為了使第九科的地位合法化，上任後，菲爾比向局長孟席斯建議，必須由自己起草一份工作章程，由局長來簽發。菲爾比起草的章程明確提出，授權新任科長菲爾比在局長的領導下，負責搜集和解釋來自英國本土以外的世界各地所有關於蘇聯和共產黨人的間諜與顛覆活動的情報，同時還規定自己要同軍情五處保持最密切的聯係，相互交換有關方麵的情報。
幾天以後，這份別有用心的工作章程就以正式公文的形式，由局長孟席斯簽發後頒發到各個處室，從而為菲爾比公開地搜集情報亮起了一路綠燈。至此，菲爾比終於達到他的目的。考吉爾已經自行辭職離去了，從此再也沒有像考吉爾那樣的人來阻攔他的行動了。
在菲爾比的指導和建議下，不到一年的時間，第五科和第九科便合並為第九科，菲爾比理所當然地成為第九科的領導人。從1940年開始，菲爾比就一步一步地接近英國秘密情報局的核心了。
在科裏的幹部和房子配備齊全之後，菲爾比就開始做真正的情報工作。在菲爾比任職期間，沒有一項針對蘇聯情報機關的預謀行動產生過效果，而這對菲爾比來說並非好事。就他的工作而言，一方麵要保護蘇聯人的利益，一方麵還得在英國人麵前進行很好的掩飾，如果沒有作為或者成就太少，那麼對他的潛伏是極為不利的。幸運的是當時經常會有蘇聯情報機關的人員叛逃過來，而這些人正是由菲爾比親自審核，這就可以讓菲爾比利用這些叛逃人員來做文章。
然而，不久後發生的“伏爾科夫事件”差點斷送了菲爾比的遠大前程。
1945年8月的一天早晨，菲爾比像平時一樣上班，在自己的辦公室裏還沒有坐穩，局長就把他叫了去，遞過一遝文件給他看。文件的第一頁是英國駐土耳其大使館給英國外交部的一份簡函，要求部裏注意所附材料並給予指示。
那些附件是英國大使館和總領事館內傳閱過的一些記錄稿，裏麵提到有一位名叫康斯坦丁·伏爾科夫的人曾向英國總領事館的副領事佩奇先生提出，要求允許他和他妻子到英國政治避難。這個伏爾科夫當時是蘇聯駐伊斯坦布爾總領事館的一位副領事，實際上是蘇聯內務人民委員會的官員。伏爾科夫答應詳細揭露蘇聯內務人民委員會總部的情況，並詳細提供蘇聯在國外工作的間諜網和情報員的材料。他特別聲稱，他知道在英國工作的三個蘇聯情報人員的真實姓名：兩個在英國外交部工作，另一個是英國倫敦反間諜機構的負責人。
伏爾科夫在提出了自己的“貨單”之後，還強烈要求不能用電報向倫敦報告他的事情，因為蘇聯人已破譯了英國的各種密碼。英國駐伊斯坦布爾大使館按照伏爾科夫的要求，用郵袋把那些材料安全而緩慢地寄回了倫敦。在伏爾科夫同佩奇接洽後的一個星期內，隻有一些重要人物才能看到這份材料。
毫無疑問，菲爾比也是“重要人物”之一。當他看到這份材料時大吃一驚。
為了使思維能冷靜下來，菲爾比當時故意目不轉睛地盯著文件。他本來想對局長孟席斯說，要當心這是伏爾科夫在挑撥離間，但是他馬上放棄了這個念頭。因為他知道那種提法此時好像並沒有什麼用處，在日後說不定還會危及自己。現在唯一的辦法隻能是大膽地正視現實。
於是在沉默了幾分鍾後，菲爾比對局長孟席斯說：“我們遇到了極為重要的問題。我希望有點時間來進行深入的研究，根據情況提出適當的行動措施。”
局長孟席斯同意了他的意見。他要求菲爾比第二天一早就向他報告，同時還嚴格限製隻許由菲爾比自己保管這些材料。
菲爾比把材料帶回了自己的辦公室，並告訴他的秘書，除非是局長親自召見，否則不允許任何人打攪他。他很想獨自待一會兒。
當時讓菲爾比相當有把握的是，到這時為止，秘密情報局還從來沒有人聽說過伏爾科夫的事。可能是為了提高自己的身價，伏爾科夫用含糊的詞句編造他的“貨單”，有意不提供可直接調查的線索。這一點使菲爾比信心倍增。
一係列問題需要菲爾比立即做出決定。那就是一旦外交部做出決定，所有的行動都會交給他們在伊斯坦布爾的人去做。菲爾比不可能用緩慢的郵袋來指導他們每天甚至每小時的行動。事態一旦控製不住，其後果將不堪設想。
因此，菲爾比越想越覺得自己完全有必要親自到伊斯坦布爾去安排下一步的行動。這個行動本身其實很簡單——隻是去見見那個伏爾科夫，讓他和他的妻子住到英國人為他們在伊斯坦布爾準備的一個秘密去處，然後不管能不能得到土耳其人的許可，都要把伏爾科夫偷偷帶到埃及的英國占領區去。
