兩國情報部門間的溝通並非十分通暢。1943年，聯邦調查局局長埃德加·胡佛寄給軍情五處負責人戴維·彼得裏一封信。這封信顯然沒有考慮到英國國家機密的問題，因為上麵清清楚楚地寫著“英國倫敦，英國安全局彼得裏收”。而英國政府部門直到20世紀80年代才承認英國安全局這一機構的存在。
這封信在倫敦輾轉流離許多地方，才最終到達彼得裏手中。戴維·彼得裏收到這封信時，發現上麵還貼著一張小紙條，紙條上麵寫著一行字——“這封信已經被送到過倫敦許多地方，後來看到這封信從美國聯邦調查局寄出，且收信地址奇特，有人把它送到了‘軍情五處’”。
“珍珠港事件”之後，在羅斯福的支持下，多諾萬加大了情報協調局的活動範圍和力度。他甚至從老朋友史蒂芬森手中接過英國間諜原來幹的工作，定期到西班牙駐華盛頓大使館進行秘密搜查，偷拍親軸心國的佛朗哥政府的密碼本和重要文件，以協助英國攻克德國“啞謎”密碼機。但是這一秘密舉動令聯邦調查局局長胡佛大為光火，因為這該是他管的事。胡佛一氣之下，在情報協調局的密探再潛入使館時，出動車輛，打開明亮的信號燈，並且高放警報信號，最後把驚慌失措的密探給逮回去了。多諾萬氣得和胡佛一直吵到羅斯福麵前。為改善當時的混亂局麵，羅斯福差點兒解散了情報協調局。
冷戰後，英美兩國情報機構的合作才趨於正常，因為他們終於有了一個共同的目標，那就是蘇聯。他們要合作共同對抗蘇聯的威脅，遏製共產主義擴張。同時在對付那些發展中的國家時，也同樣要保持一種特殊的合作關係。
1951年，伊朗執行石油國有化，將英伊石油公司收歸國家。英國強烈反對伊朗的行動，美國積極支持英國，最後兩家情報機構合謀，在伊朗進行了一係列的顛覆活動。當種種手段沒有壓服伊朗摩薩台政府時，英美兩國就在伊朗陰謀策劃軍事政變，由英國情報機構提出推翻摩薩台政權的計劃，美國中央情報局主謀實施。雙方還達成一致意見，選定與美英兩國緊密勾結的紮希迪將軍作為代理人。1953年8月19日，摩薩台在政變中被推翻，紮希迪上台就任首相，隨之伊朗的石油資源被交給由美英法荷等國石油公司組成的一個國際石油財團支配。
1956年爆發蘇伊士運河事件。英法兩國勾結以色列唱“紅臉”，指使以色列發動侵埃戰爭，然後英法借機出兵幹涉，妄圖重新控製蘇伊士運河，搞垮納賽爾。唱“白臉”的是美國，而並不是像一些學者認為，蘇伊士運河事件時的英美矛盾是英美戰後最激烈的一次衝突。英美兩國有著根深蒂固的合作關係，蘇伊士運河事件中的分歧隻是短暫的一支插曲而已。
英美情報機構的合作雖然給雙方都帶來過許多好處，但是也給英國情報機構帶來了不少的麻煩，尤其是那場由美國人發起的伊拉克戰爭，幾乎把英國政府和英國情報機構拖入了泥潭。
20世紀80年代兩伊戰爭爆發後，英美兩國為了保護自身利益，特別是石油利益，都在海灣地區維持著軍事存在。1990年8月，伊拉克入侵科威特戰爭打響後，在歐洲眾多的國家中，英國最為積極支持美國對伊拉克動武，並且派兵加入了美國主導的多國部隊。伊拉克戰敗後，在處理伊拉克問題上，英國亦積極與美國配合。
以埃德加·胡佛名字命名的美國聯邦調查局總部大廈
在伊拉克問題上，英國一直是美國的積極支持者。自美國前總統喬治·布什於2003年3月發動伊拉克戰爭以來，托尼·布萊爾領導下的英國一直是美國的鐵杆盟友。據有關數據表明，在整個伊拉克戰爭期間，戰時駐伊英軍數量僅次於美軍，人數最多時達4.6萬人。
