壯觀的海底遺跡
半個世紀前，在日本琉球群島的與那國島南端，潛水員們在海底潛水時發現了人造建築物的遺跡，包含被珊瑚覆蓋的方形結構物、巨大帶棱角的平台，以及如街道、樓梯及拱門狀的建築等。這是一座像是祭壇之類的古城遺跡，其範圍東西長約200公尺，南北寬約140公尺，遺跡的四周圍有市街、農地，最大的一處遺跡全長100公尺、高25公尺，由巨大的岩石所築成。
1986年，當地的潛水員將這座海底城命名為“海底遺跡潛水觀光區’’，經過報導之後引起了世人的注意。其後琉球大學成立海底考古調査隊,幵始長達八年的調査，在石桓島東南至東西方沿岸的海底，又陸續發現各種石砌建築、柱穴、人頭離像、拱門、石器及幾何圖形的海龜雕塑等。另外還發現不同形狀的線刻文字，和一個直徑76公分長的牛隻形狀的石頭雕刻。
據琉球大學海底考古調査隊以計算機合成方式繪製的立體圖顯示，該遺跡可能是古文明居民聚會祭拜的神廟。神殿北麵有二個半圓形的柱穴，考古學家認為是舉行儀式前沐浴之處，而神殿東方有拱形城門，城門附近有兩塊重疊巨石，上方留有長方形人工雕孔，據推測應為經過加工而成的城堡的基石。
此外在與那國島東南海岸著名的“立神岩’’下方海底，發現高達數公尺的人頭雕像，其五官及臉孔清晰可辨。稍後在附近的“石碓岩’’巨石上，發現了一些無法解讀的類似文字的雕刻痕跡。
琉球大學地質地球科學係木村政昭教授在1999年9月接受訪問時，遺跡以目測即可清楚的辨識是由人工完成的組合。各種證據都顯示遺跡的確是人造的，包含四周街道的分布，以及階梯呈直角狀的平坦接麵，石塊上圓形的孔穴極似以石柱插入後遺留的痕跡等。而人造物及象形文字的發現，更證實與那國島南方的海底遺跡，確實是人類文明的遺址。
不可思議的海底金字塔
除了與那國島南部之外，在與那國島最西端的西崎海域也有重大的發現。1990年潛水人員在西崎海域海底發現了一個以岩石堆砌的龐大金字塔。這個金字塔型結構寬183公尺、高27。43公尺，由長方形的巨石構成，總共有五層。而大金字塔附近還發現幾座小的石墩，形狀類似於大金字塔，是由石板拚成階梯狀的袖珍金字塔，寬約10公尺、高2公尺。
參與研究的地質學家判斷這個建築是人工產品，並非自然產物，否則應該有經過腐蝕而成的碎片聚集其上，但是完全沒有找到這樣的石塊碎片。此外金字塔周圍有類似街道環繞的遺跡，也顯示這不是由大自然產生的。
美國波士頓大學修奇教授潛水考察遺跡後表示，這一係列由一公尺高的石塊組成的巨大台階，應是一種階梯式金字塔。雖然可以假設石塊破裂後經由水的自然腐蝕可以產生這樣的結構，但他從未發現有什麼過程可以產生這樣鋒利的階梯斷麵。倫敦大學的考古學家摩爾認為如果這個遺址確實為人造的，建造者至少有如同美索不達米亞及印度河古文明的文明水平。
東京大學海洋研究所石井輝秋助理教授指出，這個海域所在的陸地露出地麵的時間，至少是萬年前最後一次冰河期的事。而以現代科學的認識來看，萬年前的人類還處於原始人追著野獸跑的石器時代，根本沒有能力建造這種建築物。有人認為這很可能是一個不為人知的人類文明留下的證據。
延伸至海底的古城牆
據台灣古藉??澎湖縣誌??中的描述，從虎井高處俯視可以看到海底有一片綿延的城牆，當時文人稱之為“虎井澄淵”。1982年，國內資深潛水人謝新曦找到了澎湖虎井古沉城正確的位罝，引起考古人士的關切。
這座古牆遺址呈十字形形狀，以指北針測量呈九十度，為不偏不倚的南北、東西走向。主體為玄武岩構成，表麵長滿海草，東西向總長約160公尺、南北向總長約180公尺，城牆厚度上端約1.5公尺，底部約2.5公尺，有些部分被侵蝕而呈凹凸不平，但搭建城牆的岩石塊接縫極為平整。在北部另有呈圓盤形的構造物，外牆直徑約20公尺，內牆則約15公尺。
有學者認為古城牆隻是虎井特殊柱狀玄玄武岩一直延伸入海，形成沉城假象。但據地質學家研究表示，自然的岩石若形如城牆，應該是全部連續的，若是人造的話會有中斷處；另外若城牆很直，長度又很長，人造的可能性極高。根據研究結果顯示，堆成沉城城牆的玄武岩，每塊岩石大小相當一致、角度垂直，石頭縫隙間又有填充物；此外城牆凹口呈十字形，且接砌麵平整，非常符合人造建築的標準。
