍大亂。再加上北山上的伏兵，從高處奔馳而下，銳不可當，李密軍隊大敗，逃回洛口。那時，洛口的邴元真已經投降王世充，緊閉城門不讓李密入內。李密隻好奔往虎牢關，王伯當也舍棄金墉城，來與李密商議行軍策略。李密決定入關，去投降唐朝，當時與李密同行的隻有王伯當一人，其他將領都投到王世充旗下。唐朝授封李密為光祿卿，賜爵邢國公，李密還是不滿足，後來又和王伯當叛變唐朝，最終被唐行軍總管盛彥卿所殺，王伯當也死了。隻有徐世勣曾被李密派去鎮守黎陽，不久後接到唐朝詔諭，賜姓李氏，得以免死。
李淵因為河東沒有攻下，曾派刺史韋義節前去攻打，還是攻不下來，於是再派遣華州刺史趙慈景和工部尚書獨孤懷恩去攻打。獨孤懷恩到達蒲阪時，沒有防備，被河東守將堯君素發兵偷襲，獨孤懷恩兵敗逃走，趙慈景挺身斷後，奮力拚殺，終因力竭被擒，斬首在城外。
趙慈景娶了李淵的女兒桂陽公主，李淵聽說女婿戰死，悲痛不已，桂陽公主更是哭得像個淚人，她極力請求父親出兵為丈夫報仇。李淵勸她回到家中守喪，又促令獨孤懷恩進攻河東，並且查到堯君素的妻室還在長安，特地派人將他的妻子抓住，押送到河東城下，讓她招堯君素投降。堯君素憤怒地說道：“天下臣子的名聲和節氣，豈是你等婦女所能知曉的？”說到這裏，他竟彎弓搭箭，將妻子射倒，又宣令部眾死守城池，誓不投降。後來河東糧食告罄，守兵驚慌，堯君素的部下薛宗竟然暗中刺死堯君素，並砍下他的首級出城投降。偏偏別將王行本又登城拒守，趁著獨孤懷恩沒有防備，率眾出擊，殺退獨孤懷恩。
隨後，王行本又從別處運來糧食，接濟城中的士卒。唐廷責備獨孤懷恩，懷恩懷恨在心，反而與王行本聯絡，商議歸附劉武周，後來經唐廷察覺，立即將獨孤懷恩調回治罪，另派遣將軍秦武通去攻打，才將河東給拿下，斬獲王行本，但這次整整花了兩年多的時間。
這兩年內，四方群雄競起，那宇文化及退到魏縣後，兵勢日漸衰弱，便埋怨宇文智及無故發動兵變，讓自己背負了一個弑君的惡名。宇文智及不服，於是兄弟倆發生了內訌，宇文化及自此也是眾叛親離。
宇文化及歎息地說道：“人生總有一死，隻要能當一日皇帝，死也甘心。”他毒殺了秦王楊浩，自己稱為許帝。才過半年，宇文化及就被唐淮南王李神通擊破，逃往聊城。恰巧竇建德率眾殺來，宇文化及等人抵擋不住，活生生被他擒住。這竇建德還算懂得臣子之禮，對著蕭後拱手稱臣，不敢褻瀆怠慢。隨後，他又命人為煬帝立了神位，素服發喪，把宇文智及等人全部斬首，祭奠煬帝。唯獨將宇文化及押送到樂壽，斬首示眾。竇建德並不好色，因此將隋家妃妾全部遣散，隻有蕭後無處安頓，令她安居在別室。後來突厥可賀敦義成公主派使來迎接蕭後，才送她出塞。還有煬帝的幼孫楊政道是齊王楊暠的遺腹子，也跟隨蕭後奔赴突厥。突厥立楊政道為隋主，令他與蕭後一同居住在定襄，蕭後方安心住下了。
王世充掌握東都後，漸漸地驕恣蠻橫起來，一會兒自封太尉、尚書令，一會兒又自稱鄭王，加九錫之禮。後來他又背棄前言，竟將皇泰主廢去，自己做了皇帝，國號為鄭。不到一個月，王世充又派人毒殺皇泰主。皇泰主臨死前說道：“願自今以後，不再生於帝王家。”於是，他取來毒酒一飲而盡，可是短時間內並沒有斷氣，最後被人用布帛勒死。至此，楊氏一族基本上死了個精光。唐朝諡封楊侑為恭帝，王世充也諡封楊侗為恭帝。《隋書》帝紀中，隻記錄了恭帝楊侑，而沒有記錄楊侗，這本書是唐臣書寫的，所以不免有些徇私。其實楊侑被廢後，楊侗才得以繼位，就隋論隋，卻也是一脈相承，楊侗也應該是隋朝皇帝之一。隋朝自文帝篡周開始，共經曆四位皇帝，總計在位三十七年。隋史自此告終，南北史也就此收場。正是：
南北紛爭二百年，隋家崛起始安全；
如何驟出淫昏主，破碎江山又蕩然。
六朝金粉盡成空，殿血模糊尚帶紅；
漫道帝王真個貴，誰家全始得全終？