在戰爭後期，為了更有力地打擊薩達姆政權，英美情報機構共同聯手，一直忙於調查薩達姆的新夫人和他的家人的下落。當時，英美情報機構獲得了一份不同尋常的秘密報告，就是關於“阿克薩的呼聲”軍事演習的報告，另外還有伊拉克總統薩達姆的數十張照片。從這些照片中可以看出，在長達5小時的軍事演習中，薩達姆單手揮舞著沉重的步槍朝天鳴放了142槍，來向他的軍隊致意。美英情報專家長時間研究了薩達姆的照片，覺得他顯得很有生氣，健康，滿麵笑容，就像年輕人一樣。要知道當時他已經是63歲了。
當時，那些情報專家還喜歡用“新郎”這個詞來形容薩達姆，因為他們得到的一份報告說，大約就在一個月以前，63歲的伊拉克總統竟然同一位27歲的伊拉克姑娘結婚了。
原來在此之前，薩達姆視察了伊拉克國家一些重要機構。在薩達姆視察巴格達戰略研究中心時，同那裏的高級職員進行了長時間的談話。就是在那次視察中，薩達姆一眼看中了一位靚麗的姑娘，她不但年輕漂亮，而且活潑健談、知識淵博，分析問題也很深刻。討論會結束後，薩達姆便讓他的秘書阿卜杜勒·哈穆德傳達他的命令，把這位姑娘調到總統府研究中心，以便更好地向這位在美英大學受過高等教育的姑娘“請教”。
當時，正值美國總統大選，伊拉克打破空中封鎖出現進展，巴勒斯坦人舉行“阿克薩起義”，國際形勢風雲變幻，伊拉克政權每天都麵對新情況、新變化。薩達姆每天都要會見那位負責情報分析的姑娘，觀察事態發展，跟蹤新聞報道及其他情報來源。經過八個多月的業務交往後，伊拉克總統同這位姑娘結婚了，並且按照當地的風俗舉行了隆重的訂婚儀式和婚禮。據可靠消息證實，薩達姆的新妻子已被接進總統府邸。在此前，薩達姆已經要求他的二房妻子，即阿裏的母親在此期間回到老家奧加去住，那裏為她建了一所新的宮殿。
父親再一次“新婚”數日後，薩達姆的兒子烏代認為這是勸說父親同意母親和妹妹搬回巴格達的好機會，於是便邀請庫賽和他一起去見父親，並當麵提出這個問題。結果庫賽卻拒絕陪烏代一起去見父親討論這個問題，烏代隻好獨自去見薩達姆，向他致以新婚的祝賀，並希望父親在適當的時候允許母親和妹妹返回巴格達。
薩達姆聽了烏代的談話後，隻是隨便地問了一句話：“還有別的事嗎？”便朝另一間房間走去，把烏代一個人留在了辦公室。第二天，薩達姆召見了另一個兒子庫賽，以家庭協商的方式提出了那個問題。庫賽很得體地回答說：“我認為你是我的統帥，我服從並執行你的任何命令和意見，決不討價還價。你認為怎樣合適就怎樣做好了，我們執行。”
於是薩達姆就允許第一夫人與女兒返回巴格達，以此作為他新婚的禮物。
美英情報人員當時認為，如果找到了薩達姆那位新婚妻子，就能找到薩達姆的下落。可是直到美軍於2003年4月9日占領伊拉克首都巴格達，也沒有找到薩達姆的影子，當時包括薩達姆父子在內的伊拉克前高級官員，好像突然集體人間“蒸發”了一樣。4月11日，美軍發布“撲克牌通緝令”，通緝55名伊拉克前政府高官；同時，駐伊美軍還懸賞2500萬美元抓捕薩達姆。直到2003年12月14日，薩達姆才在他的家鄉提克裏特被捕。