曾參與製作並主持了英國第四頻道紀錄片《水下世界 冰河期被洪水淹沒的王國》的英國作家漢卡克偕其夫人在2001年8月間會同中、日人員潛水探勘後，說明海底古城牆石塊堆砌的方式，明顯與玄武岩自然節理不同，應為人工堆砌。他指出“虎井古城牆方位正好是東西走向和南北走向，表現出人造建築講究方位的特色”；另外搭建城牆的一塊塊大石頭，表麵很平滑，接縫處平整的程度“可以將刀子插入”，因此他認為城牆為人造工事而非自然力量所能形成。
漢卡克表示，當今的人類文明曆史有一個既定的主流模式，但是這個主流的模式卻無法解釋這些持續大量出現的考古發現為何共同有著史前文明的影子？事實上，人類史上有很多失落的部分是現代曆史還無法告訴我們的，而這些失落的線索，很可能就如同澎湖虎井古沉城一樣埋在海底，深藏人類文明興衰的秘密。
除了虎井留有未知的人類文明的遺跡外，2002年中國水下考古學會(當時為籌備會）召集人謝新曦宣布，他與一群攝影、曆史、文化等十多名專業人士在中山大學海洋環境學係副教授田文敏協助下，利用水下聲納掃瞄輔助，於東吉嶼西北水深25至30公尺處發現一處百米長古石牆。這處古石牆平均高度1公尺、寬度50公分，呈東西走向。依聲納掃描數據顯示，同樣的石牆有四到五道，牆麵的小凹洞中還夾雜著小卵石。謝新曦指出，由牆麵外形及周圍環境分析，應該是人為堆砌的石牆。
沉睡海底萬年的古城遺址
2001年，印度國家海洋科技研究所的海洋學者在印度西部外海坎貝灣進行檢測水質汙染程度研究時，意外地在水下120英尺處，發現兩座距今至少9500年的古城遺址，科學家認為古代人類社會發展的曆史可能因此大幅改寫。
這兩座遺址位於印度西部古傑拉特外海40公裏處，從其地質結構推斷，古城為範圍廣達9公裏的大型聚落遺址，其中包括一座防禦碉堡，以及一處和現代奧運比賽規格遊泳池大小差不多的公共浴池。經過對其中發掘到的木雕、骨骼及骷髏的殘片進行初步測試，推定其中兩件殘片的年代為公元前7500年。另外，從遺址中還發掘出類似建材的物品。出土古物中有一片布滿銘刻的大石板，正由學者研究其銘刻是否為迄今發現的最古老書寫形式。
有些專家認為，這項發現對文明曆史需要大幅修正提供了確鑿證據，研究古文明十多年的汊卡克到遺址實地考察，他說，從聲納掃描顯示的古城基礎來看，其建築可能有三層樓高，圍牆長達400英尺，而且有高度的幾何特性。
英國杜蘭大學的考古學者堪耐特說，如果印度的新發現屬實，過去的文明曆史理論需要全盤檢討。
巴哈馬海底遺跡
1958年，美國動物學家範倫坦博士在大西洋巴哈馬群島進行海底觀測研究時，意外發現群島附近的海底有一些奇特的建築。這些建築呈特殊的幾何圖形，也有的為筆直線條，綿延數海哩。1968年，範倫坦博士在巴哈馬群島的北比密尼群島附近海域又發現巨大的丁字形結構石牆，長達450公尺，並有兩個分支與主牆形成直角，並且石牆是由每塊超過一立方公尺的巨大石塊所砌成。隨後更發現結構更複雜的平台、道路及類似碼頭的建築結構，還有一座雙翼的棧橋，整個建築遺址呈現出類似港口的分布。
神秘的海底洞穴
一天清晨時分，潛水愛好者西裏維亞和他的法國朋友比諾特又來到了西班牙沿岸的維林西海灣潛水探險。在冰冷的海水中，兩個人發現前方不遠處海底岩礁上有一柱銀白色的光線照射過來，仿佛是陸地上常見的探照燈。經過仔細觀察，他們發現這股強烈的燈光是從水下一個洞口處射出來的。這個洞口通向一個狹長的岩洞，他們鼓起勇氣向洞穴深入，可半個多小時後，燈光突然不見了，他們完全沉陷在茫茫的黑暗之中，隻好掉頭回遊浮出海麵。接下來的幾天裏，他們約了同伴多次潛到岩洞的洞口進行觀察，還像登山運動員一樣，用尼龍繩子拴著身子，順著洞口爬進洞裏。雖然岩洞深處十分明亮，但他們找來找去，就是找不到燈光的出處。
前一個洞穴裏是看得見摸不著的光線，而下麵將要介紹的這個洞穴裏則保存著既能看得見又能摸得著的史前生物化石，由於人跡罕至，這個幵辦在海底深處遠古文明的“展館”在海底深處沉默了幾億年光陰。1975年，美國海洋學家們在墨西哥灣那不勒斯附近海底洞穴中挖出了一堆古代人類遺骨殘骸。據他們分析，這裏很可能是古代葬場的遺址。研究人員將標木帶回實驗室，使用放射性元素碳14進行鑒定分析，確信這些人類骨骸屬於生活在美洲當地的遠古人類，他們生活的年代距今己有1萬多年的曆史。潛水員還在海底洞穴中發現早期石器時代人類使用過的投擲標槍，這些標槍是遠古人類打獵和捕魚的武器。後來，潛水員在海底洞穴中又找到了一枚5億年——2250萬年前古生代巨大長毛象的臼齒、兩枚較小的乳齒象的牙齒、一枚粗大的乳齒象的弧形門齒。