元將張弘範攻破厓山，大擺酒席，並邀請文天祥入座，對他說：“南宋已亡，丞相忠孝已盡，如果能把對南宋的誠心用在我大元，怎麼也能做個太平宰相吧！”文天祥哭著說：“國家滅亡不能救，做人臣的死有餘辜，怎麼能投降呢！文天祥不敢答應！”張弘範很佩服他的忠義，派使者把他送到燕京，然後立即撤回兵馬。
有一個西域僧人楊璉真珈，曾經在江南傳教，現在借著元兵的勢力到處奸淫婦女，並發掘宋朝王公大臣的墳墓共一百餘座，把裏麵的金銀財寶全部掠走。他還想將各個陵墓裏的屍骨和牛馬枯骼聚在一堆，作為鎮南浮屠塔。幸好會稽人唐玨不忍看到這種慘狀，借來一百兩白銀，暗中召集當地惡少飲酒，席間哭著說：“你我都是宋人，怎麼能眼巴巴看著皇族的屍骨暴露荒野呢？我打算偷出陵骨，換成別的骨頭，還望各位助我一臂之力！”這群惡少當場答應，夜間偷偷取出陵骨，交給唐玨。唐玨造了六具石棺，做上記號，葬在蘭亭山後。又移栽上故宮的冬青樹作為標誌，後人才知道宋帝遺骸葬在蘭亭山。
張弘範撤軍後，不久就病死了。元朝其他的開國功臣因為身經百戰，也大多體弱多病，相繼謝世了。還有一位賢德皇後弘吉剌氏，在滅宋兩年後，抱病而終。弘吉剌氏是德薛禪的孫女，父親名叫按陳，從前太祖太後孛兒帖和按陳是姐弟。元太宗時，曾封按陳為國舅，加封王爵，讓他統領弘吉剌部，並且約定他家此後生女孩就當皇後，生男孩就娶公主，世世代代不變。所以元代的皇後大多出自弘吉剌部。
世祖皇後天性聰敏，知書達理。宋帝趙?被押到燕京，宮廷的人全來祝賀，隻有皇後沒到，元世祖問：“我如今平定江南，從此不用再動軍隊，大家都很高興，你為什麼不高興呢？”皇後下跪說：“從古至今，沒有千年不敗的國家，我的子孫如果能幸免，才是可喜可賀的！”元世祖默然。他又把南宋珍寶堆積在殿上讓皇後看，皇後看了一眼就轉身離開了。元世祖問皇後想要什麼，皇後回答說：“宋祖多年的積蓄留給子孫，子孫卻不能守住，被我朝所占有，叫我怎麼忍心私自占有呢？”當時宋太後全氏也被帶到燕京，水土不服，皇後替她求情，請求把她送回江南。元世祖不同意，並說：“你這是婦人之見，如果現今送她回江南，難免她不會起叛逆之心，倒不如留她在這裏，休養晚年。”皇後聽完，格外厚待全太後。此外皇後還婉言進諫，隨時糾正元世祖的弊政。
自皇後死後，繼皇後是故後的侄女，也是弘吉剌氏，雖然史家也讚賞她賢德，究竟還是趕不上故後。因元世祖年邁，打理朝政已經有心無力了。他對繼皇後的喜愛也比不上從前對故後，所以偶爾會去民間挑選美女，他經常到上都遊幸，找借口避暑，其實都是去縱情聲色，尋歡作樂。上都就是開平府，世祖稱燕京為中都，稱開平為上都。上都裏麵有以前的妃嬪等人，沒有南遷。蒙古以往的陋俗，做小弟的可以收留哥哥的妻子，做兒子的可以納娶父妾的妾，淫會苟合、換妻搶婦的事情也是屢見不鮮。魯男子看見前朝的妃嬪多半年輕守寡，鬱鬱寡歡，也樂得陪伴她們，做一個風流天子。這些妃嬪們見主子多情，就順水推舟了。元世祖都這般好色，更別說皇親國戚中的不肖之徒了，民間有奸淫等事情，衙門也不願過問。傳說，春節和元宵節期間，官府更是放縱百姓為所欲為，因此元朝的淫亂風氣是古來未見的。
一般好色的人大多也貪財。元世祖在位三年，任用回人阿合馬專門管理財政。阿合馬絞盡腦汁，想出了兩條加稅的計策：一條是增加冶鐵稅；一條是增收鹽稅。從前，河南鈞、徐等州都有鐵礦，官吏將鐵的產量作為稅額標準。阿合馬大興鐵礦，征召三千民工，日夜開采冶煉，每年的鐵產量一定要達到一百三萬七十斤，不準少。冶鐵的民工完不成任務，必須想辦法照數補足，這叫作整頓鐵冶。河東有很多鹽池，有人私自販鹽，價格比官鹽便宜，導致官鹽滯銷，稅收不足，每年隻有七千五百兩。阿合馬提出每年增加五千兩，不管各路人等都要交鹽稅，這叫作增加鹽課。
元世祖認為阿合馬有能力，提升他為平章政事。阿合馬得勢更加驕橫，竟要罷免禦史台以及諸道提刑官，幸虧廉希憲當麵在朝廷爭執，才沒有實施。後來，阿合馬又增設江南財稅官、榷茶運司、轉運鹽使司、宣課提舉司，多達五百餘人，大半是他的爪牙。他的兒子和侄子不是做參政，就是做尚書。這些都被崔斌看在眼裏，他心中多有不服，就參了阿合馬一本，說他亂設官職，禍害百姓，一家人都在要職，有失公道。元世祖雖稍加采納，裁掉了一些多餘的官吏，卻始終寵信阿合馬，沒有降他的罪。後來反把崔斌降為江淮行省左丞，阿合馬趁機報複，派人清算江淮銀錢和糧穀，誣陷崔斌、阿裏伯和燕鐵木兒私自勾結，盜取官糧四十萬，並擅自命官八百餘員，請求派人調查治罪。元世祖準奏，派都事劉正去查辦，結果卻查無實證。參政張澍等人奉旨再查，這些人迎合阿合馬，竟將崔斌等人誣陷下獄，判成死刑。