伊拉克戰爭是一場曠日持久的戰爭，薩達姆政權雖然徹底被顛覆了，但美英聯軍還一直駐紮在伊拉克，結果是勞民傷財。直到2008年，英國政府和伊拉克簽署了一紙協議，同意駐守在伊拉克的4100名英軍士兵結束他們的使命，撤回本土。從2009年3月31日起，英國正式從伊拉克撤軍，從而逐步結束在伊進行了六年的軍事行動。
英國軍隊雖然退出了伊拉克戰爭，但一起又一起的“虐囚”醜聞又將英國情報機關卷入是非的漩渦之中，尤其是英國軍情六處更是被推上了輿論的中心。盡管英國官方一再否認英國情報機構與虐囚有關，但是時任英國外交大臣戴維·米利班德還是下令要求徹查此事。
據英國《泰晤士報》報道，當時有一名叫賓亞姆·穆罕默德的男子稱，美國中央情報局視他為恐怖嫌疑人。2002年到2009年，他先後在巴基斯坦、摩洛哥、阿富汗和古巴關塔那摩監獄關押。為了能從他口中得到有關恐怖分子圖謀不利於英國的情報，一名軍情五處官員曾審訊他。之後，中情局人員接手審訊，多次動用酷刑。
美軍占領伊拉克
英國媒體在2009年8月1日披露的證據顯示，美國中央情報局曾通過“幽靈航班”在海外虐囚，作為美國情報機構的盟友，英國軍情五處的情報人員不僅對此心知肚明，甚至還一直暗中協助中情局進行虐囚。
英國高等法院7月31日收到一份檔案文件，這份文件詳細記載了前恐怖嫌犯賓亞姆·穆罕默德的最新供述。穆罕默德稱，2002年至2003年，他一直在摩洛哥和阿富汗兩國活動，後來被美國中情局的特工秘密逮捕。關押期間，穆罕默德受到了看守人員的殘酷虐待，但他發現虐待他的不僅僅是美國的看守和特工，還有英國軍情五處的官員。
兩位高級法官說，他們無法披露穆罕默德接受酷刑的數據，因為政府高官曾警告法庭，稱美國方麵曾威脅說，如果英國將這些數據公開出來，美國就要停止與英國分享有關恐怖主義的情報。兩位法官在判決中說，該證據以及軍情五處所知的證據，都必須繼續保密，因為根據英國外交大臣的說法，美國人的威脅意味著“英國公眾被置於險境”。
2008年，被關押在關塔那摩監獄的賓亞姆·穆罕默德通過律師向英國高等法院提起訴訟，控告英國情報人員參與策劃了對其進行的虐待。在英國高等法院的判決書草案中曾有七段文字描述了穆罕默德遭受虐待的細節，這些細節也曾被記錄在美國中央情報局的42份文件中。
倫敦聽證會上曝光的信息表明，美國奧巴馬政府的高級官員也向米利班德發出了停止情報共享的“威脅”，其中包括國務卿希拉裏本人和中央情報局的官員。
賓亞姆指控軍情五處後，英國政府擔心本國情報部門所獲部分情報靠中情局用非法審訊手段得來而引發更多指控。在軍情六處調查所有涉及中情局為英國提供情報的事件後，斯卡利特決定寫信向總檢察長斯科特蘭報告可疑事件，由此引出這起調查。
此後又有3名嫌犯向媒體講述了他們不幸的遭遇，更讓英國軍情六處難逃虐囚的罪名。
其實，關於英美情報機構虐囚已經不是什麼新聞了。早在2006年1月4日，英國《衛報》就報道了英國軍情六處涉嫌在希臘參與審訊28名巴基斯坦裔恐怖嫌犯一事。1月3日，這28名嫌犯中的3人首度向媒體公開披露了他們在被捕期間遭受審訊人員毒打和精神摧殘的事實。盡管英國政府此前一直否認英國情報官員曾參與了對這些人的審訊，但還是有一名嫌犯言之鑿鑿地說，一個操著英國口音的人當時就在審訊現場。