第二天早上一到辦公室，菲爾比就向局長孟席斯報告說，他們的檔案裏雖然有好幾個叫伏爾科夫的人，但沒有一個與伊斯坦布爾的那個人的情況相似。據他的看法，這個案子可能是很重要。在談到利用郵袋聯係太耽誤時間時，菲爾比故意有些猶豫不決地說：“應該把案情向某個人詳細交代清楚，派他到現場去處理這個案子，而不是像這樣用郵袋聯係。”
“我自己也正是這樣想的。”局長孟席斯回答說。
菲爾比一聽，馬上產生了希望，認為局長會派自己到伊斯坦布爾去接管這個案子。但是，孟席斯的一番話，很快就讓他的希望破滅了。
孟席斯說，昨天晚上在俱樂部裏，他碰到了軍情五處駐開羅負責遠東地區保安情報事務的道格拉斯·羅伯茨準將。羅伯茨說他回國的假期就要滿了。局長對這個人的印象很好，他打算要求軍情五處直接把羅伯茨派到伊斯坦布爾去負責伏爾科夫的案子。
對局長的這項提議，菲爾比無法反對。雖然他對羅伯茨的能力評價並不高，但他有一切名義上的資格來擔任這項工作。據他所知，羅伯茨是一個有資曆的軍官，他的準將製服無疑會使伏爾科夫敬畏；羅伯茨了解這個地區的情況，並同土耳其的秘密機構合作過；尤其是羅伯茨能操一口流利的俄語，這又是一個不可否認的有利條件。
在失望之餘，菲爾比還同局長全麵研究了這個案子的其他方麵的情況，特別是他們的行動計劃還要得到外交部同意的問題。當他告別時，局長孟席斯要他當天下午等著他，因為上午他還要去找局裏外交部的那位官員和羅伯茨將軍，聽聽他們的意見。
在午休期間，菲爾比一直在為昨晚局長同羅伯茨相遇的事而抱怨自己的運氣不好。現在他也沒有更好的辦法，隻好靜觀事態的發展了。下午一回到辦公室，就聽說孟席斯正等著召見他。孟席斯一副一籌莫展的樣子，一見麵就說，雖然羅伯茨無疑像別人一樣勇敢，但他似乎有克服不了的毛病，就是怕坐飛機，他已經安排好下周從利物浦乘客輪回去，甚至連局長和外交部的官員都沒辦法使他改變計劃。於是，菲爾比與局長孟席斯的談話又回到了原點，隻好又接著昨天上午談過的情況談起。
菲爾比直截了當地對孟席斯說：“鑒於準將的困難，我隻好建議由我替代他去。因為我要向我的副手交代重要的工作並不需要多長的時間，隻要把必要的出入境手續辦妥就可以動身。”
局長孟席斯欣然同意了他的意見。接著，他們一起到外交部要了一封給伊斯坦布爾的英國大使的介紹信，要他提供一切方便，幫助完成任務。
從等待伊斯坦布爾簽發證件到登上經開羅飛往伊斯坦布爾的飛機，共拖延了整整3天時間，在此期間，菲爾比除了準備一些備用密碼外，更多的精力是用來考慮他未來在伊斯坦布爾的工作。
外交部已答應由英國總領事館的副領事佩奇幫助菲爾比同伏爾科夫重新建立聯係，並安排見麵。同伏爾科夫見麵時，將由大使館的一等秘書作陪同和翻譯。這位使館秘書曾在莫斯科工作過多年，俄語水平是絕對沒問題的。對菲爾比來說，關鍵的問題是由於使館秘書在場，如果伏爾科夫真的滔滔不絕地講出在英國政府機構中蘇聯情報人員的姓名時，使館秘書將會大吃一驚。菲爾比要做的事是設法使使館秘書不要泄露談話內容。但怎樣才能做到這點呢？
菲爾比決定首先要做的是穩住使館秘書，讓他知道自己沒有權力同伏爾科夫詳談他的情報；如果在伏爾科夫安全到達英國領土之前過早地揭發那肯定是危險的，而他到伊斯坦布爾的任務，就是要用一切辦法阻止伏爾科夫談這方麵的情況，把他弄到安全的地方去，然後再由勝任這種工作的人來審問他。如果伏爾科夫真的會透露出什麼驚人的情報來，菲爾比就暗示伏爾科夫是一個地地道道的奸細，並警告秘書如果在還沒能對情報真實性做出評價之前，就把它散布出去是極為不幸的。
除此之外，再也沒有什麼更好的辦法了。
由於遇上了雷暴雨，飛機不能正常飛行，菲爾比第三天才到達伊斯坦布爾；又由於英國外交部和秘密情報局互相拆台，又過了三天，菲爾比才開始討論伏爾科夫的事情。
