洪武三十一年（1398年），他命都督揚文、武定侯郭英參讚燕王備邊，隻要智商不低於兩位數用屁股想都知道老皇帝葫蘆裏究竟賣的什麼美味佳肴。遺憾的是，由於時間倉促，這一把美味佳肴火候把握得不好。就像冬暖夏涼、老少鹹宜的皮蛋瘦肉粥，皮蛋還沒煮軟，瘦肉卻煮老了。閏五月初十，71歲的老皇帝走到了人生的盡頭，在留下一份簡短的遺詔後匆匆撒手西去，他甚至都沒能親眼見一見他的兒子們。遺詔全文如下：
“朕膺天命三十有一年，憂危積心，日勤不怠，務有益於民。奈起自寒微，無古人之博智，好善惡惡，不及多矣。今年七十有一，筋力衰微，朝夕危懼，慮恐不終。今得萬物自然之理，其奚哀念之有。
皇太孫允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位。內外文武臣僚同心輔政，以福吾民。喪祭儀物，毋用金玉。布告天下，宜登大位，使知朕意。孝陵山川因其故，毋改作。天下臣民，哭臨三日，皆釋服，毋妨嫁娶。諸王臨國中，毋至京師。王國所在，文武吏士聽朝廷節製，惟護衛官軍聽王。諸不在令中者，推此令從事。”
在這篇不到兩百字的遺詔裏，朱元璋除了總結自己的一生並對後事做出安排外，另有四句話頗為耐人尋味。一是“皇太孫允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位”，此句再次重申了皇太孫朱允炆的唯一合法繼承人地位，說明朱元璋也意識到朱允炆的這一地位存在不和諧因素。二是“諸王臨國中，毋至京師”，這句話有兩層意思：表麵上看諸王防守備邊，責任重大，如果此時都齊齊來赴京奔喪，如果敵國乘虛而入事情就不太妙了；更重要的是防備諸王以奔喪為名帶兵前來，從而引發不必要的變故。三是“王國所在，文武吏士聽朝廷節製，惟護衛官軍聽王”，此句重申在諸王藩國內的文武吏士依然統屬於國家，受朝廷節製，而不得與諸王為伍，架空中央。四是“諸不在令中者，推此令從事”，這一句更是言有盡而意無窮，可以從中解讀出多重意思。其中至少有一條，他暗示了對朱允炆皇位構成最大威脅的正是他的那群叔叔們，在這裏我不得不再次表示我對朱元璋心思縝密的佩服。但他終究還是去了，他的時代已經結束，現在的這個國家雖然還在姓朱，但屁股後麵跟著的卻是他的孫子朱允炆。
削 藩五天之後，朱允炆根據太祖遺詔和老皇帝生前的安排即皇帝位。
改明年為建文元年。但是存在的問題並沒有隨著這次改元和老皇帝的逝世而消失。相反，卻比以往任何時候都更加突出了。如果說老皇帝的存在對他的那群兒子們還有一定約束力的話，那麼21歲的朱允炆在眾叔叔們的眼裏還隻是一個乳臭未幹的大孩子，論年齡、資質他都沒有什麼特別出色的地方，他憑什麼坐在眾叔叔的頭上拉屎呢？難道僅僅因為是嫡出？朱允炆一定還記得洪武二十五年的那一幕。因為剛剛被冊立為皇太孫，按禮儀諸王都必須去南京朝賀。當時，胡子拉碴的四叔——燕王朱棣在大殿上看見麵皮白淨的朱允炆時，用手在他扁平的後腦勺上狠狠拍了一巴掌說：“嘿！小子，想不到你還有今天。”
這則故事記載在明人沈德符的《萬曆野獲編》裏。雖然事情略微有些誇張，但體現的東西應該跟真實的情況不會有太大出入。據《明史》記載，當年黃子澄還在宮中陪皇太孫讀書的時候，一次，二人就在宮中的東角門討論過削藩的問題。以至於後來在建文登基後還把“東角門談話”當作摩斯密碼來使用，提醒黃子澄道：“先生，忘了當年的東角門對話嗎？”黃子澄答道：“臣不敢忘。”於是一場緊鑼密鼓的削藩運動便有條不紊地醞釀實施開來。
後來發生的事，勝利者把它定性為“靖難”。由於這一戰爭本身跟本文並無多大關係，在此不做展開。隻略微敘述一下戰爭的幾個階段。
靖難之役大體可分為四個階段，第一階段以老將耿炳文的出征為標誌，這一階段雙方互有得失，耿炳文雖沒能完全擊潰燕軍，但燕軍也沒能從這位以防守著稱的老將手上搶走多少便宜。在這個時候，朝廷的一個錯誤決定使戰事來了個360度大翻盤。這個時候戰爭進入了第二階段，這一階段，建文帝的重要謀士、削藩積極分子黃子澄錯誤地向朝廷推薦了一代將門之後——曹國公李景隆，李景隆乃開國元勳李文忠之子。事實證明這世界上有太多的趙括，這位靠著祖上蔭庇的曹國公不僅無才而且無德，他甚至都不如趙括，真是可惜了他死鬼老爹那一世英名。朝廷讓這位仁兄率領50萬大軍北伐，但是在狡猾的朱棣麵前，他的豪言壯語像窗戶紙一樣一捅即破，50萬人幾乎全軍覆沒。