那天晚上，菲爾比同英國秘密情報局駐伊斯坦布爾情報站負責人麥克雷詳細地討論了進行這次行動的計劃。他們交換了偷偷帶走伏爾科夫的好幾個方案，但最後還是沒有確定下來。看來很清楚，在同伏爾科夫談話之前，很難決定哪個方案最好，主要還得看他自己的情況和具體條件。菲爾比決定，第一步就是要同伏爾科夫取得聯係。
顯然，他們最理想的聯係媒介是總領事館的佩奇，因為伏爾科夫最先是由他聯係的。於是第二天一清早，麥克雷就把佩奇請到他的辦公室，由菲爾比詳細地向他作了必要的說明，希望他當天下午某個時候在絕對秘密的情況下替菲爾比約見伏爾科夫。菲爾比之所以選擇下午，是因為他還要留些時間給使館秘書作一番“說明”。接著，他們研究了好幾個可以見麵的地方，但最後選定的是一個最省事最安全的地方——佩奇的辦公室。因為佩奇同伏爾科夫有日常的領事事務來往，但是，當佩奇拿起話筒給蘇聯總領事館打電話，說是要找伏爾科夫時，回話的是一個男人模模糊糊的聲音。
菲爾比雖搞不清他斷斷續續地說了些什麼，但他從佩奇那迷惑的麵部表情知道準是出了什麼事。佩奇掛斷電話，向菲爾比搖了搖頭。
“他不能來嗎？”菲爾比問。
“真怪，真是想不到的怪事。”佩奇回答說，“我找的是伏爾科夫，來接電話的人說他就是伏爾科夫。但他哪裏是伏爾科夫呀！我對他的聲音很熟悉，我已經同他談過幾十次話了。”
佩奇又試掛了一次，但這次接線員說他不在。佩奇氣憤地說：“一分鍾前他還在呢！”
他們麵麵相覷，三人誰也說不出話來。最後還是菲爾比開了口：“可能是蘇聯總領事館出了什麼事，最好明天我們再試著碰一下運氣。”
菲爾比開始強烈地感覺到，一定是在什麼地方發生了重大事情。
第二天上午，菲爾比、麥克雷和佩奇再次見麵，由佩奇給蘇聯總領事館掛電話。他先是聽到電話機裏一個婦女微弱的聲音，隨即便是一聲很尖銳的哢嗒聲，佩奇呆呆地望著手裏沒有聲響的話筒說：“你是怎麼搞的，我要的是伏爾科夫。”
“伏爾科夫在莫斯科。”接線女郎說，接著便是一陣混亂和“砰”的一聲，電話掛斷了。佩奇仍不甘心，決心非把此事搞個水落石出不可，他親自去找蘇聯人。不到一個小時，他就從英國領事館回來了，樣子顯得迷惑、氣憤和沮喪。
“真糟糕，”他向菲爾比彙報說，“在那個瘋人院裏我什麼也沒打聽到。居然沒有人聽說過伏爾科夫！”
聽到這個情況，隻有菲爾比清楚究竟是發生了什麼事。菲爾比非常高興，因為他知道莫斯科已經把伏爾科夫解決掉了。
原來，菲爾比得知事情的第一時間就與他蘇聯方麵的聯係人克羅托夫會麵了，當天克羅托夫就致電莫斯科報告了這件事情。五天後，伏爾科夫被強行送回了莫斯科，之後伏爾科夫就消失了。
讓菲爾比擔心了好幾個星期的“伏爾科夫事件”，就這樣徹底了結了。在回國途中，菲爾比草擬了一份給局長孟席斯的報告，把這次任務的失敗歸咎於那“該死的郵袋聯係”。孟席斯並沒有說什麼，此時他徹底信任了這個為克格勃服務的第九科科長。從此，菲爾比就成了秘密情報局長孟席斯最得寵的心腹之一。
一年後，由於孟席斯的提名，菲爾比以英國駐伊斯坦布爾大使館一等秘書的身份前往伊斯坦布爾，其實是擔任英國秘密情報局土耳其情報站站長。在伊斯坦布爾待了兩年之後，他又接到了倫敦的指示，要他到美國去任職，擔任英國秘密情報局在美國的最高負責人，具體任務是“與中央情報局和聯邦調查局進行聯絡，辦理由截收電報引起的種種案子”。
這項命令對菲爾比充滿極大的誘惑力，他可以因此仔細地了解美國情報機構的情況。但是，臨行前反間諜方麵的情況介紹和指示使他深感不安。這是由一個難以對付的反間諜老手跟他談的，其中談到了一個十分重要的消息是，英美聯合對蘇聯在美國情報活動進行的調查發現，多起美國重要機構的泄密事件，大部分都是蘇聯人幹的，其中最重大的一起事件是英國駐華盛頓大使館1944年和1945年的兩次泄密。
1949年，菲爾比被英國政府派往華盛頓，任秘密情報局駐美代表，成為英美情報交流係統的首腦人物。這個職位有大使和情報官的雙重職能，是一種非常重要的工作，這說明菲爾比已經受到了特別的信任，成了秘密情報局中舉足輕重的人物。菲爾比到美國後同美國中央情報局往來密切，工作很有起色，甚至連羅斯福、丘吉爾、杜魯門等人都曾給予他高度評價。與此同時，大批情報被菲爾比源源不斷地送往蘇聯。